국세청, 정부 위탁 운영 받은 병원 법인세 납세의무 여부 사전답변
국세청은 병원에서 발생하는 수익과 비용이 정부에 귀속되는 경우 병원에서 발생한 소득에 대해서는 법인세법에서 규정하는 법인세를 납부할 의무가 없다고 밝혔다.
국세청은 병원에서 발생하는 수익과 비용이 정부에 귀속될 경우 병원의 법인세 납세의무가 있는지 여부에 대해 이같이 사전답변 했다.
국세청은 질의에 대한 사전답변을 통해 “국토교통부가 A병원을 설치한 후 관리·운영을 비영리의료법인에게 위탁하고, 해당 병원에서 발생하는 수익과 비용이 국토교통부에 귀속되는 경우 A병원에서 발생한 소득에 대해서는 법인세법 제3조 제2항에 따라 법인세를 납부할 의무가 없다”고 밝혔다.
실제로 국토교통부는 교통사고로 인한 부상자나 후유장애인의 재활을 지원하고 능동적 복지를 실현하기 위해 2002년 1월 자동차손해배상보장법을 개정해 의료재활시설 설치 근거를 마련했고, 2014년 8월 A병원의 개설자로서 O군 보건소로부터 의료기관 개설허가증을 발부받았다.
또한 A병원 부지와 건물에 대해 소유권 보존등기를 했다.(토지 및 건물의 등기사항 증명서상의 소유자는 국(국가)이고, 관리청은 국토부로 기재돼 있으며 2014년 10월 A병원을 개원함)
또한 현행 규정상 국토부는 자동차손해배상보장법 제32조 제1항 제1호의 요건을 갖춘 재활시설운영자에게 의료재활시설 및 재활사업의 관리·운영을 위탁할 수 있기 때문에 국토부가 보유한 시설물인 A병원에 대한 관리·운영을 2014년 10월부터 2019년 9월까지 갑병원에, 2019년 10월부터 현재까지 을병원에 위탁했다.
또 위·수탁협약서에 따라 A병원의 관리·운영과 관련해 위탁운영자인 을병원이 취득한 재산은 모두 국토부에 귀속된다.(A병원의 운영과 관련해 발생한 수익과 비용 전부 국토부에 귀속)
한편 A병원의 최초 위탁운영자인 갑병원은 A병원이 설치된 2014년경에 보조금 관리를 위한 별도의 계좌개설 및 A병원 근로자의 원천징수 등 세금업무의 편의를 위해 부가가치세법 시행령 제12조에 따라 A병원을 국가기관으로 보아 등록번호에 준하는 고유번호 발급을 OO세무서에 신청했지만 세무서에서는 고유번호 신청을 반려하고 A병원을 비영리 내국법인으로 보아 사업자등록증을 교부해 A병원에 대한 법인세 납세의무가 발생하게 됐다.
질의 법인은 이와 관련해 국토교통부가 A병원을 설치한 후 관리·운영을 위탁하고 해당 병원에서 발생하는 수익과 비용이 전부 국토교통부에 귀속되는 경우 A병원에서 발생하는 소득에 대해 법인세를 납부해야 하는지 여부에 대해 물었다.
현행 법인세법 제3조(납세의무자) 제2항에서는 “내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.”고 규정하고 있다.
또한 부가가치세법 시행령 제12조(등록번호) 제1항에서는 “법 제8조 제6항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조 제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다.”고 규정하고 있고, 제2항에서는 “관할 세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제54조 제4항 또는 제5항에 따른 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다.”고 규정하고 있다.
(법인 사전-2020-법령해석법인-1197 [법령해석과-4257] 2020. 12. 24)
