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같은 기간·세목 세무조사 후 조사땐 위법…예외는 있다
같은 기간·세목 세무조사 후 조사땐 위법…예외는 있다
  • 감병욱 논설위원·변호사
  • 승인 2021.02.05 09:23
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중복 세무조사(1)
감병욱 논설위원·변호사

1. 서언

세무조사란 통상적으로 과세관청의 질문·조사권 행사를 말한다. 본 글에서는 중복 세무조사의 일반론, 금지되는 재조사 해당 여부, 일부 항목에 대한 조사가 이루어진 경우에 대해 살펴보고, 다음 글에서 그 밖에 중복 세무조사가 허용되는 기타 쟁점에 대해 살펴보고자 한다.
 

2. 일반론

조사대상자를 선정할 때에는 납세자의 세무조사 이력 및 조사 진행상황을 확인해 중복 선정되지 않도록 해야 한다. 만약 납세자가 기존에 세무조사를 받은 세목이나 과세기간에 대해 다시 세무조사 대상자로 선정되어 세무조사를 받았다면, 이는 ‘적정하고 공평한 과세를 실현하기 위해 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 해야 하며, 다른 목적 등을 위해 조사권을 남용해서는 아니된다’는 원칙에 위배될 뿐만 아니라, 예외적인 경우를 제외하고는 ‘같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없다’는 재조사 금지 원칙에도 위배된다.

실제로는 해당 세무조사가 금지되는 재조사에 해당하는지 여부가 우선 문제되며, 그 밖에도 ‘예외적으로 허용되는 재조사 요건’에 해당하는지 여부도 문제된다.

해당 세무조사가 금지되는 재조사에 해당하는지 여부 쟁점에 대해서는 주로 세무조사 형식이 아닌 현지확인, 사후검증, 감사 지적사항에 따른 소명요청, 기획점검에 따른 자료제출요구 등을 중복세무조사가 금지되는 ‘세무조사’로 볼 수 있는지 여부에 대해 주로 다투어진다.

또한 ‘예외적으로 허용되는 재조사’에 해당하는지 여부 쟁점에 대해서는 형식적으로 동일한 과세기간, 동일한 납세자에 대해 두번 이상 세무조사가 이루어진 것으로 인정될 때, 과연 예외적으로 이러한 중복세무조사가 허용되는지에 대해 다투어지고, 국세기본법 제81조의4 제2항 각호의 예외사유에 해당하는지 여부로 판단된다.

국세기본법 제81조의4 제2항 각호 [중복세무조사의 예외사유]

1. 조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련해 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대해 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 

국세기본법 시행령 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우)

법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대해 일제조사를 하는 경우

2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우

3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우

4. 조세범 처벌절차법 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대해 조세범 처벌절차법 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.

 

3. 금지되는 재조사 해당 여부

동일 납세자에 대한 동일 과세기간, 세목에 대한 세무조사가 이루어진 상황 하에서 세무공무원의 어떠한 행위가 세무조사에 해당한다면, 그 행위 자체가(중복 세무조사의 예외사유에 해당하지 않는 한) 위법한 중복세무조사가 된다.

세무공무원의 행위가 중복세무조사 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부에 대해 법원은 형식이 아닌 그 실질로 판단하고 있다. 즉, 법원은 세무조사란 ‘국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위해 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위’라고 하면서, ‘세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우’에는 그 형식과는 무관하게 이를 세무조사로 판단하고 있다(대법 2014두8360 2017.3.16.).

이러한 법원의 기준에 따르면, 설령 국세기본법상 세무조사의 형식으로 이루어지지 않은 세무공무원의 조사나 확인 행위라 하더라도 세무공무원이 실질적으로 질문검사권을 행사했다고 볼 수 있는 경우라면 세무조사에 해당할 수 있다. 아래는 법원에서 세무조사의 범위에 대해 판단한 사례들이다.

조사사무처리규정에 따른 현장확인도 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉해 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다(대법 2014두8360 2017.3.16.).

세무조사 중 조사대상을 벗어난 귀속연도의 재무제표, 세무조정결산서를 임의로 제출받아 검토한 것은 세무조사로 볼 수 없다(서울행법 2016구합57984 2017.3.24.).

