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“국세청 유권해석으로 침해된 국민권익…기재부가 새 해석 내 놔야”
“국세청 유권해석으로 침해된 국민권익…기재부가 새 해석 내 놔야”
  • 박상근 세무사
  • 승인 2021.03.19 09:00
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등록임대사업자의 1세대 3주택 중 거주주택 양도 시 쟁점과 대책
박상근 세무사

형평과세는 무엇일까. 정부가 장려한 장기임대주택사업자로 등록한 한 납세자가 본인이 거주하던 집을 지난해 팔고 새 집으로 들어가는 과정에서 일시적으로 3주택이 됐다가 세금폭탄을 맞았다. 본래 거주하던 주택이 9억이 넘는 고가주택이기 때문에 장기보유특별공제를 받지 못하고 양도가액 중 9억 초과한 금액에 대해서 양도소득세를 중과한다고 국세청이 지난 2019년 유권해석을 내렸기 때문이다.

한편 올해 기획재정부는 양도세 중과 대상 주택의 범위를 합리적으로 조정한다는 이유로 ‘소득세법 시행령’을 개정해 2월 17일부터 시행중이다. 개정 소득세령으로 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택 또는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에서 제외되는 주택이 추가됐다. 합리적인 조정을 위해 시행령이 바뀌었지만, 국세청은 여전히 2019년에 내놓은 유권해석에 근거해, 이같이 일시적 3주택자에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 양도세를 중과하고 있다. 1세대 1주택 양도차익은 원칙적으로 비과세인데다, 예규가 개정 소득령과도 충돌하는데도 국세청은 기존의 예규를 고집하며 과세하고 있다. 전문가가 문제점을 사례와 함께 도출하고, 대책을 제안한다.   /편집자 주

 

Ⅵ. 대책
 

1. 기획재정부에 질의하여 새로운 유권해석을 받는 방법

‘쟁점 사례’에 대한 국세청 유권해석은 종전 법률(구법)에 의하더라도 위법한 유권해석이지만 개정법률(신법)에 의하면 위법한 유권해석임이 더욱 명확하다. 관련 납세자는 개정 법률 내용을 주장해 쟁점 사례와 같은 경우 중과세율 적용 대상이 아니라는 내용의 새로운 유권해석을 받아 내는 방법을 시도하는 전략이 필요하다.

세법에 대한 유권해석은 먼저 국세청을 거치고 최종적으로 기획재정부장관에게 제출해야 한다. 국세청장과 기획재정부장관은 위법한 국세청 유권해석으로 억울한 세금을 부과받아 권익을 침해당한 납세자의 고통을 조기에 해결한다는 측면에서 쟁점 사례에 대해 적법한 유권해석을 새로이 내놓아야 한다.

 

2. 불복절차로 구제받는 방법

가. 과세관청으로부터 양도소득세를 추징 받은 경우

‘쟁점 사례’의 경우 거주주택 양도일이 개정법률 시행일(2021.2.17.) 전으로서 납세자가 1세대 1주택 규정을 적용하고 중과 제외 주택으로 보아 양도소득세를 신고납부한데 대해 과세관청이 1세대 3주택 양도로 보아 중과 세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제해 과소 신고납부한 양도소득세를 추징한 경우에는 어떻게 할 것인가? 이 경우에는 관할세무서 또는 지방국세청에 이의신청, 국세청에 심사청구 또는 조세심판원에 심판청구, 법원에 행정소송 등 관련 쟁송절차를 거쳐 구제받는 방법만이 유효하다.

이때 각 불복절차에 있어 쟁송제기 기한을 철저히 지켜야 한다. 기한을 넘긴 불복청구는 심리 없이 각하됨을 유념해야 한다. 또한 개정법률 내용을 적극적으로 제시, 국세청 유권해석의 부당성과 신법이 구법에 우선하여 적용됨을 적극적으로 주장해야 한다.

 

나. 1세대 3주택 이상인 거주자가 개정법률 시행일인 2021.2.17. 전에 거주주택을 양도한 경우로서 양도소득세 신고납부 기간 중에 있는 경우

쟁점 사례의 경우 거주주택 양도일이 개정 법률 시행일(2021.2.17.) 전인 경우에는 일단 국세청 예규에 의하여 거주주택 양도가액이 9억원을 초과하는 고가주택인 경우 9억원 이하 해당 양도차익은 비과세된다. 그리고 양도가액 중 9억원 초과에 해당하는 양도차익에는 양도소득세 중과가 적용된다. 이 경우 중과세율(누진세율 + 20%p)이 적용되고 장기보유특별공제가 배제된다.

납세자는 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제한 양도소득세를 신고납부한 후 법정신고일로부터 5년 이내에 국세기본법 제45조의2에 규정된 ‘경정청구’로 정당한 세액을 초과하여 신고·납부한 세액을 환급받는 방법을 택하는 게 바람직하다.

