UPDATED. 2024-03-28 17:10 (목)
주식기준 초과보유 공익법인은 ’21.1.1.이후 개시하는 사업연도분부터 매 사업연도 종료일 4개월 이내에 의무이행 여부 관할 지방국세청장에 신고해야
주식기준 초과보유 공익법인은 ’21.1.1.이후 개시하는 사업연도분부터 매 사업연도 종료일 4개월 이내에 의무이행 여부 관할 지방국세청장에 신고해야
  • 국세청 제공
  • 승인 2023.01.20 09:00
  • 댓글 0
이 기사를 공유합니다

2022년 공익법인 세무

Ⅲ. 공익법인의 납세협력의무
 

5 .외부 회계감사를 받아야 할 의무(상증법 §50③)
가. 개요
회계감사를 받아야 하는 사업연도의 직전 사업연도 총자산가액이 100억원 이상이거나 직전 사업연도의 수입금액과 출연재산 합계액이 50억원 이상 또는 출연재산가액이 20억원 이상인 공익법인은 과세기간별 또는 사업연도별로 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 감사인에게 회계감사를 받아야 한다.

나. 외부 회계감사의무 제외대상 공익법인(상증령 §43③④)
① 회계감사를 받아야 하는 과세기간 또는 사업연도의 직전 과세기간 또는 직전사업연도의 총자산가액 등이 다음 각 호를 모두 충족하는 공익법인 등
㉠ 과세기간 또는 사업연도 종료일의 재무상태표상 총자산가액(부동산인 경우 「상속세 및 증여세법」 제60조, 법 제61조 및 법 제66조에 따라 평가한 가액이 재무상태표상의 가액보다 크면 그 평가한 가액을 말함)의 합계액이 100억원 미만일 것
㉡ 해당 과세기간 또는 사업연도의 수입금액과 그 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액의 합계액이 50억원 미만일 것
㉢ 해당 과세기간 또는 사업연도에 출연받은 재산가액이 20억원 미만일 것
* ㉡, ㉢은 ’20.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용

② 상증령 제12조 제1호(종교), 제2호(학교 등*)의 사업을 영위하는 공익법인
* 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원 
※위 외부 회계감사의무 제외대상 공익법인에 해당하더라도, 주식보유 관련 의무이행 신고대상인 경우 2021.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 외부 회계감사의무 대상에 해당한다.

다. 감사보고서 제출(상증령 §43⑦)
회계감사를 받은 공익법인은 감사인이 작성한 감사보고서를 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 관할세무서장에게 제출해야 한다.

라. 의무 미이행 시 가산세(상증법 §78⑤⑶)
회계감사 대상 공익법인이 의무를 이행하지 않은 경우 아래 산식에 따른 가산세를 부과한다.
☞ ’17.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용
(해당 사업연도 수입금액1)+출연재산가액2))×0.07%
1) 외부 회계감사를 이행하지 아니한 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도의 수입금액
2) 외부전문가의 세무확인에 대한 보고를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적사업에 직접 사용하는 분을 차감한 가액과 회계감사를 이미 이행한 분으로서 계속 공익목적에 직접 사용하는 분을 차감한 가액의 합계액을 말한다.

■ 공익법인 회계 감리제도(상증법 §50⑤, 상증령 §43의3)
(’22.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용)

□ 개요
기획재정부장관은 외부 회계감사를 받아야 하는 공익법인 등이 공시한 감사보고서와 그 감사보고서에 첨부된 재무제표에 대해 감리할 수 있다(기획재정부장관은 감리 및 자료 제출 요구 업무를 한국공인회계사회에 위탁).

□ 관련 내용
① 기획재정부장관은 다음 어느 하나에 해당하는 경우 외부 회계감사를 받은 공익법인이 공시한 감사보고서 및 재무제표에 대해 감리를 할 수 있다.
- 계량적 분석 또는 무작위 표본 추출 등의 방법에 따라 감리 대상으로 선정된 경우
- 기획재정부장관이 공익법인의 회계 관련 법령 위반사실의 확인을 위해 감리가 필요하다고 인정하는 경우
② 기획재정부장관은 감리에 필요한 경우 해당 공익법인 또는 감사인에게 자료 제출이나 의견 진술 등을 요구할 수 있다.
③ 기획재정부장관은 감리 결과 해당 감사보고서 또는 재무제표가 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제16조에 따른 회계감사기준 또는 상증세법 제50조의4 제1항에 따른 회계기준(다른 법령에 따라 별도의 회계기준이 적용되는 공익법인의 경우 해당 회계처리 기준)을 위반한 것으로 인정되는 경우 해당 공익법인과 감사인의 명단 및 위반내용을 주무관청, 국세청, 금융위원회에 통보해야 한다.
④ ③에 따른 통보를 받은 금융위원회는 그 통보내용에 따라 해당 감사인에 대해 징계 등의 조치를 하는 경우 그 내용을 기획재정부장관에게 통보해야 한다.