거래상대방에 대한 조사도 납세자 본인에 대한 세무조사에 해당한다(대법 2016구합57984 2016.3.10., 광주고법 2015누5329 2015.11.5.).

세무조사 사전통지서에 기재된 범위에는 포함되어 있지 아니하더라도 원고의 다른 부동산 취득에 대한 세무조사 과정에서 이 사건 부동산 취득에 관한 질문·조사권이 행사되었고 이를 통해 과세요건 사실을 조사·확인하고 필요한 자료를 수집하는 일련의 행위가 이루어졌다면 납세자에 대한 관계에서는 세무조사로 봐야 한다(서울행법 2016구합55704 2017.2.14.).

금융실명법에 따른 ‘금융거래정보의 제공요구’는 세법상 세무조사로 볼 수 없다(대법 2017두42255 2017.10.26.).

서면확인은 납세자에 대한 해명자료 요구·제출이 우편에 의해서만 가능하며 단순 확인절차로서 국세청 내부지침 상 실지조사의 전단계로 판단되어 이를 중복된 세무조사로 보기 어렵다(인천지법 2017구합51857 2018.6.17.).

세무조사 중 조사대상기간을 벗어난 귀속연도의 재무제표를 임의로 제출받아 검토한 것은 위법한 세무조사로 볼 수 없다(서울고등 2017누43205 2018.1.19.).

 

4. 일부 항목에 대한 조사가 이루어진 경우

재조사가 허용되지 않는 세무조사인지 여부와 관련해, 해당 과세기간의 특정 항목에 대해서만 세무조사를 한 경우가 문제된다.

이에 대해 대법원은 ‘세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대해 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대해 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

다만, 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대해 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대해 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 ‘아니한다’고 볼 것이다(대법 2014두12062 2015.2.26.)’라고 판시했다.

즉, 대법원은 명백히 조사대상 항목이 구분되는 예외적인 경우를 제외하고는 재조사가 허용되지 않는 세무조사에 해당한다고 판단하고 있으며, 이에 따르면 실제로 세무공무원이 특정 항목만을 조사했고 다른 항목은 조사하지 않았다고 하더라도 재조사가 허용되지 않는 세무조사에 해당한다.

이러한 대법원 판결은 중복 세무조사의 판단 기준을 소송물로 삼는 것으로 보이며, 납세자, 과세기간, 세목을 기준으로 중복 세무조사가 이루어졌는지를 판단하는 것으로 보인다.

예를 들어, 과세관청이 납세자의 2020 사업연도 법인세 일부 항목에 대해서만 조사했다 하더라도, 다음 세무조사에서 과세관청이 동일 납세자의 2020 사업연도 법인세 나머지 항목에 대해 조사할 수는 없다(중복 세무조사). 다만 명백히 조사대상 항목이 구분되는 예외적인 경우(부분조사 등)에는 추후 나머지 항목에 대한 조사를 다시 할 수 있다.


그 구체적인 사례는 다음과 같다.

어느 세목의 특정 과세기간에 대해 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대해 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다고 판시한 사례(대법 2014두12062 2015.2.26.)

정기 세무조사(1차) 이후 이루어진 주식변동내용 확인을 위한 세무조사(2차)는 중복조사에 해당하고, 1차 세무조사 대상에 주식변동내역에 대한 부분이 제외되어 있었다고 하더라도 중복조사에 해당한다고 판단한 사례(대법 2013두6206 2015.9.10.)

제1차 세무조사 당시 원고의 소외 회사들에 대한 구상금채권 등의 회수지연이 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 그에 국한해 2002 사업연도에 관한 조사를 했다가 제1차 세무조사 당시 조사한 항목을 제외한 나머지 항목에 대해 제2차 세무조사를 하는 것은 금지하는 재조사에 해당하지 않는다고 판단한 사례(대법 2012두14224 2015.3.26.)

사업장소재지 관할세무서장의 부가가치세 경정조사와 주소지 관할지방국세청장의 개인제세 전반에 관한 세무조사는 중복조사에 해당하는 것으로 볼 수 없다고 판단한 사례(대법 2004두11718 2006.5.25.)

 

 


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