이 경우 경정청구기한(법정신고일로부터 5년 이내)을 반드시 지켜야 하고, 경정 거부 시에는 위 ‘2의 가’의 불복 절차를 거쳐야 한다. 과다 신고·납부한 세액을 환급받을 시에는 납부일로부터 환급일까지 법 소정의 환급가산금(이자 성격)을 가산하여 환급받는다.

 

3. 정상적으로 신고 납부하는 방법

1세대 3주택인 등록임대사업자가 개정법률 시행일(2021.2.17.) 이후 거주주택을 양도한 경우 양도일이 속하는 달의 말일로부터 2개월 이내에 양도소득세를 신고·납부하면 된다. 이 경우 개정 법률에 의하여 1세대 1주택으로서 혜택을 받는다. 그리고 양도가액이 9억원을 초과하는 경우에도 9억원 초과분에 해당하는 양도차익에 양도소득세가 중과되지 않으므로 일반 누진세율(6~42% 또는 6~45%)이 적용되며, 1세대 1주택에 적용되는 특례 장기보유특별공제(소득세법 제95조 제2항의 표2) 적용도 가능하다.

 

Ⅶ. 결론


‘쟁점 사례’와 같이 조정대상지역에 있는 거주주택을 소유한 등록임대사업자가 대체주택을 취득해 일시적 1세대 3주택 이상인 상태에서 거주주택을 양도하고, 그 양도가액이 고가주택에 해당하는 경우 양도가액 중 9억원 초과 금액에 해당하는 양도차익에 중과세율(누진세율+ 20%p)이 적용되고 장기보유특별공제가 배제된다는 국세청 유권해석은 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호(신법)와 ‘충돌’한다. 또한, 개정 전 소득세법 시행령 제167조의3 제1항(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 구법)도 신법과 상호 충돌한다.

신법에서 일시적 1세대 3주택 이상인 등록임대사업자의 거주주택 양도를 중과세율 적용 제외 주택에 추가하는 입법은 이를 중과세율 적용대상으로 취급한 과거의 잘못을 시정하기 위한 입법으로 보인다. 이 경우 신법이 구법에 우선해 적용된다는 법 적용 원칙, 과거의 잘못을 반성하기 위한 입법과 관련된 사건에는 새로운 법을 적용해야 한다는 대법원 판례에 따라 ‘쟁점 사례’의 경우 중과세율을 적용할 수 없다.

그리고 현행 소득세법상 1세대 1주택, 고가주택, 다주택자중과 규정의 입법 체계와 취지를 감안할 때, 쟁점사례(대체주택 취득으로 일시적 1세대 3주택이 된 등록임대사업자의 거주주택 양도)는 1세대 1주택 양도에 해당해 중과세율 적용 대상이 아니다. 국세청 유권해석의 근본적인 문제점은 1세대 1주택과 고가주택의 입법취지를 무시하고 1세대 1주택 양도를 중과하는 데 있다. 현행 소득세법상 1세대 1주택 양도가 고가주택 양도에 해당한다하여 중과세율을 적용한다는 법 규정은 없다.

대체주택 취득으로 일시적으로 1세대 3주택이 된 등록임대사업자의 거주주택 양도가 고가주택 양도에 해당한다하여 중과세율을 적용해야 한다는 ‘국세청 유권해석’은 조세법은 문언에 따라 엄격 해석해야 한다는 ‘조세법률주의’에 위배된다. 이에 따른 양도소득세 부과처분은 취소 대상이거나 무효에 해당한다.

또한 ‘국세청 유권해석’은 국세청의 다른 유권해석(서면-2015-부동산-0195, 2015.3.13.) 및 대법원 판례(대법원 2014.2.27. 선고, 2010무27806 판결)에도 어긋나는 것으로서 국민의 재산권을 부당하게 침해하는 유권해석이다. 기획재정부는 소득세법 제167조의3에 대한 국세청의 위법한 유권해석으로 침해된 국민의 재산권(권익)을 방치해선 안된다.

소득세법 시행령 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)에 대한 국세청의 위법한 유권해석으로 고액의 양도소득세를 부과받은 국민이 이를 국세청 심사청구 또는 조세심판원 심판청구, 행정법원(또는 지방법원)·고등법원·대법원의 행정소송 등 쟁송을 거쳐 구제받으려면 2년 여 기간이 걸린다. 이 경우 장기간의 불복절차에 따른 막대한 비용과 노력이 들고 이에 따른 정신적·육체적 고통은 상상을 초월한다.

국세청의 위법한 유권해석으로 침해된 국민권익의 조기 구제 차원에서 기획재정부는 ‘쟁점사례’의 경우 양도소득세 중과세율 적용대상이 아님을 확인하는 새로운 유권 해석을 조속히 내놓아야 할 것이다.

