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국세청 “R&D세액공제 사전심사 자료, 세무조사 선정에 활용 안 한다”
국세청 “R&D세액공제 사전심사 자료, 세무조사 선정에 활용 안 한다”
  • 이유리 기자
  • 승인 2020.12.23 16:05
  • 댓글 0
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"심사자료는 사전심사담당자만 열람 가능한 시스템" 설명
‘R&D성과’는 세액공제 심사와 무관…국세청에 성과보고 필요 없어
“본청에 이공계 석박사 5명 위촉… R&D세액공제 심사 전문성높여”
세금/그래픽=연합뉴스
세금/그래픽=연합뉴스

국세청이 연구·인력개발비 세액공제 사전심사에서 심사때 검토한 기업의 내용은 추후에 세무조사 등 다른 업무 목적으로 사용하지 않는다고 밝혔다. 

임경수 국세청 연구개발세정지원TF팀장은  “심사자료를 세무조사 선정에 절대 활용하지 않는다”고 강조했다. 

심사 때 작성한 자료는 사전심사담당자만 열람이 가능한 시스템이라는 것이 국세청 설명이다. 

또 세액공제 심사를 받기 위해  R&D성과보고를 국세청에 할 필요가 없다는 점도 분명히 했다. 

본지는 국세청이 연구인력개발비 세액공제 사전심사를 위한 조직을 공식화 하고 R&D 비용 세액공제 사전심사를 본격화 함에 따라 이에 대응하는 기업들의 우려를 취재해  22일자 기사에서  보도한 바 있다. 

본지 취재결과, 특히 규모가 작은 중소기업들은 연구·인력개발비 세액공제 심사를 받기 위해 국세청에  R&D성과보고를 해야 하는 것이 아니냐며 이에 대해 부담감을 갖고 있는 것으로 나타났다. 

또 국세청이 심사과정에서 파악한 기업의 정보를 추후에 세무조사에 활용하려는 것 아니냐는 우려도 갖고 있었다. 

이에 따라 일부 세무대리인들이 국세청에 R&D 투자세액공제 심사가 “괜히 긁어 부스럼”이라며 “받지 말라”고 중소기업들을 부추기고 있다는 말도 나온다.  

조세특례제한법 시행령 제9조제10항에 따라 연구인력개발비 세액공제를 받는 기업은 연구개발계획서와 연구개발보고서, 연구노트 등 증거서류 작성과 5년동안 보관이 의무화 됐는데, 이를 R&D성과보고와 연계해 기업들이 인식하고 있는 것으로 보인다.  

임경수 국세청 법인세과 연구개발세정지원TF팀장은 22일 본지와의 통화에서  “연구·인력개발비 세액공제 심사를 위해서 기업이 연구성과보고를 국세청에 할 필요가 없다”고 확인했다.

국세청의 심사는 기업이 지출한 연구인력개발비용이 세액공제 요건에 맞는지 심사를 하는 것이지 연구성과를 살피는 것이 아니라는 설명이다. 

임 팀장은 ‘(설사 실패한 연구라도) 연구성과는 세액공제 심사와는 무관하다”면서  “기업들이 이에 대해 우려할 필요가 없다”고 말했다. 

국세청은 ‘연구인력개발비 세액공제 사전심사’ 제도를 연구인력개발비 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 공제 신청에 어려움을 겪는 납세자의 성실신고를 지원하고, 공제여부에 대한 불확실성을 해소 하기 위해 도입했다고 설명하고 있다.  

하지만 기업 입장에서는 심사 과정에서 국세공무원의 R&D 현장확인이 예상되기 때문에 여간 부담이 되는 것이 아니다. 

이에 대해 국세청은 연구인력개발비 세액공제 사전 심사 때 담당 직원이 작성한 보고서 등은 절대 다른 업무에 활용하지 않도록 내부규정에 정했다는 설명을 내놨다. 

임 팀장은 “세액공제 심사 때 작성한 자료는 사전심사담당자만 열람이 가능하도록 시스템화 돼 있다”고 밝혔다. 

그러면서 “심사자료를 세무조사 선정에 절대 활용하지 않는다”고 강조했다. 

즉, 기업이나 세무대리인이 갖고 있는 국세청이 사전심사 심사과정에서 알게된 내용으로 세무조사 등 사후조치를 하는 게 아니냐는 우려는 근거가 없다는 것이다. 

연구·인력개발비 세액공제 심사 조직이 올해 국세청 본청에서 TF팀 형태로 운영되다가 내년에는 각 지방청에 정식 조직으로 팀이 신설을 앞두고 있다. 

국세청이 이달초 기업에 발송한 ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사’ 신청 안내문에는 비대면 방식의 서면심사가 원칙이라고 돼 있다. 

하지만 내년 심사 조직이 신설되는 지방국세청에서는 주로 중소기업의 심사를 맡게 돼 현장 확인이 적지 않을 것으로 예상된다. 

한 지방국세청 관계자는 기자에게  “사전심사 신청을 한 기업에 가서 기업이 세액공제 를 받기 위해 기술적인 혁신이나 개발 등 필요한 요건들에 부합하는 지 보게 될 것”이라고 말했다. 

국세청 공무원이 연구·인력개발비 세액공제 요건에 맞는 기업의 ‘혁신성’을 판단할 수 있는지 의문이 나온다. 

이에 대해 국세청은 “본청에  이공계 석박사를 5명을 직원으로 위촉했으며, 판단이 어려운 사항은 기술보증기금 등을 활용해 전문가의 도움을 받는다”고 설명했다.  

임 팀장은 22일자  본지 기사에서 중소기업 R&D 담당자를 인용해 연구소장이 4년제 대학 이공계 출신이어야 한다는 규정에 대해서도 “확인 결과 연구소장에 대한 요건에 대한 규정은 없다”는 설명도 덧붙였다. 

그러면서  “세액공제 사전 심사 제도는 기업들의 연구인력개발 세액공제를 어렵게 하려는 취지가 아니고 세액공제 대상이 되는 기업이 요건을 갖출 수 있도록 이전에 안내해서 컨설팅 하는 취지”라고 강조했다. 

국세청의 사전심사를 받는 자체가 기업에 부담이라는  인식이 있다는 지적에 대해서, 한 지방국세청 관계자는  “연구인력개발비 세액공제를 받는 모든 기업이 국세청 심사를 받는 것이 아니라, 신청한 기업에만 사전에 컨설팅 개념으로 심사를 하는 것이기 때문에, 원하지 않으면 심사 신청 없이 종전대로 법인세를 신고하면 된다”고 말했다. 

사전심사를 신청한 경우, 추후에 심사결과와 다르게 과세처분한 경우에도 과소신고가산세를 면제 하는 등 공신력이 부여된다. 

이 관계자는 “나중에 세무조사 등에서 대상이 아닌데도 공제를 받은 사실이 드러나게 되면 가산세를 추징당하게 되니 이런 논란을 없애자는 취지로 컨설팅 개념의  사전심사를 도입한 것”이라고 거듭 강조했다.  


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