국제석유거래업을 영위하는 내국법인 A는 2012.12.17. 싱가포르 법인 B가 2012년 12월경 세관장에게 일시 양륙 신고를 하고 일본 회사로부터 매수하여 울산 온산항 내 보세창고에 반입한 선박유를 매수한 후 그 다음 날 내국법인 C가 싱가포르에 설립한 자회사 D에 FOB(본선인도조건)로 매도했다.
한편, C의 자회사인 싱가포르 법인 D는 C와 같은 곳을 사업장으로 하여 D의 서울영업소를 설치하고 C로부터 벙커링(선박에 연료유를 공급하는 것) 사업부 영업권 및 해상유 등 관련 자산을 양수했다.
내국법인 A는 2013.1.6. 보세창고 송유관을 통해 싱가포르 법인 D와의 계약에 따라 한국 선적 E에 위 선박유를 선적했으며 E는 2013년 1월부터 3월까지 위 선박유를 국내외 선적 원양어선과 급유선에 공급했다.
과세관청은 2016.2.25.부터 2016.7.6.까지 D의 서울영업소와 내국법인 C에 대한 통합세무조사를 실시한 후, 싱가포르 법인 D의 실질적 관리장소가 국내에 있는 것으로 판단하고 직권으로 싱가포르 법인 D를 내국법인으로 사업자등록을 한 후 법인세와 부가가치세를 부과했다.
또한 과세관청은 2018.7.19. ‘이 사건 거래는 실질적인 국내거래에 해당하므로 부가가치세법상 영세율이 적용될 수 없고, A는 세금계산서를 발급해야 한다. 그럼에도 A는 이 사건 거래에 대해 부가가치세 신고를 누락하고 세금계산서를 미발급했다’는 이유로 A에게 2013년 제1기 부가가치세 10억원을 경정·고지했다.
A는 ‘이 사건 거래는 중계무역방식 수출에 해당하므로 부가가치세 영세율이 적용돼야 하며 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 선박유는 외국을 항행하는 선박에 공급하는 재화에 해당하므로 부가가치세 영세율이 적용되고 세금계산서 발급이 면제되는 경우에 해당한다’고 주장하며 불복했다. A는 구제받을 수 있을까.
부가가치세법은 재화 수입을 과세대상 거래로 정하면서, 외국으로부터 우리나라에 들어온 물품 및 수출신고가 수리된 물품을 우리나라에 반입하는 것(보세구역을 거치는 것은 보세구역에서 반입하는 것)을 재화 수입으로 규정하고 있고, 수출하는 재화 공급에 대해서는 영세율을 적용하도록 하고 있다. 즉, 우리나라 부가가치세율은 10%인데 수출 등에 대해서는 0% 세율을 적용하는 것이다.
사업자는 부가가치세 매출세액에서 매입세액을 공제해 그 값이 양이면 그 값만큼 부가가치세를 납부해야 하고 그 값이 음이면 그 값만큼 국가로부터 환급받게 된다.
따라서 재화를 매입해 수출하는 사업자의 경우 수출한 것에 대해 0% 세율을 적용받으므로 매출세액은 0이 되고 그 수출할 재화를 매입하면서 부담한 부가가치세 매입세액을 공제하면 그 결과 값은 매입세액만큼 음이 되므로 그 사업자는 전액을 공제받을 수 있게 된다. 즉, 영세율 사업자는 부가가치세가 완전히 면제되는 것이다.
부가가치세법은 수출할 것을 목적으로 물품 등을 수입해 보세구역 및 보세구역 외 장치 허가를 받은 장소 또는 자유무역지역 외의 국내에 반입하지 아니하는 중계무역 방식 수출로서 국내 사업장에서 계약과 대가 수령 등 거래가 이루어지는 것도 부가가치세 영세율이 적용되는 수출에 포함되는 것으로 규정하고 있다.
이 사건에서 과세관청은 내국법인 A의 선박유 거래 상대방은 싱가포르 법인 D가 아니라 D의 서울영업소이므로 이 사건 거래는 국내거래에 해당하고 그렇지 않더라도 싱가포르 법인 D는 그 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인이므로 이 사건 거래는 수출거래가 아닌 국내거래에 해당해 부가가치세 영세율이 적용될 수 없다고 주장했다.
이에 대해 법원은 “부가가치세법에 따르면 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급을 받은 자에게 세금계산서를 발급하여야 하는데 여기서 ‘재화를 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도받는 자를 의미하므로 계약상 원인에 의하여 ‘재화를 공급받는 자’가 누구인가를 결정함에 있어서는 당해 재화의 공급 원인이 되는 계약의 당사자 및 그 내용, 재화 공급이 누구를 위해 이루어지는지, 그 대가 지급관계는 어떠한지 등 제반 사정을 고려해야 하며(대법원 2006.12.22. 선고 2005두1497 판결 등 참조), 부가가치세법은 사업을 개시하는 자로 하여금 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있으므로 동일한 사업자에게 둘 이상 사업장이 있는 경우 ‘재화를 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도받는 사업장을 의미한다”는 내용을 설시하면서, 싱가포르 법인 D가 내국법인 A에게 이 사건 거래를 제안하고 계약을 체결했으며 대금 결제도 진행한 점 등을 고려할 때 D의 서울영업소가 일부 의사결정 과정에 관여한 사실이 있다고 하더라도 내국법인 A의 거래 상대방은 싱가포르 법인 D로 보는 것이 타당하다고 판단했다.
또한, 과세관청이 ‘싱가포르 법인 D가 실질적 관리장소를 국내에 둔 법인세법상 내국법인이므로, 이 사건 거래는 수출거래가 아닌 국내거래에 해당한다.’고 주장한 것에 대해서 법원은 법인세법 제2조 제1호에 정한 ‘실질적 관리장소’는 기본적으로 법인세 납세의무자와 과세관할권 범위를 정하기 위한 개념이고 부가가치세법은 위 법인세법 규정을 준용하고 있지 않으므로 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인이라는 이유만으로 해당 법인이 한 거래 전부를 실질적 관리장소로 인정된 사업장에서 한 거래 또는 내국거래로 보아야 하는 것은 아니라고 판단했다.
위 판결에서도 알 수 있듯이 사업장을 실질적 납세단위로 하는 부가가치세에서는 해당 법인을 실질적으로 관리하는 장소가 어디에 있는가가 아니라 재화를 공급받는 자가 누구인가를 판단하는 것이 중요한 것이다. 왜냐하면 세금계산서는 재화 또는 용역을 공급받은 자에게 발급해야 하고, 거래당사자로서 공급받는 자가 누구인지는 그 거래에서 발생한 이익이나 비용 귀속이 아니라 재화 또는 용역 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하기 때문이다.
결국, 내국법인 A가 거래를 한 당사자는 싱가포르 법인 D이므로 내국거래에 해당되지 않는다. 내국법인 A는 외국법인으로부터 외국물품인 이 사건 선박유를 매수함으로써 이를 수입했고, 선박유를 외국법인에 FOB 조건으로 매도하고 D와의 계약에 따라 외국으로 출항해 외국에서 선박유를 판매하기로 예정되어 있는 E에 선적함으로써 이를 보세구역 등 외의 국내에 반입하지 아니하는 방식으로 수출했다고 볼 수 있다.
따라서 내국법인 A는 부가가치세 영세율이 적용되고 세금계산서 발급이 면제되는 중계무역 방식의 수출을 한 것에 해당한다. 결국 내국법인 A는 구제받을 수 있었다.
(대법원 2022.1.14. 선고 2021두51331 판결 변형)
