원고는 경기 파주시에 이 사건 토지 및 그 지상에 단독주택을 보유한 자로서, 2014.4.16. 대한민국에게 공공용지의 협의취득을 원인으로 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 경료하고, 같은 날 A에게 매매를 원인으로 이 사건 단독주택에 대한 소유권이전등기를 경료했으며, 2014.6.30. 피고에게 이 사건 단독주택에 대해 1세대 1주택 고가주택에 대한 비과세를 적용해 양도소득세 예정신고를 했다.
갑 세무서장이 A에 대한 양도소득세 조사과정에서 원고가 이 사건 건물의 양도가액을 과소 신고한 혐의가 있음을 확인하고 원고 관할세무서장인 피고에게 과소 신고된 금액과 허위계약서 작성에 따른 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정의 적용 배제 취지의 자료를 통보하자, 피고는 2015.1.5. 원고에게 2014년 귀속 양도소득세를 증액 경정・고지했다.
그 후 원고는 주택의 양도가액을 예정신고 당시보다 증액하고 ‘고가주택에 대한 1세대 1주택 비과세 규정’을 다시 적용해, 2015.5.6. 피고에게 양도소득 과세표준 확정신고를 하는 한편, 2015.8.10. 피고에게 이 사건 증액경정처분에 따른 과세표준과 세액을 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용해 이 사건 확정신고에 따른 과세표준과 세액으로 감액해 달라는 취지의 경정청구를 했다.
피고는 2015.10.16. 원고가 이 사건 증액경정처분이 있음을 안 날부터 90일이 지난 후에 이 사건 경정청구를 했다는 이유로 이를 거부했다.
이에 대해 원고는 “예정신고를 한 자라도 확정신고의 실익이 있다면 예정신고와 다른 내용의 확정신고를 할 수 있고, 확정신고를 한 경우에는 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸한다고 봐야하며, 확정신고를 한 자는 확정신고기한이 지난 후 3년(현재는 5년) 이내에 경정청구를 할 수 있는 것이므로 원고의 2015.8.10.자 경정청구에 대해 2014.6.27.자 예정신고를 기초로 이루어진 경정・고지처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지났다는 이유로 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다”고 주장하며 소송을 제기했다.
원고는 구제받을 수 있을까.
이 사건에서 하급심 법원은 소득세법 제110조 제4항 본문에 따르면 예정신고를 한 자는 원칙적으로 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 않을 수 있을 뿐 예정신고에 의한 확정의 효력이 확정신고에 의하여 상실된다고 볼 법령상의 근거를 찾을 수 없는 점, 2010.1.1. 개정된 국세기본법에 의해 양도소득세 예정신고를 하지 않는 경우 20%의 무신고가산세가 부과되면서 양도소득세 예정신고가 실질적으로 의무화된 점, 소득세법 제114조는 세무서장이 확정신고 뿐만 아니라 예정신고의 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에도 과세표준과 세액을 경정할 수 있도록 규정하고 있으며, 국세기본법 제7장은 세무서장의 위와 같은 처분에 대한 불복절차를 규정하고 있는 점, 피고는 원고의 양도소득세 예정신고 내용에 탈루 또는 오류가 있다는 이유로 양도소득과세표준과 세액을 경정하였는바, 그 경정처분은 구체적 납세의무 확정의 효력을 발생시키는 부과처분으로서의 성질을 갖게 되므로 이로써 원고의 양도소득세 납세의무는 확정된 것으로 봐야 하는 점 등을 고려할 때, 만일 원고의 양도소득세 확정신고로 인해 예정신고의 효력이 소멸된다면 위에서 본 무신고 가산세 부과와 불복절차를 모두 무용지물로 만들 위험이 있으므로 확정신고에 의하여, 예정신고 및 이에 대한 피고의 경정처분으로 이미 확정된 세액이 흡수되어 소멸한다고 볼 수는 없다고 판단했다.
대법원 역시 피고의 경정거부처분이 정당하다고 보았으나 그 판단이유는 하급심과 달랐다.
