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기존 시스템 기능추가·개선 위탁개발비…연구·인력개발비 해당 안돼
기존 시스템 기능추가·개선 위탁개발비…연구·인력개발비 해당 안돼
  • 국세청 제공
  • 승인 2021.12.31 11:36
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R&D 세액공제 사전심사 <5>

Ⅱ. 주요 예규, 판례


1. 연구개발 활동

□ERP 관련

[문서번호]

조심-2015-부-2443(2018.10.29.)

[제목]

청구법인의 차세대 전산시스템 구축개발을 위한 위탁용역비용이 연구인력개발비 세액공제 적용 대상인지 여부

[결정내용]

청구법인이 제출한 “차세대시스템 구축 계약서” 등에 의하면 차세대전산시스템은 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동이라기보다는 청구법인의 업무생산성 및 효율성과 영업경쟁력을 강화하기 위해 기존의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 전산시스템을 개선하기 위한 것으로 보이고, 이는 결국 기술변화 및 시대와 고객의 요구에 따라 종전 서비스가 기능·사용자·상품 중심으로 재편되고, 카드·방카슈랑스·유가증권 등의 서비스와 연계한 인터넷·모바일 등으로의 접근 방법이 확장되었을 뿐, 기본적으로 “기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 유형·무형의 설비”라는 본질적 속성에서는 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템”과 다르지 아니한 것으로 보이는 점, 2011.12.31. 「조세특례제한법」 개정으로 새로운 서비스 개발을 위한 활동이 연구개발 활동으로 추가되면서 “새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발을 위한 활동”의 경우 자체연구개발비용만 연구·인력개발비세액공제가 적용되는 것으로 하였으므로 청구법인 주장과 같이 차세대 전산시스템 개발이 고객들에게 새로운 서비스를 제공하기 위한 활동에 해당한다면 청구법인의 2011사업연도분 위탁개발비용은 연구·인력개발비세액공제를 적용받을 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점위탁비용을 연구·인력개발비세액공제 대상에서 제외되는 「조세특례제한법 시행령」 [별표6] 제1호 나목의 “전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용”으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 

[문서번호]

조심-2013-서-0876(2015.04.28.)

[제목]

쟁점위탁개발비가 연구·인력개발비 세액공제대상에 해당하는지 여부

[결정내용]

연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말한다고 할 것인바, 제1쟁점위탁개발비(OOO원)는 대부분 새로운 시스템의 개발이라기보다는 기존 시스템에 일부 기능을 추가하거나 개선하기 위한 활동으로 보이는 점, 일부는 청구법인의 통상적인 영업활동과 관련된 시스템으로서 일반적인 관리 및 지원활동에 해당한다고 보이는 점 등에 비추어 제1쟁점위탁개발비는 「조세특례제한법」 제10조의 연구·인력개발비 세액공제가 적용되는 연구·인력개발비로 보기 어렵다고 판단된다.

 

2. 인건비 관련

□인건비 일반사항

[문서번호]

서울고등법원2010누25635(2011.02.10.)

[제목]

일반사원과 혼재된 채 일반 매출활동에도 참여하고 있는 경우에 연구 및 인력개발비 세액공제 적용이 배제

[판결내용]

이 사건 과세특례규정은 앞에서 본 바와 같이 전담부서에 근무하는 직원으로서 연구업무에 종사하는 연구요원 등의 인건비에 대하여만 세액공제를 인정하고 있는 점, 전담부서의 지원인력의 경우에도 연구업무에 종사하는 연구요원의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 한하여 그 인건비에 대한 세액공제를 인정하고 있는 점 등을 종합해보면 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대해 이 사건 과세특례규정이 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 해석해야 할 것이며, 나아가 연구업무 외의 다른 업무는 연구업무 전담연구원의 연구업무 수행과 직접적인 관련성을 갖는다는 사정이 인정되지 않는 한 연구업무에 포함되는 것으로 해석할 수 없다고 할 것이고, 한편, 과세대상인 인건비가 비과세 혹은 면세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있다고 할 것이다.

(대법원 1996.4.26. 선고 94누12708 판결 등 참조)

 

[사건번호]

서울행정법원-2016-구합-56905(2017.07.13.)

[제목]

연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 연구개발비 세액공제 대상이 될 수 있다.

[판결내용]

1) 먼저, BBB 연구원들이 수행하는 업무가 구 조세특례제한법 제9조 제5항 전단의 “연구개발” 개념에 포섭되는지 여부에 관하여 본다.

① BBB 연구원들의 S00-00 업무는 고객과의 상담을 통해 고객이 보유한 기계의 특수성이나 고객이 원하는 특징을 반영해 기존의 기술이나 제품을 다소 변형·보완한 기술이나 제품을 제공함으로써 구매를 촉진하기 위한 활동이다. 이러한 개별고객의 수요에 따른 맞춤형 제품의 연구·생산은 기술적 진전 혹은 새로운 제품의 개발이라고 보기 어렵다.


