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['22년 공익법인 세무] 공익법인 수익사업은 법인세 과세…청산소득·미환류소득 납세의무 없어
['22년 공익법인 세무] 공익법인 수익사업은 법인세 과세…청산소득·미환류소득 납세의무 없어
  • 국세청 제공
  • 승인 2022.12.02 09:00
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Ⅱ. 공익법인과 세금


1. 상속세 및 증여세법에 의한 지원
나. 상속세 과세가액 불산입(상증법 §16①④)

상속재산 중 피상속인이나 상속인이 공익법인 등에 상속세 과세표준 신고기한 이내에 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 않는다.
그러나 상속세 과세가액 불산입 후 해당 재산 및 그 재산에서 생기는 이익이 상속인 및 그와 특수관계있는 자에게 귀속되는 경우에는 그 가액에 대해 상속세를 추징한다.

1) 피상속인이 출연하는 경우
공익법인의 이사장 및 이사와 피상속인 또는 상속인과의 특수관계 여부에 불구하고 출연재산에 대해 상속세 과세가액에 산입하지 않는다.

2) 상속인이 출연하는 경우
상속인들의 합의에 의한 의사에 따라 상속세 과세표준 신고기한 이내에 출연하되, 상속인이 출연받는 공익법인 등의 이사현원(5인에 미달하는 경우에는 5인)의 5분의1을 초과해 이사가 되지 아니해야 하며, 이사의 선임 등 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 권한이 없어야 한다(상증령 §13②).
☞ 상속인에는 공동상속인 중 상속을 포기한 자를 포함
☞ 상속인이 공익법인 등의 이사 등에서 물러나 당해 공익법인 등의 이사현원의 5분의 1을 초과하지 아니하고, 동시에 상속인이 당해 공익법인 등의 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 권한을 갖지 아니한 상태로 전환한 후 상속세 신고기한 내에 상속재산을 당해 공익법인 등에 출연하는 경우에도 법 제16조 제1항의 규정에 따라 출연된 재산가액은 이를 상속세 과세가액에 산입하지 않는다(상증통칙 16-13…3 ①).
☞ 영 제13조 제2항 제2호에 규정된 이사에는 이사회의 의결권을 갖지 아니하는 감사는 포함되지 않는다(상증통칙 16-13…3 ②).

3) 출연 시한
재산을 출연한다는 것은 출연할 재산의 소유권을 공익법인에 이전하는 것을 말한다. 따라서 재산을 출연할 의사표시를 하고 이를 이행하지 아니한다면 결과적으로 출연하지 않은 것과 같으므로 상속세 과세표준 신고기한까지 공익법인에 재산을 출연하는 경우에 한하여 상속세 과세가액에 산입하지 않는다.
다만, 출연재산의 소유권을 이전하거나 상속재산을 출연하여 공익법인을 설립하는 경우로서 법령상 또는 행정상의 이유로 소유권이전 및 설립허가가 지연되는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지 그 출연을 이행해야 한다.
☞ 공익법인 등에 출연한 재산의 출연시기는 동 공익법인 등이 출연재산을 취득하는 때를 말한다(상증통칙 16-13…2 ①).

4) 상속재산 중 주식 또는 출자지분을 출연하는 경우
내국법인의 의결권 있는 주식 등을 출연하는 경우에는 해당 출연주식이 그 내국법인의 발행주식총수 등의 5%(또는 10%, 20%) 이내인 경우에 한하여 상속세 과세가액에 산입하지 아니하며, 총 발행주식수의 5%(또는 10%, 20%)를 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다(상증법 §16②).

다. 증여세 과세가액 불산입(상증법 §48①)

공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 않는다.

공익법인이 동일 내국법인의 의결권 있는 주식을 출연받은 경우로서 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 5%(또는 10%, 20%)를 초과하여 보유하는 경우에는 상기 ‘나.’ 4)의 경우와 같이 초과분에 대해 증여세가 과세된다.
또한, 출연받은 재산에 대하여 과세가액 불산입한 공익법인 등이 공익사업을 지원하려는 제도의 취지에 맞지 않게 공익사업을 성실하게 수행하지 않거나 조세회피 또는 탈루의 수단 등으로 이용하는 것을 방지하기 위해 세법에서는 출연재산 등의 사용 및 각종 보고의무 등을 규정해 이를 위반하는 공익법인에는 증여세 등을 과세하고 있다.

<관련 예규 및 심판례 등>
■ 출연재산 해당 여부
• 종교헌금의 출연재산 해당 여부
종교사업에 출연하는 헌금(부동산 및 주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)의 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 단서 및 같은 법 시행령 제38조 제1항에 따라 사후관리대상 출연재산에서 제외한다(기획재정부 재산세제과-368, ’16.5.26.)

