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[R&D 세액공제 사전심사] 연구개발전담부서 이전신고 지연…세액공제 배제한 법인세 부과처분은 ‘잘못’
[R&D 세액공제 사전심사] 연구개발전담부서 이전신고 지연…세액공제 배제한 법인세 부과처분은 ‘잘못’
  • 국세청 제공
  • 승인 2022.05.13 15:05
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Ⅱ. 주요 예규, 판례

6. 기타
□ 분할법인

[문서번호]
조심-2018-전-1567(2018.10.15.)

[제 목]
분할존속법인인 청구법인의 연구인력개발비 세액공제와 관련한 경정청구를 거부한 처분의 당부

[결정내용]
조특법 시행령 제9조 제5항에 따라 분할신설법인에 배분된 직전 4년 평균 연구·인력개발비는 1년을 온전히 사업했을 경우를 상정해 계산된 금액이고, 분할된 경우에 분할신설법인의 당해 사업연도에 발생한 연구·인력개발비는 분할 이후 사업연도에서 발생한 것이므로 이에 차감되는 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비도 분할 이후의 사업연도 개월 수에 상당하는 분만 산정하는 것이 논리상 타당한 점
따라서 분할법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비를 산정함에 있어 분할신설법인의 2012사업연도 개월 수(3개월)에 해당하는 직전 4년 평균 연구·인력개발비에 상당하는 금액만 분할신설법인 귀속금액으로 산정해 이를 직전 4년 평균 연구·인력개발비에서 차감하는 것이 합리적인 점 
조특법 시행령 제9조 제5항에서 분할신설법인의 경우 제4항의 계산식 중 ‘해당 과세연도 개시일부터 소급해 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액’에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제4항의 계산식 후단에는 ‘해당 과세연도의 개월 수/12’를 곱하도록 별도로 규정하고 있으므로 분할신설법인의 직전 4년 평균 연구·인력개발비 산정과 관련해 제4항의 계산식 후단 부분이 분할 이후의 개월 수로 안분하는 규정이라는 해석이 가능해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 법인세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2017서4327, 2018.6.29., 조세심판관합동회의, 같은 뜻임).

 

[문서번호]
조심-2017-중-3051(2018.10.08.)

[제 목]
분할신설법인인 청구법인의 연평균발생액 계산시 분할일 전까지 발생한 연구개발비는 제외해야 한다는 청구주장은 이유 없다.

[결정내용]
청구주장에 의할 경우 쟁점기간 동안 발생한 연구개발비는 모두 분할법인에서 발생한 비용이 되어 결국 분할신설법인인 청구법인의 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액 계산기간은 0.875년(3.5년/4년)에 불과하고, 분할법인의 연평균 발생액 계산기간은 1.125년(4.5년/4년)이 되어 비교대상이 되는 해당 과세연도(1년)와 그 기간이 달라지게 되고 결국 분할법인과 분할신설법인간 과세의 형평성 문제가 발생된다.

한편, 처분청의 계산방식은 쟁점기간 동안 분할법인에서 발생한 연구개발비에 대해 분할일 전일까지 부문별 매출액 비율과 자산가액 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 기준으로 안분계산한 결과, 분할신설법인인 청구법인과 분할법인 모두 직전 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액 계산기간은 1년(4년/4년)으로서 그 비교대상이 같아지게 되어 결국, 처분청의 이러한 계산방식이 연구개발비 세액공제 제도의 입법취지, 과세의 형평성 등에 비추어 더 합리적이라고 판단된다.

 

[문서번호]
기준-2016-법령해석법인-0316 (2017.05.22.)

[제 목]
사업 일부를 승계한 경우 연구·인력개발비 산정방법

[요지]
분할 전에 발생한 연구개발비가 구분경리에 의해 사업별로 확인되고 그 중 일부 사업이 승계된 경우 분할 전에 발생한 연구개발비는 분할합병의 상대방법인에서 발생한 것으로 본다.

 

□ 증가분방식

[문서번호]
기준-2016-법령해석법인-0188 (2016.12.05.)

