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관세청, “수정수입세금계산서 발급이 대원칙”…’경미한 과실’ 폭넓게 인정
관세청, “수정수입세금계산서 발급이 대원칙”…’경미한 과실’ 폭넓게 인정
  • 이유리 기자
  • 승인 2022.02.08 09:13
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부가세법시행령 8일 국무회의 의결...수입업체 가격오류 ‘경미한 과실’ 인정
관세청, ‘수정수입세금계산서 발급 운영지침’ 개정, 7일부터 시행
권리구제 절차 신설…”납세자보호위원회에서 미발급 적정성 사전 심의”

관세청이 수정수입세금계산서 발급사유를 더욱 폭넓게 인정한다. 

수정수입세금계산서는 수입가격을 바로잡는 과정에서 원래 신고했던 금액보다 수입가격이 높아지는 경우 수입업체가  기존에 초과해서 냈던 부가가치세를 환급받는 데 필요한 서류이다. 

수입가격이 높아지면 관세가 더 많이 부과된다. 원래 신고했던 가격보다 과세표준이 높아지기 때문이다. 여기에 가산세도 붙는다. 

수입업체는 관세 측면에서는 세금을 더 내야 하지만 높아진 가격만큼 부가가치세를 환급받을 수 있다. 

하지만 수입업체가 스스로 수정신고하지 않고 관세청이 관세조사를 벌여 과세표준을 결정하는 경우에는 수정수입세금계산서를 발급받기가 쉽지 않았다. 

이 경우 기존 부가가치세법과 시행령에서 수입업체가 착오했거나 과실이 경미하거나 귀책사유가 없다고 스스로 증명하는 경우에만 수정수입세금계산서를 발급하도록 제한했기 때문이다 .

하지만 앞으로는 관세조사 이후 관세청의 결정으로 과표가 높아진 경우에도 수입업체가 수정수입세금계산서를 발급받을 가능성이 높아졌다. 

정부가 8일 국무회의에서 의결할 부가가치세법 시행령 개정안이 수입업체의 경미한 과실을 사실상 폭넓게 인정했기 때문이다.  

관세청도 개정 시행령에 맞춰 ‘수정수입세금계산서 발급 운영지침’ 개정안을 7일부터 시행중이다. 

한 경제매체는 7일 자 조간에서 관세청이 세금을 더 걷고도 수정수입세금계산서를 발급하지 않아 부가세를 되돌려 주지는 않는다며 수입가격 수정 후 부가세를 제대로 환급받지 못하고 있다는 문제를 제기했다. 

하지만 8일 국무회의 통과 예정인 개정 부가세법 시행령으로 이같은 문제는 상당부분 해소될 것으로 전망된다. 

개정 부가세법 시행령은 관세 조사 대상이 되는 수입신고에 대해서도 수입업체 내부 또는 수출업체와 수입업체 간 업무착오로 일부 수입신고에 오류가 발생한 경우 경미한 과실로 인정하기로 했다. 

또 수입업체가 거래가격에 가산요소를 누락을 하거나 관세법에 규정된 방법으로 과세가격을 결정할 때 수입업체에  상당한 지식과 주의가 요구되는 상황으로 통상의 주의의무로는 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우에도 경미한 과실로 인정해 준다. 

종전의 부가세법 시행령에서는 관세조사 이후 과표가 바뀐 경우 변경 사유가 법령이나 제도에 기인한 때에만 수정수입세금계산서를 발급했지만, 개정법령이 시행되면 수입업체의 단순한 실수인 경우에는 수정수입세금계산서가 발급된다. 

‘착오·경미한 과실’로 볼 수 있는 주요 유형을 개정 부가세법시행령에 구체화 해 추가한 것인데, 실질적으로 발급사유가 대폭 확대되는 효과가 기대된다.   

관세청은 개정 법령 시행에 맞춰 발빠르게 ‘수정수입세금계산서 발급 운영지침’도 개정했다. 

지침에서는 ‘경미한 과실 등’으로 인정되는 수정수입세금계산서 발급사유 유형을 구체적으로 추가했다. 

이전의 행정심판과 소송 및 관세조사 과정에서의 인정 사례를 10가지로 유형화해 아예 지침에 못박았다. 

