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[R&D 세액공제] 연구소 직원·설비 없고 조직도·인사서류상 소속 아니면 세액공제 안 돼
[R&D 세액공제] 연구소 직원·설비 없고 조직도·인사서류상 소속 아니면 세액공제 안 돼
  • 국세청 제공
  • 승인 2022.01.21 09:25
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R&D 세액공제 사전심사 <7>

Ⅱ. 주요 예규, 판례

2. 인건비 관련

□인건비 일반사항
[문서번호]

조심-2017-서-2707(2017.10.17.) 
[제목]
쟁점인건비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부
[결정내용]
세액공제를 부인한 연구원의 쟁점인건비 상당액은 처분청이 세무조사과정에서 확보한 조직도, 구내전화번호부, 조직구성도 및 근태부에 의해 연구개발 업무부서 외에 소속되어 근무한 것으로 확인되는 인건비이며, 이들이 실제 기안한 품의서 등에서도 영업부와 관리부 등 연구소 외의 부서에서 업무를 수행했다는 사실이 확인되는 점 등에 비추어 해당 연구원들이 연구업무에 전담했다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 보이므로 처분청이 쟁점인건비에 대한 세액공제를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

 

[문서번호]
조심-2016-서-3836(2017.06.29.) 
[제목]
전담연구원이 아닌 겸직자에 대한 인건비 지급액을 연구인력개발비 공제대상으로 볼 수 있는지 
[결정내용]
청구법인은 반도체의 설계부터 생산까지 전과정을 책임지는 종합반도체 회사OOO가 아닌 반도체 설계 및 개발을 전문으로 하는 OOO인 점, 쟁점직원들은 설계팀, TEST기술팀, 품질관리팀, Application팀 등에 소속된 직원들로서 연구업무에 종사하는 연구요원들인 점, 반도체 개발은 회로설계, 레이아웃(mask) 설계, 웨이퍼 패브리케이션, 테스트 프로그램 개발, 어플리케이션 검증, 신뢰성 평가 등의 업무가 상호 유기적으로 결합되어 업무가 수행되는바, 연구개발 활동에 포함되지 않는 부서와도 피드백하는 과정이 일부 있었을 수 있으나, 쟁점직원들이 연구개발활동에 포함되지 않는 업무를 겸하여 수행했다고 볼 만큼의 구체적인 정황 등이 나타나지 않는 점 등에 비추어 쟁점직원들이 연구개발 활동에 전담하지 않았다고 보기는 어렵다 할 것이다.
다만, 청구법인이 쟁점직원 중 2~3명은 겸직한 것으로 인정하고 있으므로 청구법인의 팀별·개인별 업무 성격 및 내용 등을 감안해 쟁점직원들이 겸직자에 해당하는지 여부를 재조사해 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 
「조세특례제한법 시행령」 제8조 제1항 및 [별표6]에서 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용은 자체연구개발, 위탁 및 공동연구개발과 관련한 인건비, 연구용으로 사용하는 견본품, 부품, 원재료 등의 구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)로 규정하고 있는 점, 청구법인은 반도체를 개발하는 업체로서 반도체 개발과정은 최초 회로설계부터 최종적으로 신뢰성 평가에 의한 제품생산까지 샘플제작 등의 비용이 필수적으로 소요되는 점, 청구법인이 제출한 증빙에 의하면 청구법인이 2011~2014사업연도 중 지출한 공동연구개발과 관련한 비용 및 미신청한 자체개발 연구개발비용은 실제 Mask 제작비, 실험용 자재 구입비, 시제품(Sample) 외주비용, 테스트 관련 비용 등으로 지출되었음이 전표, 거래처원장, 세금계산서, 입금확인증 등에 나타나는 점 등에 비추어 공동연구개발 관련 비용 및 미신청한 자체연구 관련 비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보인다.