[제 목]
연구·인력개발비 최초 발생사업연도에 증가분 방식 세액공제 적용 여부

[답변내용]
귀 과세기준자문 신청의 경우, 기획재정부의 해석(기재부 조세특례제도과 -832, 2011.9.2.)을 참조

○ 기획재정부 조세특례제도과-832, 2011.9.2.
연구인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 증가지출금액 계산방법은 우리부 조예46019-108호(2002.6.21.)를 참고
* 조예46019-108, 2002.6.21.
중소기업이 아닌 내국기업의 연구·인력개발비가 창업연도인 2000년 귀속 사업연도에는 발생하지 않고 2001년 귀속 사업연도에 최초로 발생한 경우에는 2001년 귀속 사업연도분 연구·인력개발비에 대하여는 「조세특례제한법」 제10조 제1항 제1호에 의한 세액공제를 받을 수 없다.

 

□ 중소기업유예 관련

[문서번호]
서면-2015-소득-0957(2015.09.30.)

[제 목]
연구·인력개발비 세액공제 적용 시 중견기업 판단방법

[답변내용]
조세특례제한법 제10조 연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용할 때 관계기업에 속하는 법인이라 하더라도 중견기업 판단시에는 직전 3년 매출액을 합산하지 않는다.

 

8. 기타

[문서번호]
대법원-2013-두-22147(2014.03.13.)

[제 목]
연구인력개발비 세액공제 제도의 취지

[판결내용]
조세특례제한법상 연구・인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술민력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로(대법원 2001.1.19. 선고 99두8718 판결 참조), 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다. 

 

[문서번호]
대법원2003두7200(2004.03.12.)

[제 목]
조세법규의 해석기준

[결정내용]
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다.

 

[문서번호]
심사-법인-2016-0012(2016.06.10.)

[제 목]
단순히 연구개발전담부서 소재지의 이전신고를 지연했다고 하여 연구개발전담부서가 아니라고 보기 어렵다.

[결정내용]
청구법인은 기술개발팀을 연구개발전담부서의 요건을 갖추어 ㈔한국산업기술진흥협회로부터 1999.7.21. 연구개발전담부서로 인정받았고, 청구법인이 2013.12.23. 사업장 소재지를 당초 ○○ □□시 △△동 693-26번지에서 ○○ ◎◎시 ▣▣면 544-16번지로 이전하고도 그 연구개발전담부서의 소재지 변경신고를 그 변경일로부터 14일이 훨씬 지난 2015.11.19.자에 비로소 연구개발전담부서 소재지 변경신고를 했으나, 연구개발전담부서 소재지 변경신고 지연 등으로 연구개발전담부서 인정이 취소된 사실없고, 그 연구개발전담부서의 요건을 현재까지도 계속 유지해 오고 있어, 청구법인의 기술개발팀은 연구인력개발비 세액공제요건의 기술연구개발전담부서 요건을 충족하고 있어 단순히 연구개발전담부서 소재지의 이전신고를 지연했다고 하여 연구개발전담부서를 실제 운영하지 않았다거나, 인정기관이 인정한 연구개발전담부서가 아니라고 보기 어려운 점

한편, 기술개발팀에서 수행한 품질관리 업무는 일반적인 영업·생산부서 등의 지원업무가 아닌 연구개발 활동의 일환으로 이루어지는 연구개발의 범주에 속하는 업무라고 보이는 점 등 이상의 관련 법령과 사실관계를 종합하면, 청구법인의 연구개발전담부서 소재지 이전 기한 내 미신고, 연구원들의 연구개발전담부서 소속요건 미충족을 이유로 연구인력개발비세액공제를 배제한 이 건 법인세의 부과처분도 잘못이 있다고 판단된다.

 

[문서번호]
사전-2015-법령해석법인-0316 (2015.10.06.)

[제 목]
임원에 지급한 직무발명보상금이 연구·인력개발비 세액공제 대상인지 여부 

[답변내용]
위 사전답변 신청의 경우, 내국법인이 「발명진흥법」에 따른 직무발명보상금을 임원에게 지출하는 경우 해당 지출액은 「조세특례제한법 시행령」 별표6 1.연구개발, 라목의 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에 포함된다.


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