Ⅰ. 제도 개요
2. R&D 세액공제 사전심사 제도
□심사제도 개요
○(신청범위)이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정인 비용도 신청이 가능하며, 금액제한은 없다.
*세액공제를 이미 신청한 사항, 보완요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 제외
- 다만, 법인세(소득세) 과세표준 신고 시 활용 목적으로 정확한 공제가능 금액을 통보받기 위해 과세연도별로 모든 비용·항목에 대해 신청하는 것을 권장 필요
○(신청인)연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자
*의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고 가능
○(신청기한)법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 신청 가능하며, 법인세(소득세) 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후신고 전까지 가능
*세액공제를 과세표준 신고 시 신청하지 아니한 부분에 대하여는 심사 신청 가능
○(신청서류) 연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발비 명세서, 연구개발 보고서, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류*를 제출해야 한다.
*연구개발 활동 관련자료(작성자와 작성일이 기입된 연구노트 및 단계별 연구보고서, 특허, 논문, 시제품 전시 자료 등)
○(신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실·본점소재지 관할지방청 등)
*(홈택스) 신청/제출 > 일반세무서류 신청 > 민원명 찾기 “연구” > 조회하기 > 연구·인력개발비 사전심사 신청
**재심사는 같은 조회 화면에서 연구·인력개발비 사전심사 재심사 신청
□심사제도 절차
○심사업무 프로세스
○(심사절차) 2021년부터 일반기업은 국세청 본청에서 중소기업은 본점소재지 관할 지방청에서 심사진행
-심사단계는 기술·비용심사로 구분되며, 기술심사는 본청에서 비용심사는 지방청에서 진행
○(심사방법) 사전심사는 신청인의 편의를 위해 서면심사로 진행
-다만 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구 또는 현장확인이 진행될 수 있다.
Ⅱ. 주요 예규, 판례
1. 연구개발 활동
□일반사항
[사건번호]
서울고등법원-2017-누-62718 (2018.01.09.)
[제 목]
조세특례제한법 제9조 제5항의 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 한다.
[판결내용]
앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법 제9조 제5항의 연구개발은 과학적, 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동 등으로 제한되어야 하고, 제품의 일부 개선이나 변용, 제조방법의 단순한 능률화 등의 활동과는 본질적으로 구별되는 연구활동이어야 한다.
더욱이 범용성이 없어 대부분의 경우에 소재의 고객별,용도별 변용이 불가피한 석유화학제품에 있어서는 체계적이고 창의적인 활동으로서의 연구개발에 해당하는 활동과 이에 해당하지 않는 소재의 단순 변용, 개선이나 개별 고객의 주관적인 요구를 만족시키기 위한 활동 등을 엄격히 구분할 필요성이 더욱 크다고 할 수 있다.
그런데 AAA 연구원들이 고객의 요구사항에 따른 맞춤서비스를 제공하기 위해 영업부서 직원들과 함께 출장상담을 다니는 등으로 수행한 ZZZ 업무라든가 고객의 불만이나 불편사항 등을 처리하기 위해 수행한 CCC 업무 등은 대부분 연구활동으로 보기 어렵고, SSS 업무의 경우에도 그 상당 부분이 고객사의 공정개선, 교육활동, 기술지도 등으로 보일 뿐 체계적이고 창의적인 활동으로서의 연구활동에 해당한다고 보기 어렵다.
[사건번호]
서울행정법원-2016-구합-56905 (2017.07.13.)
[제 목]
연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 연구개발비 세액공제 대상이 될 수 있다.
[판결내용]
위 관계 법령의 규정내용에 비추어 보면 구 조세특례제한법 제9조 제5항이 규정하고 있는 “연구개발”이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, ‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창의적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 한다.
이 때 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 그것이 기존에 이미 상용화·사업화된 기술과 동일성이 인정되는 범위 내에서 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였다거나, 특정 소비자의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것으로는 부족하고, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구활동이어야 할 것이다.
[사건번호]
조심-2018-중-3161 (2018.11.13.)
[제 목]
연구·인력개발비 세액공제와 관련해 연구개발활동이 없거나 전담직원이 없었던 것으로 보아 세액공제를 부인한 처분의 당부 등
[판결내용]
청구법인과 처분청이 제출한 증빙 등에 비추어 청구법인은 OOO이 군에 납품한 장비에 대한 사후관리, 유지보수 및 교육용역을 제공하고 있고, 그러한 과정에서 습득한 애로사항이나 노하우 등을 보고서 등을 통해 관리하거나 이를 OOO에 통보하거나 매년 교육교재 등에 반영하고 있는 것으로 보이나 이러한 것으로는 「조세특례제한법」 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’인 연구개발에는 미치지 못하는 것으로 판단된다.
설령 청구법인이 이러한 활동이 연구개발에 해당한다고 하더라도 청구법인이 연구인력개발비 세액공제대상으로 본 직원들의 인건비는 경영팀과 교육팀에 소속된 직원들의 것으로 이들은 청구법인의 인사, 총무, 사업관리 등의 업무나 장비의 운용·정비교육에 종사하고 있으므로 이들이 연구개발에 전담하고 있다고 보이지 않고 달리 청구법인에 연구개발을 전담하는 부서나 전담하는 직원이 있다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점법인세처분 시 쟁점연구인력개발비 세액공제를 부인한데에 달리 잘못이 없다고 판단된다.
□신성장동력 관련
[문서번호]
서면-2019-법인-2293 (2019.09.19.)
[제 목]
신성장동력 기술에 대한 국외 위탁개발비용이 세액공제 대상인지 여부
[답변내용]
「조세특례제한법 시행령」 제9조(2017.2.7. 법률 제27848호로 개정되기 전의 것)에 따른 신성장동력·원천기술 개발비 세액공제 대상 비용에는 위탁개발에 따른 비용도 해당하는 것이나, 수탁기관 등이 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항 각 호에 해당하는 연구소 또는 전담부서에 해당해야 하며, 국외 위탁개발비는 세액공제 대상에 해당하지 않는다.
