●답변요지
기획재정부 부가가치세제과-112, 2020.2.17.
취득 시 매입세액이 공제되지 아니한 건물의 일부를 과세사업에 사용하는 경우 과세·면세사업에 사용할 면적 등에 의하여 실지귀속이 분명한 경우에는 실지귀속에 따라 계산한 매입세액을 공제하는 것임.
■사실관계
•부가가치세가 면제되는 보험업을 영위하는 갑법인은 2014.6. 23층 건물을 취득하며 건물분 매입세액에 대해 면세사업 관련 매입세액으로 불공제함.
•갑법인은 본 건 건물에서 보험업을 영위하며 건물 일부를 특수관계자에게 임대하고 2019.1기 과세기간에 임대면적비율이 건물 총면적의 5% 이상이 되자
- 면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례규정(이하 “본 건 특례규정”)에 따라 매입세액을 사용면적 비율로 안분하여 매입세액을 공제해달라며 경정청구했으며,
- 갑법인은 임대인(보험업)과 임차인(텔러마케팅, 건물관리)의 고유업무가 달라 임대층은 임차인이 전용하고 있음을 전제
■질의내용
면세사업자가 건물 취득 시 매입세액 불공제한 건물 일부를 과세사업에 사용하는 경우로서 과·면세 사용면적이 구분되는 경우 매입세액공제 특례규정 적용 방법
■회신문
사업자가 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호에 따라 취득시 매입세액이 공제되지 아니한 건물의 일부를 과세사업에 사용하는 경우 과세·면세사업에 사용할 면적 등에 의하여 실지귀속이 분명한 경우에는 실지귀속에 따라 계산한 매입세액에 같은 법 시행령 제85조 제1항 제1호의 계산식을 적용해 계산한 금액을 공제하는 것이며, 그 실지 귀속을 알 수 없는 경우에 한하여 같은 법 시행령 제85조 제3항을 적용해 계산한 금액을 공제
■검토내용
•사업자가 과·면세사업을 겸영하는 경우라 하여 모든 매입세액을 안분하는 것이 아니라 매입세액의 실지 귀속이 구분되는 경우에는 그 귀속에 따라 전액 공제 또는 불공제하는 것이 원칙이며 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에 한하여 법에서 정한 기준에 따라 안분하여 계산
•과·면세 사업을 겸영하기 위해 건물을 신축·취득하는 경우 신축·취득 관련 비용은 특별한 사정이 없는 한 건물의 면적에 비례하여 발생되는 것으로 볼 수 있으므로 해당 과·면세 사업의 사용면적 비율에 의하여 건물 신축·취득관련 매입세액을 안분계산하는 경우에는 각 과·면세사업에 실지 귀속되는 매입세액으로 봄이 타당
•갑법인은 임대차 계약 시 임대면적을 실제 측량하여 건물 도면 등을 기준으로 실측한 면적과 비교검증하는 방법으로 임대면적을 확정하고 임차인은 임차한 전용면적에 대해 독립된 출입문 및 임차인 소속 직원 외에는 출입할 수 없는 보안장치 등을 설치하여 전용하고 있는바
- 본 건 건물 중 갑법인이 과세사업(임대업)에만 사용하는 면적이 객관적으로 구분되는 경우로 볼 수 있으므로 건물 취득관련 매입세액에 해당 과세사업 사용면적 비율을 곱하여 계산한 매입세액은 과세사업에 실지 귀속되는 매입세액으로 보아 부가령§85①에 따라 공제되는 매입세액을 계산해야 한다.
■관련법령
•부가가치세법 제40조 【공통매입세액의 안분】
•부가가치세법 시행령 제81조 【공통매입세액 안분 계산】
•부가가치세법 시행령 제85조 【면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례】
