사전심사시 신고내용확인·감면사후관리 제외, 과소신고가산세 면제 등 혜택
2019 세액공제 규모… 중소기업 1조2647억 최고, 일반기업 9658억, 개인 902억
지난해부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 도입해 시행하고 있는 국세청이 18일 지방국세청에 R&D 세액공제 사전심사팀을 신설하고 R&D 세액공제 사전심사 조직을 이원화해 운영중인 내용을 안내했다.
또 작년 연구·인력개발비 세액공제 규모가 4만2134기업·2조3207억원이라고 밝혔다. 중소기업 세액공제가 1조2647억원으로 가장 많았고, 일반기업 9658억원, 개인 902억원이다.
국세청은 "올해부터 각 지방국세청 법인세과에 R&D 세액공제 사전심사 전담팀을 신설·운영하고 있다"면서 "혁신성장기업 등 중소기업에 대한 사전심사를 보다 신속·정확하게 심사해 성실신고를 최대한 지원하겠다"고 밝혔다.
그러면서 "특히, 기업에게 R&D 관련 세무상담 등 자문서비스를 제공해 연구개발·투자 활동에 주력하도록 뒷받침하겠다"고 강조했다.
R&D 세액공제 사전심사 조직 이원화 관련해서, 본청은 일반·중견기업 사전심사 및 재심사를, 본점소재지 관할 지방청은 중소기업을 사전심사한다.
지방국세청 R&D 세액공제 사전심사팀 신설 관련해서는 총 30명이 증원됐다. 서울국세청이 9명으로 가장 많고, 중부청 8명, 인천·부산청 각각 4명, 대전청 3명, 광주·대구청 각각 1명 이다.
서울·중부·인천·부산·대전청은 팀단위로, 광주·대구청은 전담직원제로 운영되고, 연구개발비 세액공제 사전심사와 중소기업세무컨설팅 업무를 수행하게 된다.
심사는 기술검토와 비용검토로 구분돼 진행되는데, 기술심사는 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 적합한지 여부를 심사하고, 비용심사는 연구·인력개발 활동을 위해 지출한 비용이 세액공제를 적용받는 비용인지 여부를 심사한다.
심사방법은 비대면 방식의 서면심사를 원칙으로 진행하고, 필요한 경우 현장 확인한다.
연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고기한 전까지 홈택스(Hometax), 우편, 방문접수를 통해 신청 가능하다.
신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 ▲심사받은 내용에 대한 신고내용확인 및 감면사후관리 제외 ▲추후 심사결과와 다르게 과세처분한 경우에도, 과소신고가산세 면제(단, 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우 제외) 등의 혜택이 부여된다.
국세청은 "신설된 전담팀을 통해 R&D 세액공제 신청에 어려움이 있는 사업자에게 친화적인 행정을 적극 구현해 나가겠다"고 밝혔다.
한편 국세청은 지난 5일 본청에 공익법인의 투명성 강화 및 R&D 세액공제 업무 수행을 위한 '공익중소법인지원팀' 신설과 각 지방청 R&D 세액공제 업무 수행을 위해 필요한 인력 30명 증원내용이 포함된 '국세청과 그 소속기관 직제 시행규칙 일부개정안을 입법예고했다.
국세청 관계자는 18일 전화통화에서 “행정안전부 등 관련 부처와 이미 협의된 직제 개정 업무는 1월부터 대응중인데, 이번에 입법예고된 직제 개정안은 25일 공포·시행된다”고 말했다.
