국세청, 방산계약 따른 업체 간 납품관련 연구개발비 공제 여부 유권해석
국세청은 방위산업 분야에서 부체계 업체가 주체계 업체와의 납품계약 충족을 위해 수행한 연구개발은 실질적인 연구 수행의 책임과 위험, 결과의 귀속에 따라 공제대상을 판단한다고 밝혔다.
또한 주체계 업체가 부체계 업체의 제품을 구입해 연구용으로 사용했다면 이는 공제 대상에 해당하지만 연구용으로 사용했는지 여부는 연구의 목적, 재료의 사용방식 등을 고려해 사실판단할 사항이라고 밝혔다.
국세청은 방산 계약에 따른 업체 간 납품 관련 연구·인력개발비의 공제 대상 여부에 대해 이같이 유권해석 했다.
국세청은 회신을 통해 “방위산업 분야에서 부체계 업체가 주체계 업체와의 납품계약 조건을 충족하기 위해 수행하는 연구개발은 실질적인 연구 수행의 책임과 위험, 결과의 귀속에 따라 공제 대상이 달라지는 것으로 업체의 연구개발이 공제 가능한지 여부는 업체가 맺은 계약의 조건, 권리의무의 귀속 등을 살펴 사실판단 할 사항”이라고 답변했다.
국세청은 또 “주체계 업체가 연구개발을 수행하는 과정에서 시제품의 제작에 사용하고자 연구용으로 구입한 부체계 업체의 제품은 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당한다”고 밝히고 “이 경우에도 질의법인의 지출 재료비가 연구용으로 시제품의 제작에 사용됐는지 여부는 연구의 대상 및 목적, 재료의 사용방식 등을 종합적으로 고려해 사실판단 할 사항”이라고 회신했다.
질의를 낸 ㈜OO(이하 ‘질의법인’)는 19XX년 X월 설립된 내국법인으로 미래창조과학부 장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 보유하고 있다.
질의법인은 또 방위산업부문의 무기개발 시제업체로 선정돼 무기체계의 상세설계 및 시제제작 업무를 하거나(이하 이러한 업무를 하는 업체를 ‘주체계 업체’라고 함) 시제업체로 선정된 타 업체와 물품공급 계약을 맺어 물품을 공급하는 업무를 수행하고 있다.(이하 이러한 업무를 하는 업체를 ‘부체계 업체’라고 함)
질의법인은 방위사업청과 주체계업체로서 XX 개발 계약을 맺고 부체계업체인 ㈜□□□에 XX에 장착할 △△의 납품을 의뢰하고 있다.
질의 법인은 이와 관련해 주체계 업체와 부체계업체가 물품공급 계약을 맺고 부체계업체가 계약 제품을 공급하기 위한 제품개발 연구를 진행할 경우 부체계 업체가 주체계 업체에 물품을 공급하기 위해 수행하는 연구개발 관련 비용이 연구·인력개발비 세액공제 적용을 받을 수 있는지 여부에 대해 물었다.
또한 주체계 업체가 무기체계의 개발을 위해 부체계 업체의 물품을 공급받으면서 지급한 구입비가 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부에 대해서도 물었다.
(조특, 서면-2020-법인-2893 [법인세과-4548] , 2020. 12. 29)
현행 조세특례제한법 제2조(정의) 제1항에서는 “이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.”고 규정하면서 제11호에서 “‘연구개발’이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.”고 규정하고 있다.
또한 조세특례제한법 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) 제1항에서는 “내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.”고 규정하고 있다.
한편 조세특례제한법 시행령 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제1항에서는 “법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. (단서 생략)”고 규정하고 있다.
[관련 사례]
(기획재정부 조세특례제도과-990, 2011. 10. 28.)
제조업을 영위하는 내국인이 기술개발활동을 위하여 연구개발 전담부서에서 지출하는 인건비, 부품ㆍ원재료비 등의 비용은 조세특례제한법 제10조의 규정에 의한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것이며, 이 경우 동 기술개발활동이 거래처의 납품의뢰에 따른 경우에도 동일하게 적용하는 것이므로 납품업체가 자기책임과 비용으로 납품조건을 충족하기 위해 선행개발 된 기술을 바탕으로 자체기술에 의한 상품화 개발 및 Application 개발을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 조세특례제한법 시행령 별표6 1. 기술개발 란 가목의 자체기술개발비용에 해당하는 것임
(기획재정부 조세특례제도과-177, 2017. 02. 09.)
납품업체가 자기의 책임과 비용으로 거래처의 납품의뢰에 따라서 선행개발 된 기술을 바탕으로 자체기술로 상품화개발 등을 수행하는 과정에서 발생한 연구개발 전담부서의 연구개발 관련비용은 조세특례제한법 시행령(별표 6)제1호 연구개발란 가목의 자체연구개발 비용에 해당하는 것임. 이 경우 연구·인력개발비에 해당하는 비용 중 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항 단서규정에 해당되는 비용이 있는 때에는 동 비용을 차감하는 것이나, 납품업체가 자체연구개발에 따른 특허권 등을 소유·사용하면서 납품조건을 충족시키는 개발품(시제품)만을 공급하고 받은 대가는 연구·인력개발비에 해당하는 비용에서 차감하지 아니하는 것임
(국심 2007서1000, 2008. 08. 29.)
본 건의 경우 용역대가의 수령과정을 보면, 원칙적으로 대금수령은 납품 및 검사가 완료된 후 또는 계약이 완전히 이행된 후에 가능한 것이며, 예외적으로 청구에 의하여 소정의 금액을 계약체결 시 수령은 가능하지만 이 금액은 선수금일 뿐이다.
또한 연구개발 도중 ○○○는 청구법인이 연구개발의 실패 등의 사유로 계약을 이행할 능력이 없다고 판단 될 때는 계약을 해제 또는 해지 할 수 있는데 계약이 해제 또는 해지 되는 경우에는 기 납품 및 계약보증금 등의 처리는 ○○○의 지시에 따라야 하고, 이 경우 계약공무원은 ‘물품구매계약일반조건’을 준용하여야 하므로 ○○○에 인수되지 않은 연구개발 중인 시제품 또는 인수되었지만 검사를 통과하지 못한 시제품에 대해서는 방위산업체가 연구개발의 대가를 지급받지 못하므로 청구법인의 연구개발의 실패로 계약을 해제 또는 해지 당하면 투입되는 연구개발비용은 온전히 손실로 처리된다.
이러한 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 것과 아울러 방위산업물자는 대중의 수요를 위해 개발하는 것이 아니라 국가가 요구하는 무기 등의 특정물품을 만드는 것이므로 국가의 요구에 맞춰서 기술개발이 이루어질 수밖에 없는 방위산업의 특수성을 감안하였을 때 비록 계약의 형식은 위탁의 형식을 띠고 있지만, 기술개발내용은 자체기술개발로 봄이 타당하다 할 것이다.
(기준-2016-법령해석법인-0002, 2016. 02. 05.)
귀 과세기준자문의 경우, 내국법인이 납품의뢰 받은 제품을 개발하기 위해 연구개발 활동을 수행하는 과정에서 시제품의 제작과 관련하여 발생하는 조세특례제한법 시행령(별표6) 1.연구개발란 가목(자체연구개발)의 비용은 같은 법 제10조의 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것으로, 자체연구개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비 등 소모품비와 복리후생비는 포함하지 않는 것이나, 시제품 제작에 사용하기 위한 부품구입비는 이미 개발되어 기존제품에 사용되고 있는 부품인지 또는 범용성 있는 부품인지 여부에 관계없이 포함하는 것임