• 공익법인이 출연받은 재산이 국외주식인 경우 증여세 과세가액 불산입 여부
공익법인 등이 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적 사업에 사용하는 경우 그 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니하는 것이며, 이 때 출연받은 재산에는 국외주식을 포함한다(상속증여세과-552, ’13. 9.16.).

• 공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 규정 적용 여부
「초·중등교육법」 제60조의2에 따른 외국인학교를 설립·경영하는 공익법인 등이 출연받은 재산을 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하는 경우 그 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니하나, 개인 명의로 등기된 재산은 공익법인 등이 출연받은 재산에 해당하지 않는다(상속증여세과-176, ’13.6.4.).

• 채무면제액도 출연재산에 포함
출연재산 및 출연 받은 재산의 범위에 공익법인이 채권자로부터 면제받은 채무의 가액이 포함된다(재산-577, ’11.11.30.).

• 비영리사단법인이 회원으로부터 받는 회비의 출연재산 해당여부
공익법인이 고유목적사업 수행을 위하여 그 소속회원 모두로부터 정기적으로 받는 일정금액의 회비는 출연재산에 해당하지 아니하는 것이나, 일부회원으로부터 비정기적으로 징수하는 회비는 출연재산에 해당한다(서면4팀-1274, ’08.5.26.).
예) 일반회비 외에 찬조금이나 특별회비 등의 명목으로 무상으로 증여받은 경우에는 출연재산에 포함

• 개인명의로 등기된 재산의 출연재산 해당 여부
상속세 및 증여세법 제48조 및 같은법 시행령 제12조 제1호의 규정에 의하여 “종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업”을 운영하는 종교단체가 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하는 경우 증여세가 과세되지 않는다.
다만, 개인명의로 등기된 재산은 공익법인 등이 출연받은 재산에 해당되지 않는다(서면4팀-2189, ’05.11.15. 외 다수).

• 현금 기타 재산적 가치가 있는 모든 물건 포함
공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 규정이 적용되는 공익법인으로 보는 종교단체란 주된 사무소가 국내에 소재하는 경우를 말하며 출연받은 재산에는 현금 기타 재산적 가치가 있는 모든 물건을 포함한다(서일46014-11530, ’03.10.28.).

• 상속세 또는 증여세 과세가액 불산입 규정이 적용된 재산
공익목적사업 등에 사용하지 아니하여 증여세가 과세되는 출연재산이란 공익법인 등의 출연재산에 대한 상속세 또는 증여세 과세가액 불산입 규정이 적용된 출연재산을 말한다(서일46014-11532, ’03.10.28.).

• 수익용 또는 수익사업용 재산의 운용소득으로 취득한 재산
공익법인 등이 출연받은 재산을 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제2항 단서에 규정한 요건을 갖추지 아니하고 다른 공익법인 등에게 출연하는 경우에는 같은법 제48조 제2항 제1호의 규정에 의하여 증여세가 과세되며, 이 경우 출연받은 재산에는 수익용 또는 수익사업용 재산의 운용소득으로 취득한 재산을 포함한다(서일46014-10529, ’02.4.23.).

■ 상속세·증여세 과세가액 불산입 적용 여부
• 상속인 전원의 합의로 공익법인에 출연하는 경우
2인 이상의 상속인이 상속재산을 공익법인 등에 출연하거나 공익법인을 설립해 출연하는 경우, 상속인 전원의 합의로 출연하는 경우에 상속세 과세가액에 산입하지 않는다(상속증여세과-612, ’17.6.8.).

• 지정기부금 단체로 지정받기 전에 출연받은 재산에 대한 증여세 과세가액 불산입 여부
재산을 출연받아 비영리법인이 출연일 직후 공익법인에 해당하는 경우에는 증여세 과세가액에 산입하지 않는다(상속증여세과-494, ’17.5.17.).

• 종교단체가 교단(상호)을 변경할 경우 교회건물에 대한 증여세 과세여부
종교단체가 종교단체의 명칭만 변경하여 부동산소유자를 새로운 종교단체의 명의로 변경하는 경우에는 새로운 출연이 아니다(상속증여세과-529, ’16.5.18.).

• 출연받은 금전을 출연자에게 반환하는 경우
공익법인등이 출연받은 금전을 출연자에게 반환하는 경우에는 반환받은 출연자는 반환받은 금전에 대해 증여세 납부의무가 있다(상속증여세과-122, ’14.5.1.)

• 상속세 신고기한 이내에 상속재산을 매각하고 그 매각대금을 출연한 경우
상속인이 상속세 신고기한 이내에 상속재산을 매각하고 그 매각대금을 공익법인등에게 출연을 이행한 경우 그 출연재산가액을 상속세 과세가액에 산입하지 않는다(상속증여세과-609, ’13.11.18.).