② C&C 활동의 경우 기본적으로 제품의 고장이나 불량 등으로 인한 불만사항을 해결한다는 점에서는 통상의 A/S업무와 크게 다를 것이 없다. 다만 객관적인 고장으로 인한 수리뿐 아니라 고객의 주관적인 불편감이나 불만사항까지도 상담하여 해결해 주고, 깊이 있는 연구가 필요한 경우에는 자체적인 연구활동으로까지도 연결될 수 있다는 점에서 차이가 있으나, 고객의 불만해결이 항상 연구활동이나 새로운 소재·제품의 개발로 연결되는 것이 아니고 오히려 그와 같은 경우가 특별한 경우인 것으로 보이므로, C&C 활동 역시 통상적으로 연구개발의 범주에 포함된다고 할 수 없다. 또한 원고가 수행한 S000 과제 중 ‘부품의 플라스틱화를 통한 원가절감’, ‘친환경제품 제공을 통한 인지도 및 경쟁력 강화’, ‘공동마케팅 및 품질개선을 통한 고객 사업확대 지원’, ‘고객 성장·시장개척 지원’ 등은 개별고객의 영업활동에 도움을 주기 위한 목적을 가질 뿐 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 체계적이고 창의적인 활동이라고 보기 어렵다.


③ BBB의 연구원이 영업사원과 함께 고객을 방문해 고객에게 제품설명 및 교육을 제공하는 업무나 내부적으로 원고의 영업사원들을 교육하는 업무는 그 자체로 연구개발활동으로 볼 수 없고, 전문가가 계약체결 전 단계에서부터 고객과 접촉해 전문적인 내용을 설명·협상하고 고객의 수요를 파악함으로써 신규거래의 개시나 기존고객과의 거래확대를 목적으로 한 영업활동을 지원하는 행위는 고도의 영업전략으로 평가되기도 하는바, 이는 조세특례제한법 시행령 제8조 제1항의 시장조사 및 판촉활동이나 반복적인 정보수집 활동, 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동에 해당할 여지도 있다.

BBB의 운영경비는 전체 경비지출의 15.86%를 차지하고, 그 중에서도 BBB 연구원들의 출장비, 통신비, 교제비 등의 합계가 전체 경비지출의 약 7%에 이르는바, 앞서 본 바와 같이 연구개발활동으로 보기 어려운 고객과의 만남이나 전화상담이 BBB 연구원들의 업무 중 중요한 부분을 차지하고 있다.


④ BBB는 조직의 성과를 평가하는 기준으로 원고 산하의 다른 기업부설연구소에 속하는 석유화학연구소와 달리 연구성과창출, 특허확보 등이 아닌 고객확보, 신규시장 개척, 기존시장 확대 및 유지 등을 들고 있고, 자체적으로 제작한 BBB 소개자료에도 객관적인 기술의 진전을 위한 창의적인 활동을 목적으로 하는 것이 아니라 개별고객으로부터 의뢰받은 기술이나 제품의 개발 및 연구에 주안점을 두고 고객의 수요를 만족시키는 것이 목적임을 분명히 하고 있다.

이처럼 BBB가 연구활동과 영업을 접목시킨 기관으로서 그 소속 연구원이 수행하는 업무 역시 마찬가지의 성격을 갖는다는 점은 대내외적으로 이미 널리 인식되어 있었다.


⑤ 과학기술진흥협회장이 구 기초연구법에 기초해 2014년 4월경 실시한 BBB 현지확인결과, 소속 연구원의 ‘연구개발활동 수행내역 확인’ 및 ‘연구원의 연구개발 전담여부’ 항목에서 ‘이상없음’ 평가를 받았다고 하더라도, 그 결과에 법원이 기속되는 것은 아니고, 현지확인은 주로 BBB가 제시하는 자료에 기초하여 단시간 내에 이루어지는 것이므로 물적시설이나 인적구성 등 형식적 요건에 주안점을 두었을 것이며, ‘연구개발’이나 ‘전담여부’의 판단을 위한 관계법령의 해석에 다소 어려움이 있을 수 있기 때문으로 보인다.


⑥ 다만 원고의 주장과 같이 BBB의 연구원이 고객을 만나 상담하고, 고객의 요구사항을 반영한 제품을 만드는 과정에서 얻은 아이디어를 계기로 하여, 특정 고객의 수요를 충족시킬 뿐 아니라 객관적으로 과학적 또는 기술적 진전으로 평가될 만한 창의적인 연구개발활동을 수행할 가능성이 있는 것은 사실이고, 그 동안 BBB가 출원·등록한 다수의 특허 및 신제품 개발을 수반한 s000의 제공 등이 그 대표적인 사례에 해당한다. 이러한 경우 연구원들이 수행한 해당 연구업무는 연구개발의 범위에 포함될 수 있을 것이다.

 

 


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