개정 지침에서는 수정수입세금계산서 발급사유를 공통분야, 과세가격분야, 품목분류분야 로 구분해 10가지를 예시했다. 

우선 ‘공통분야’에는  ①상급기관에 질의해 과세가격을 결정하는 등 세법해석상의 의의(疑意)로 견해 대립이 심한 경우 ② 감사 등에 따라 기존 세관장의 과세처분을 변해 과세한 경우가 수정수입세금계산서 발급사유 유형에 들어갔다. 

‘과세가격분야’에는 ③무상물품의 과세가격을 신고할 때에 통상의 주의의무를 기울인 경우 ④과세표준 신고시 과세가격에서 공제되는 금액을 정확하게 신고하는 것을 통상의 주의의무로는 기대하기 어려운 경우 ⑤ 세관장이 선행 관세조사시 사실관계를 확인해 비과세했으나, 차기 관세조사시 그 판단을 달리해 과세한 경우 ⑥세관장의 납세안내로 과세가격을 신고했으나, 관세조사 결과 과세가격 산정방법에 오류가 있어 과세한 경우가 수정수입세금계산서 발급사유 유형에 추가됐다. 

‘품목분류분야’에서는 ⑦기존 유권해석 사례, 판례 등을 검토해 고하는 등 수입자의 과실이나 책임이 있다고 보기 어려운 경우 ⑧품목분류의 유권해석 사례가 다양하고, 세관 내에서도 여러 품목분류 가능성이 제시되는 등 정확한 품목분류 결정에 어려움이 있는 경우 일부 기간이나 일부 품목의 세액 오류가 발생한 경우에 대한 경미한 과실로 인정한다. 

⑨관세조사대상이 되는 대부분의 수입신고는 적정히 신고했으나, 거래조건 등을 착오로 반영하지 못하는 등 일부 수입신고에 오류가 발생한 경우 관세청은 특수관계자간 거래의 과세가격 분야에 대해 통상적인 수준에서의 주의의무를 적용한다. 

⑩거래가격 배제사유를 인식하는 데에 상당한 지식과 주의가 요구돼 통상의 주의의무로는 정확한 신고를 기대하기 어려운 경우도 수정수입세금계산서 발급사유 유형에 포함됐다.  

개정지침에서는 수정수입세금계산서 미발급에 대한 사전 권리구제 절차도 신설했다.  

납세자보호위원회에서 미발급의 적정성에 대해서 사전에 심의하도록 지침을 개정 했다. 

종전에는 납세자가 수정수입세금계산서의 발급을 요청하는 경우 발생부서에서 자체 결정했었다. 

관세청 관계자는 7일 본지와의 통화에서 "수정수입세금계산서 발급 사유를 확대하는 부가가치세법 시행령 개정안이 8일 국무회의 의결을 앞두고 있으며, 관세청도 이에따라 관세조사 후 과세표준이 수정되는 경우에도 수정수입계산서를 발급하는 유형을 구체화한 운영지침을 7일 일선에 전달했다"고 말했다.

그는 "수정수입세금계산서는 발급이 대 원칙"이라고 강조했다. "수입업체가 수정신고 한 경우에는 발급이 원칙이며, 일평균 수정신고 건수는 11만 8000건으로 수정신고한 건에 대해서는 수정수입세금계산서를 발급하고 있다"고 밝혔다. 

이어 "다만 관세조사로 관세청이 과표를 결정한 이후에는 자진 시정이 아니기 때문에 발급사유가 제한적이었으나, 일평균 10만 건이 넘는 수출입 건수에 비해 관세조사 대상이 되는 업체는 연간 200여 곳으로 극히 적은 비율"이라고 강조하고 "일부 보도에서 인용한 2015~2020년 관세청 대상 부가세 환급소송이 제기된 규모가 6474억이라는 것은 사실과 다르며, 이 수치는 미발급 전체규모 "라고 설명했다. 

이 관계자는 "앞으로 수정수입세금계산서 발급과 관련, 성실한 납세자가 억울한 피해를 받지 않도록 세심하게 제도운영을 하겠다"고 말했다. 


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