 

[문서번호]
조심-2016-서-3201(2016.10.28.)
[제목]
쟁점직원들의 인건비가 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부
[결정내용]
청구법인은 쟁점직원들의 인건비가 연구·인력개발비에 대한 세액공제의 대상이라고 주장하나, 조사청이 청구법인의 기업부설연구소를 현장확인한 결과 직원·설비가 없었던 것으로 나타났고, 조직도 및 인사서류 뿐만 아니라 경비 사용내역 등에서 쟁점직원들이 타부서 소속인 것으로 조사된 점, 청구법인의 기업부설연구소에서 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동에 해당하는 연구개발이 있었고 쟁점직원들이 연구개발을 전담했다는 주장을 확인할 입증자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어 쟁점직원들의 인건비에 대해 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 

 

[문서번호]
조심-2015-중-2163(2016.10.06.)
[제목]
처분청이 제시한 사정만으로 ○○사업부의 연구소를 부설연구소가 아니라고 단정하기는 어렵다.
[결정내용]
연구소장 OOO의 인건비를 세액공제 대상이 아니라고 하기는 어려우나, 생산팀, 조색과 및 품질관리과 등에서 근무한 직원들은 세액공제 대상인 ‘연구소에서 근무’(「조세특례제한법」 별표6 참조)한 것으로 인정하기 어려우므로 별지 목록 기재 직원들의 인건비는 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다 하겠다.

 

[문서번호]
조심-2015-중-4344(2015.11.16.)
[제목]
쟁점금액이 연구·인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부
[결정내용]
처분청 소속 세무공무원이 청구법인에 출장하여 현장확인한 결과, OOO명판이 부착되어 있는 건물 1층에는 1명의 사무원 외에 직원이 근무하지 않고, 연구시설 및 연구 관련 자료·서류·문구·비품 등이 없으며, 연구원으로 등재된 직원들은 모두 2층 사무실의 설계팀에서 근무하고 있는 것으로 확인되고, 연구전담 요원으로 등재된 OOO부장은 2013년에는 연구실적이 없어 보고서 등 연구 관련 증빙서류가 존재하지 않는다고 진술한 점, 설령, OOO작성한 2013년도 연구진행 개요 보고서를 인정하여 2013년에 연구활동이 있었던 것으로 본다 하더라도, 2013년 중 실제 연구기간은 52일에 불과한 점, 청구법인은 2013.4.15. OOO가 취소된 이력이 있는 점 등에 비추어 쟁점금액에 대해 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

 

[문서번호]
조심-2015-부-3732(2015.11.02.) 
[제목]
쟁점연구인력개발비가 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부
[결정내용]
청구법인은 2010.1.21. 사무실과는 구분된 연구전담부서를 설치(한국산업진흥협회장 인정)하여 연구전담요원 2명(연구원, 연구보조원)을 배치하고 자동차시트 설계 관련 연구개발 및 직원교육 업무를 전담하고 있는 점, 청구법인이 조세심판관회의에서 제시한 자동차시트 설계 관련 연구성과 목록과 그에 대한 증빙(동영상 등)이 신빙성이 있어 보이는 점, 조특법 제9조 제5항에서 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을, 인력개발은 임원이나 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하는 것으로 하고 있는바, 청구법인의 연구전담 요원들이 수행하는 기존설계에 대한 기술개선과 새로운 설계방법 연구 및 설계업무 종사직원에 대한 교육활동은 조특령상 연구인력개발 활동으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 연구전담 요원들이 매출활동에 직접 제공되는 일반적인 관리 및 지원활동을 한 것으로 보아 쟁점연구인력개발비에 대해 조특법 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 적용을 배제하고 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 

 

[문서번호]
조심-2015-전-1070(2015.05.19.) 
[제목]
쟁점연구원에 대한 인건비가 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구·인력개발비 세액공제 대상인지 여부
[결정내용]
청구법인은 쟁점연구원이 연구업무를 전담해 수행하고 있으므로 이들에 대한 인건비는 연구·인력개발비 세액공제 적용대상이라고 주장하나, 쟁점연구소는 2006.5.30. 한국산업기술진흥협회로부터 구 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 기업부설연구소로 인정받은바 있으나 동 협회에 쟁점연구원을 연구원으로 등재하지 아니한 점, 청구법인이  경정청구 시 제시한 쟁점연구소의 구성내역 및 팀별 주요업무(2012.1.1. 기준)에서 쟁점연구원이 속한 Project Management 팀의 주요업무에 연구업무와 직접 관련이 없는 ‘고객 및 본사 업무 대응’이 포함되어 있고, 동 업무는 OOO 소재 사무소에 근무하는 쟁점연구원의 업무 중 일부로 보이므로 쟁점연구원이 「조세특례제한법 시행령」 [별표6]의 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원에 해당되는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구원의 인건비에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 

 


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