• 출연받은 재산으로 신축한 건물을 다른 공익법인에 재출연하는 경우
공익법인 등이 출연받은 재산 또는 그 출연받은 재산으로 신축된 직접 공익목적사업용 건물을 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위해 다른 공익법인 등에게 출연하는 경우에는 주무관청의 허가를 받아야 증여세가 과세되지 않는다(상속증여세과-482, ’13.8.16.).

• 상속인이 상속재산을 다른 상속인에게 매각한 대금을 출연 시 과세가액 불산입 여부
상속인이 상속재산을 다른 상속인에게 매각하고 그 매각대금을 공익법인에 출연하는 경우에는 공익법인의 출연재산에 대한 상속세 과세가액 불산입 규정을 적용하지 않는다(재산-431, ’12.11.30.).

• 공익법인의 출연받은 재산 증여세 과세가액 불산입
비영리법인이 타인의 증여에 의하여 재산을 취득하는 경우에는 증여세를 납부할 의무가 있는 것이나, 공익법인 등이 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하는 경우에는 증여세가 과세되지 않는다(재산세과-330, ’12.9.17.).

• 토지를 출연받은 후 출연자 등으로 하여금 건물의 부지로 사용·수익하게 했다면 토지는 증여세 과세대상이다.
학교법인이 토지를 출연받은 후 출연자 및 그 친족으로 하여금 건물의 부지로 사용·수익하게 했다면 토지는 증여세 과세대상이며, 원고를 위해 건물을 물상담보로 제공한 것은 토지의 사용·수익과 대가관계에 있다고 할 수 없으므로 증여세 과세대상에서 제외될 수 없다(대법원2009두17575, ’11. 10.13.).

• 출연받은 재산의 가액은 출연일을 기준으로 상증법상 평가한 가액임.
공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니하는 것이며, 이 경우 “출연받은 재산의 가액”은 출연일을 평가기준일로 하여 상증법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 말한다(재산-299, ’11.6.22.).

• 의료기기 취득목적으로 출연받은 재산을 수익용 자산을 구입하는 데 사용 시 과세 여부
의료기기 등의 취득목적으로 기부받은 현금으로 임대용건물을 매입해 동 사업에서 발생한 임대수익으로 의료기기 등을 구입하는 목적으로 사용하는 경우 상속세 및 증여세법에 의하여 증여세 과세가액 불산입된다. 다만, 운용소득을 직접공익목적사업 외에 사용하는 경우에는 증여세가 부과되며, 그 운용소득의 직접공익 목적사업에 사용한 실적이 기준금액에 미달하는 경우에는 가산세를 부과한다(재산-932, ’09.5.14.).

• 공익법인이 주무관청의 허가를 받아 재출연하는 경우
공익법인이 국가 등으로부터 출연받아 고유목적사업에 사용하던 재산을 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인에 출연하는 경우, 당해 출연재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 않는다(법규상증 2009-0355, ’09.3.25.).

• 근거법령 개정에 따라 2개의 비영리법인으로 분리되는 경우
특정 비영리법인의 설립근거가 된 법령이 개정됨에 따라 비영리법인의 조직·직원 및 재산 중 일부를 주무관청의 허가를 받아서 개정된 법령에 의하여 신설되는 비영리법인에 승계시키는 등 하나의 비영리법인을 두개의 비영리법인으로 분리하는 것에 해당되는 경우에는 신설되는 비영리법인이 승계받은 재산에 대해서 증여세를 과세하지 않는 것이 타당하다(서면4팀-1675, ’07.5.21. 외 다수).

• 상속세 신고기한 이후 출연한 것에 대해 상속세 부과한 사례
실제 출연하지 않은 채 출연한 것으로 하여 상속세 신고가 되었고, 세무조사가 종결된 이후에야 출연이 이루어졌으며, 쟁점출연금이 민법상 자필증서, 녹음 등 적법한 방식을 갖춘 유언에 의하여 출연된 사실도 확인되지 아니하므로 쟁점출연금의 출연은 피상속인의 생전처분이나 유증에 의한 것이라기보다는 상속인들의 의사에 의한 것이라고 판단되므로 상속세 과세가액에서 공제할 수는 없다(국심2005서3786, ’06.4.7.).

• 상속재산이 아닌 상속인 명의 재산을 출연했음에도 과세가액 불산입한 사례
상속인 명의의 현금을 공익법인에 출연하고 나중에 상속재산을 협의분할하여 정산함이 상속세 과세표준 신고기한내에 모두 끝났고, 공익법인에 출연한 이후 당해 금액에서 생기는 이익의 전부 또는 일부가 상속인과 그와 특수관계에 있는 자에게 귀속되지 아니하므로 공익법인에 출연한 재산으로 보아 과세가액에 불산입하는 것이 타당하다(국심2005중1885, ’05.12.30.).