 

[참고자료1] 1세대 1주택 비과세 특례 대상 주택(소득세법 시행령 제155조)이 대체주택 취득으로 일시적으로 1세대 3주택이 된 경우 1세대 1주택으로 유권해석(예규)

국세청은 장기임대주택(소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 각 목)과 거주주택(소득세법 시행령 제20항)을 소유함에 따라 1세대 2주택이 된 상태에서 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 대체주택을 취득해 일시적 1세대 3주택이 된 경우에도 대체주택을 취득한 날로부터 일정기간 내에 거주주택(종전주택)을 양도하는 경우에는 1세대 1주택으로 본다는 유권해석을 일관되게 유지하고 있다.

① 부동산거래관리과 – 1003, 2011.11.30.

장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 비과세 특례가 적용


② 부동산거래과 – 0975, 2011.11.21.

장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 일시적 2주택 비과세 특례가 적용


③ 부동산거래관리과 – 1021, 2011.12.07.

소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 각 목에 따른 주택(장기임대주택)을 소유하고 있는 경우에도 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 비과세 특례가 적용


④ 부동산거래관리과 - 316, 2012.06.11.

장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 거주주택 양도 시 일시적 2주택 비과세 특례를 적용받을 수 있다.


⑤ 부동산거래관리과 – 33, 2015.01.21.

장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따른 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있다.


⑥ 서면-2015-부동산 - 0195, 2015.3.13.

장기임대주택을 소유하고 있는 경우에도 2년 이상 거주한 거주주택을 양도하는 경우에는 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있는 것이며 해당 거주주택이 고가주택(실가 9억원 초과)인 경우 「소득세법 시행령」 제160조 제1항에 따라 양도차익을 산정하고 장기보유특별공제율은 같은 법 제95조 제2항 #2(10년 이상 보유 최대 80%)를 적용한다.


⑦ 서면-2018-부동산-2120 2018.07.11.

장기임대주택을 소유하고 거주주택을 양도하는 경우에는 소득세법 시행령 제155조 제1항에 따라 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있으며, 해당 임대주택이 재건축사업으로 철거되는 경우 임대기간 계산은 재건축 후 신축된 주택의 임대기간을 합산하여 계산한다.

 

[참고자료2] 1세대 1주택인 거주주택이 고가주택인 경우 양도소득세 중과세율 적용 대상이라는 유권해석(예규)

① 사전답변-2019-법령해석 재산-0368, 2019.11.01.

장기임대주택 특례(거주주택 + 장기임대주택)와 일시적 2주택 특례(거주주택 + 신규취득주택)를 중첩 적용해 1세대 1주택으로 보되, 고가주택의 경우 양도가액 9억원 초과분에 대한 양도소득은 과세되며, 양도일 현재 1세대 3주택인 경우 중과세율이 적용되고 장기보유특별공제가 적용되지 않는다.


② 서면부동산 2018-3457 2019.02.14.

1세대 3주택자[조특법 제99조의2 특례주택 + 일시적 2주택 비과세 주택(거주주택 + 신규취득주택)가 거주주택 양도시, 거주주택 비과세 주택이 고가주택이면서 조정대상지역에 있는 경우 9억 초과분에 대해서 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(20% 가산)을 적용한다. 즉 위 질의해석으로 유추해 보면 양도하는 주택이 고가주택(9억 초과)이고 조정대상지역에 있으면서 아래 요건 중 하나에 해당하는 경우 9억원 초과분은 장기특별공제 배제 및 중과해 과세해야 한다. 여기서 양도주택은 일시적 2주택자의 종전주택(2년 이상 거주주택)을 말한다. ①“조특법상 특례주택 + 일시적 2주택”으로서 1세대 3주택 이상인 경우:20% 중과 ②“장기임대주택 + 일시적 2주택(2년 이상 거주주택 + 미등록 일반주택)”으로서 1세대 3주택 이상인 경우:20% 중과

 

[참고자료3] 고가주택 관련 소득세법 규정

●소득세법 제89조(비과세 양도소득) 제1항 제3호

다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 

●소득세법 제95조 제1항, 제2항

제95조(양도소득금액) ①양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

②제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대해 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획인가 및 「빈집 및 소규모 주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. <개정 2012.1.1., 2013.1.1., 2014.1.1., 2015.12.15., 2017.2.8., 2017.12.19., 2020.8.18.>

 

●소득세법 시행령 제156조

제156조(고가주택의 범위) ①법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체 주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. <개정 2005.12.31., 2008.2.22., 2008.10.7., 2010.2.18., 2014.2.21.>

 

●소득세법 시행령 제159조의3

제159조의3(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. <개정 2008.2.22., 2018.10.23.>

 

●소득세법 시행령 제160조

제160조(고가주택에 대한 양도차익 등의 계산) ①법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다. <개정 1999.9.18., 2002.12.30., 2008.2.22., 2009.2.4.>

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익× 양도가액 – 9억원 / 양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 × 양도가액 – 9억원 / 양도가액

 

 


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