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기업들 “R&D 세액공제 선택 앞에서 '선공제 후추징' 우려”
기업들 “R&D 세액공제 선택 앞에서 '선공제 후추징' 우려”
  • 이유리 기자
  • 승인 2022.03.25 09:58
  • 댓글 0
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요건 복잡하고 까다로워 세액공제 적용해 놓고 세무조사 추징 '노심초사'
EY한영, 기업 재무 및 회계담당자 대상 설문....39%가 '세무조사 리스크' 
고용창출·국가전략·신성장원천기술 등 세제지원 선택 선뜻 나서기 어려워

정부가 국가전략기술산업 육성이나 고용창출을 위한 세액공제 등 각종 세제지원을 발표하지만 실제 기업들은 세액공제를 선택하면서 향후 세무조사에서 추징당할 것을 가장 우려하는 것으로 나타났다. 

이 때문에 경제계에서는 정부의 세제지원 적용이 정확하게 뒤탈없이 집행될 수 있도록 보다 세밀한 기준과 예시가 필요하다는 지적이 지속적으로 제기되고 있는 상황이다. 

국내 기업들이 올해 세법개정으로 국가전략기술 및 신성장원천기술 연구개발(R&D) 분야에 큰 폭의 세액공제에 관심이 가지만 향후 세무조사로 추징될지 우려하는 것으로 나타났다. 

지난달 기업의 재무 및 회계 담당자를 대상으로 개정세법 세미나를 개최한  EY한영은 침석자를 대상으로 2022년 개정세법에 대한 설문을 진행한 결과 이같이 나타났다고 25일 밝혔다. 

설문 참여자 138명 중 과반은 올해 세법개정이 경제회복 지원, 선도형 경제 전환, 상생공정 기반 강화, 과세형평 제고 등 정책 목적에 부합하는 방향으로 이루어졌다고 평가했다. 

특히 납세자의 권익을 보호하고 조세제도를 합리화하는 데에 이번 개정세법이 적절했다는 답변은 61%에 달했다.

다수의 관심을 모은 분야는 고용 관련 세액공제였다. 

경제회복 지원 및 선도형 경제 전환을 위한 세법개정 내용 중 가장 관심 있는 분야를 묻는 질문에 응답자의 총 65%가 고용 세액공제의 한도, 적용기한 등에 가장 관심이 있다고 답했다.

정부는 민간부문 일자리 창출을 위해 고용증대세액공제와 중소기업 사회보험료 세액공제 적용기한을 2024년 말까지 연장했으며, 향후에도 청년 고용에 따른 기업의 초기 부담 완화를 위해서 다양한 고용 인센티브를 강화하겠다고 밝힌 바 있다.

응답자의 38%는 국가전략기술 및 신성장원천기술 R&D 세액공제에 관심을 보였다. 

개정세법에서는 신성장원천기술의 경우 R&D 비용의 20~40%, 시설투자 비용의 3~12% 세액공제를 받을 수 있다. 

반도체, 배터리, 백신 등 지정된 국가전략기술의 경우 R&D 비용의 30~50%, 시설투자의 6~16%가 세액공제 가능하다. 

국회예산정책처는 올해부터 2026년까지 총 6조4260억원이 법인세 감면 형태로 기업들에게 혜택으로 돌아갈 것으로 추산했다. 

하지만 공제 범주가 큰 만큼 요건 또한 복잡해서 응답자의 39%는 ‘세액공제가 적용된 이후 세무조사 시에 추징될 리스크’ 이른바 ‘선공제 후추징’에 대한 우려를 나타냈다. 

고경태 EY한영 세무본부장은 “기업들의 세무 예측가능성 및 투자 계획을 위해서는 세액공제 대상 적격 기술 여부, 연구소 조직의 시스템, 프로세스 및 대상비용 산출의 적정성 등을 사전에 전문가를 통해 검토해야 한다”고 강조했다.


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