• 조직변경 과정에서 명의가 변경되는 경우
법인으로 보는 단체가 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립된 법인으로 조직을 변경하는 과정에서 단순히 그 소유자의 명의만 변경하는 경우 증여세가 과세되지 않는다(서면2팀-1656, ’05.10.17.).

• 공익법인 아닌 비영리법인의 무상취득재산은 증여세 과세대상이다.
공익법인 등에 해당하지 않는 비영리법인이 다른 비영리법인으로부터 무상으로 취득한 재산은 같은 법 제2조 및 제4조의 규정에 의하여 증여세 과세대상이 된다(서면4팀-1189, ’05.7.12.).

• 유언이 적법한 방식을 갖추지 못한 경우
자필증서, 녹음, 공정증서 등 적법한 방식을 갖춘 유언을 따르지 않은 장학재단의 설립을 위한 부동산의 출연은 상속세 과세가액에 포함된다(대법2005두3271, ’05.6.23.).

 

2. 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고·납부
상증법상 공익법인은 법인세법상 비영리법인에 해당되므로 공익법인이 법인세법 제4조와 같은 법 시행령 제3조에 열거하는 수익사업을 영위하는 경우에는 당해 수익사업에서 생긴 소득에 대해 법인세를 신고·납부할 의무가 있다. 다만, 청산소득과 미환류소득에 대하여는 법인세 납세의무가 없다.

가. 수익사업의 범위
법인세가 과세되는 비영리법인의 각 사업연도의 소득은 다음의 수익사업에서 생기는 소득으로 한다(법법 §4③).
① 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 
② 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득
③ 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득
④ 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입
⑤ 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입
- 원래부터 고유목적사업에 사용하던 유형자산 및 무형자산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업(①의 수익사업은 제외)에 직접 사용하고 처분한 경우 해당 자산의 처분으로 인한 수입*은 과세제외
*비과세 처분수입=양도가액 – 최초 취득시 취득가액
- 수익사업에 속하는 유형자산 및 무형자산을 고유목적사업에 전입한 후 자산처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 고유목적사업에 직접 사용하고 처분한 경우 전입 이후 발생한 처분수입*만 비과세
*비과세 처분수입=양도가액 – 고유목적사업 전입시 시가
☞ ’18.2.13. 이후 유형자산 및 무형자산을 고유목적사업으로 전입하는 분부터 적용
- 공익법인이 출연받은 부동산으로 임대사업을 하여 그 운용소득을 직접공익목적에 사용한 경우 해당 부동산 자체를 고유목적에 직접 사용한 것이 아니므로 해당 부동산을 처분할 때 법인세가 과세된다(비영리법인의 자산양도소득 특례 적용가능).
☞ 상증법상으로는 출연재산과 운용소득을 공익목적에 사용했으므로 증여세 과세대상은 아니다(출연재산을 직접 공익목적사업에 충당하기 위해 수익용으로 운용한 경우 상증법상 공익목적에 사용한 것으로 봄).
- 당해 유형자산 및 무형자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료 수입 등 부수수익이 있는 경우에도 고유목적에 직접 사용한 자산으로 본다.
⑥ 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 생기는 수입
⑦ 「소득세법」 제46조 제1항에 따른 채권 등(그 이자소득에 대해 법인세가 비과세되는 것 제외)을 매도함에 따른 매매익

<관련 예규 및 심판례 등>
■ 수익사업에 해당하는 경우
• 전산정보교육원 등의 교육서비스업은 법인세법상 수익사업임.
영 제2조 제1항 제3호에서 ‘「유아교육법」에 따른 유치원·「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업’이란 같은 법에 의한 교육과정에 따라 실시하는 교육서비스업을 말하는 것으로 「평생교육법」에 의한 학교부설 평생교육기관인 전산정보 교육원 등의 운영과 관련된 교육서비스업은 이에 해당되지 않는다(법인세법 기본통칙 3-2…6).

• 아파트단지 내 주민공동시설을 외부인에게 사용하게 하고 수취하는 이용료
아파트입주자대표회의가 당해 아파트단지 내 주민공동시설을 입주자가 아닌 외부인에게 사용하게 하고 수취하는 이용료는 「법인세법」 제3조 제3항에 따라 법인세 과세대상인 수익사업에 해당한다(서면-2017-법인-2509, ’18.7.18.).

• 대가관계 없이 무상으로 받는 정부출연금은 수익사업 소득에 해당하지 않는다.
비영리법인인 산학협력단이 재화 또는 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 무상으로 지원받는 정부출연금은 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 않는다(서면-2017-법인-3129, ’18.5.17.).

• 저작권법에 근거하여 받는 사용료
비영리내국법인이 「저작권법」에 근거하여 사용료를 받는 경우 당해 법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업 여부와 관련 없이 수익사업에 해당한다(법인세과-1958, ’16.7.20.).


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