대전지방국세청이 2018년 A법인의 자기주식교부형 주식매수선택권 행사와 관련, 1차 경정청구 담당자와 세무대리인의 설명만 듣고 2차 경정청구를 부당하게 처리해 법인세 5억 원을 부당하게 환급한 사실이 드러나 감사원이 해당 직원의 징계와 부당환급금 환수방법을 마련하라고 요구했다.

A주식회사는 2018년 7월 2일 대전국세청에 2013∼2017사업연도 자기주식교부형 주식매수선택권 행사 시점의 시가와 매수가액의 차액을 손금산입 해 달라는 경정청구(1차 경정청구)를 제출했다.

대전국세청은 2018년 9월 17일 이를 받아들여 법인세 합계 58억5206만7110원 환급을 결정했다.

이후 A사는 2019년 6월 26일 1차 경정청구에서 누락된 2014∼2018사업연도의 손금이 있어 이를 추가로 손금산입해달라고 경정청구(2차 경정청구) 했다.

이에 대전국세청은 2019년 8월 13일 법인세 합계 22억5323만9050원을 환급하기로 했다.

감사원에 따르면 A사는 2014사업연도부터 2017사업연도까지 자기주식교부형 주식매수선택권행사와 관련 기업회계기준에 따라 공정가치로 측정한 주식매수선택권(자본조정)을 손금산입하고 차변의 합계액과 자기주식 장부가액의 차액인 자기주식처분이익(자본)을 익금산입 하는 방법으로 세무조정을 해 법인세를 신고했다.

이후 대전청은 A사에서 자기주식교부를 주식매수선택권 행사와 관련해 밥인세 신고 시 '법인세법'상 정당한 손금인 매수가액과 시가의 차액보다 적게 손금산입한 부분이 있어 추가로 손금산입 해달라고 1차 경정청구한 것을 2018년 9월 17일 그대로 인용해 2013사업연도부터 2017사업연도까지 계 225억원을 추가로 손금산입했다.

A사는 2019년 6월 26일 다시 1차 경정청구로 인정받은 손금에서 당초법인세 신고 시 손금산입한 금액이 제외돼 시가와 매수가액의 차액보다 적다는 사유로 2014사업연도부터 2018사업연도까지 계 92억원을 추가로 손금산입해달라는 2차 경정청구를 대전청에 제출했다.

한편 A사에서 임직원의 자기주식교부형 주식매수선택권 행사에 따라 ‘법인세법’상 정당하게 손금산입 가능한 금액(시가-매수가액)은 2014사업연도부터 2018사업연도까지 계 307억원이고 법인세 신고(52억원) 및 1차 경정청구 인용(198억원)으로 인해 2차 경정청구에서 추가로 손금산입할 수 있는 금액은 계 57억원이다.

그러나 대전청은 2차 경정청구를 검토하면서 A사의 세무대리인의 주장에 따라 법인세 신고 때 반영한 손금은 제외한 채 ‘법인세법’상 정당한 손금(시가-매수가액)에서 1차 경정청구 인용 금액만 손금산입된 것으로 보고, A사가 2014사업연도부터 2018사업연도까지 2차 경정청구한 금액 계 92억원을 그대로 손금으로 인정해 ‘법인세법’상 정당한 손금보다 35억원을 과다하게 인정했다.

그 결과 2014사업연도 법인세 3억1000만원 등 2014사업연도부터 2017사업연도까지 모두 8억6000만원이 A사에 부당하게 환급된 것으로 나타났다.

감사원에 따르면 해당 경정청구를 담당했던 대전국세청의 C조사관은 A사의 2차 경정청구를 검토하면서 주식매수선택권에 대해 당시 처음 들어 본 것이었고 관련 세무조정을 접해 본 적도 없었다.

C조사관은 1차 경정청구를 담당했던 E조사관에게 처리 방법을 물었고 법인세 신고 때 손금산입 금액은 주식매수선택권 행사로 인한 시가와 매수가액의 차액으로 손금산입 한 것이 아니고 1차 경정청구로 인용된 금액만 손금산입 한 것으로 2차 경정청구 한 금액이 손금산입이 가능해 인용하면 된다는 설명을 들었다.

이후 C조사관은 A사의 세무대리인과 면담에서 E가 설명한 것과 동일한 내용의 세무조정 방법을 들은 뒤 E와 세무대리인의 설명이 일치해 그대로 믿었다.

또한 심의팀을 구성해 검토하거나 국세청에 과세기준자문을 신청하지 않고 별다른 검토 없이 2차 경정청구를 인용하는 것으로 팀장 D에게 보고했다.

D 팀장은 C조사관이 보고한 대로 2차 경정청구를 인용하는 것으로 결재해 결과적으로 법인세를 과다환급 했다.

감사원은 2차 경정청구 업무를 1차 경정청구 담당자와 A법인의 세무대리인 말만 듣고 부당하게 처리한 C조사관과 D팀장을 징계하라고 대전국세청장에게 요구했다 .

또한 A 주식회사에게 부당하게 환급된 2016∼2017사업연도 법인세 5억577만6189원(가산세 제외)을 징수하는 방안을 마련하라고 통보했다.

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