대법원은 양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 해당 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산해 그 과세표준과 세액을 산출하고 이를 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 예정신고납부제도의 입법 취지는 소득의 발생 초기에 미리 세액을 납부하도록 함으로써 세원을 조기에 확보하고 징수의 효율성을 도모하며 조세부담의 누적을 방지하려는 데 있는 점, 종래에는 납세자가 예정신고를 하고 그에 따라 세액을 자진납부한 경우 납부할 세액의 일부를 산출세액에서 공제하는 혜택을 부여하다가 2010년부터는 예정신고를 하지 않은 경우 가산세를 부과하는 것으로 제도가 변경되었으나, 이는 예정신고납부의무의 성실한 이행을 담보하기 위해 의무불이행에 대해 제재를 가하는 것일 뿐이고, 이로써 예정신고에 과세표준과 세액을 종국적으로 확정하는 효력을 부여했다고 보기는 어려운 점, 구 소득세법은 제111조 제3항 등에서 확정신고납부를 하는 경우 예정신고 산출세액이나 예정신고한 세액을 증액경정한 세액이 있을 때에는 이를 양도소득 산출세액에서 공제하도록 규정함으로써 예정신고나 예정신고에 대한 증액경정처분이 있는 경우에도 확정신고가 유효하게 이루어질 수 있음을 전제하고 있는 점 등을 고려하면, 원고는 이 사건 예정신고를 한 후 그와 다른 내용의 이 사건 확정신고를 하였으므로, 이 사건 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 이 사건 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸했고, 이 사건 예정신고에 기초해 이루어진 이 사건 증액경정처분 역시 효력을 상실했으므로 이 사건 경정청구는 그 대상이 없어 부적법하고, 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따른 경정청구기간이 지난 후에 이루어졌다는 점에서도 부적법하다고 판단했다.
즉, 대법원은 하급심 법원이 이 사건 확정신고로 인하여 이 사건 예정신고 및 이에 대한 이 사건 증액경정처분에 따라 확정된 양도소득 과세표준과 세액이 흡수되어 소멸했다고 볼 수 없다는 취지로 설시한 부분은 적절하지 않으나, 이 사건 처분이 적법하다고 판단한 원심의 결론은 정당하다고 판단한 것이다.
결국 피고의 경정거부처분은 취소되지 않았다. 그러나 대법원은 원고가 다시 1세대 1주택 비과세 규정을 적용해 양도소득세 과세표준 확정신고를 함으로써 당초 예정신고 및 피고의 증액경정처분은 위 확정신고에 흡수되어 소멸했다고 판단했으므로 원고는 이 사건 소송을 통해 사실상 경정거부처분이 취소되는 효과를 얻은 셈이 된다.
이와 관련해 납세자가 양도소득세 예정신고를 하고 과세관청이 납세자의 예정신고에 오류가 있음을 이유로 그 세액을 증액하는 경정처분을 한 경우 납세자가 다시 예정신고와 같은 내용으로 확정신고를 함으로써 과세관청의 증액경정처분을 무력화시킬 수 있을까. 이에 대해 대법원은 ‘납세자가 예정신고와 같은 내용으로 확정신고를 한 경우 이미 한 예정신고의 효력이 소멸하지 아니하므로 그 예정신고를 기초로 한 이 사건 납세고지 역시 효력이 소멸하는 것은 아니다(대법원 2011.9.29. 선고 2009두22850 판결)’라는 입장이다. 따라서 이 경우에는 과세관청의 증액경정처분은 그대로 유지된다고 봐야 할 것이다.
그렇다면 이 사건과 같이 납세자가 양도소득세 예정신고를 하고 과세관청이 이에 기초해 증액경정처분을 한 경우 납세자가 증액된 세액을 다시 감액하되 예정신고와 다른 내용으로 확정신고를 함으로써 납세자의 예정신고와 과세관청의 증액경정처분이 소멸하는 경우에는 과세관청의 증액경정처분을 무력화시킬 수 있지 않을까. 그러나 이러한 경우에도 과세관청은 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있다면 소득세법 제114조 제2항에 따라 양도소득과세표준과 세액을 다시 경정할 수 있을 것이므로 납세자가 기존 예정신고나 이에 기초한 증액경정처분을 무력화시키기 위해 임의로 감면규정을 적용해 확정신고를 하는 것은 별다른 의미가 없을 것으로 생각된다.
위 판결은 2010.1.1. 개정된 국세기본법에 의해 양도소득세 예정신고를 하지 않는 경우 20%의 무신고가산세가 부과되면서 양도소득세 예정신고가 실질적으로 의무화되었다거나 과세관청의 증액경정처분이 있었다거나 하는 등의 사정과 관계없이 납세자가 예정신고와 다른 확정신고를 한 경우 기존 예정신고 및 이에 기초한 증액경정처분의 효력은 확정신고에 흡수되어 소멸된다는 점을 밝혔다는 점에서 의의가 있다.
대법원 2021. 12. 30. 선고 2017두73297 판결 변형