■ 공익법인 주기적 감사인 지정제도(상증법 §50④, 상증령 §43의2)
(’22.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용)

□ 개요
일정 규모 이상 공익법인이 연속하는 4개 사업연도에 대해 감사인을 자유선임한 경우, 기획재정부장관은 다음 2개 사업연도에 대해 기획재정부장관이 지정하는 감사인에게 회계 감사를 받도록 할 수 있다(기획재정부장관은 감사인 지정에 관한 업무를 국세청장에게 위탁).

□ 지정 대상
지정기준일*이 속하는 과세연도의 직전 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 1000억원 이상인 공익법인
*(지정기준일) 지정대상이 되는 과세연도의 직전 과세연도 개시일부터 11개월 15일이 되는 날

【개정 부칙】 「’22.12.31.이 속하는 과세연도」에 대한 감사인 지정
[지정 대상] ’22.12.31.이 속하는 과세연도는 직전전 과세연도 종료일 현재 재무상태표상 총자산가액이 1000억원 이상인 공익법인(예:12월결산 법인, ’20년 말 총자산가액 적용)
[지정자료 제출] 공익법인은 ’22.12.31.이 속하는 과세연도가 시작된 후 3개월째 되는 달의 초일부터 2주 이내 지정에 필요한 자료를 제출(예:12월결산 법인, ’22.3.1.~3.14.)
*(지정기준일) ’22.12.31.이 속하는 과세연도의 개시일부터 5개월 15일이 되는날

다음 중 어느 하나에 해당하는 공익법인은 지정대상에서 제외
- 지정기준일 이전 4년 이내에 상증세법 §50⑤에 따른 감리를 받은 공익법인으로서 상증세법 §50의4①에 따른 회계기준 등을 위반한 사실이 발견되지 않은 공익법인
- 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조에 따른 공공기관인 공익법인

□ 지정 절차
❶ 지정대상 공익법인은 과세연도가 시작된 후 9개월째 되는 달의 초일부터 2주 이내에 지정에 필요한 자료를 국세청장에게 제출해야 한다(다만, 지정대상인 2개 과세연도 중 두 번째 과세연도 및 그 직후 3개 과세연도에는 제출하지 않을 수 있다).
❷ 국세청장은 공익법인 및 지정하려는 감사인에게 지정기준일 4주 전까지 지정 예정 사실을 문서로 통지해야 한다(다만, 신속한 지정이 필요한 경우 그 기간을 단축할 수 있다).
❸ 공익법인 및 지정하려는 감사인은 지정 예정 사실을 통지 받은 날로부터 2주 이내에 국세청장에게 의견을 제출할 수 있다(국세청장은 그 의견에 상당한 이유가 있는 경우 그 의견을 반영할 수 있다).
❹ 국세청장은 지정기준일까지 지정감사인을 지정하고, 공익법인 및 지정감사인에게 각각 통지해야 한다.
❺ 공익법인은 지정기준일로부터 2주 이내에 지정감사인과 감사계약을 체결해야 한다.
다만, 공익법인은 다음의 사유가 있는 경우 지정감사인을 다시 지정해 줄 것을 국세청장에게 요청할 수 있다(국세청장은 상당한 이유가 있는 경우 감사인을 다시 지정할 수 있다).
- 지정감사인이 특별한 사유 없이 지정기준일부터 2주 이내에 감사계약을 체결하지 않은 경우
- 지정감사인이 「공인회계사법」 제33조 및 그 밖의 법령에 따라 해당 공익법인의 감사인이 될 수 없는 경우
❻ 지정감사인은 감사계약을 체결한 날부터 2주 이내에 감사계약사 사본을 국세청장에게 제출해야 한다.

 

6. 주식보유 관련 의무이행 신고의무(상증법 §48, 상증령 §41의2)
가. 개요
종전 주식기준 초과보유 공익법인은 주무관청을 통해 5년마다 관할 지방국세청장으로부터 성실공익법인* 요건 충족여부를 확인받았으나, ’21.1.1. 이후 개시하는 사업연도** 분부터는 매년 사업연도 종료일로부터 4개월 이내 의무이행 여부를 관할 지방국세청장에게 신고해야 한다.
*종전 일반공익법인과 성실공익법인을 ‘공익법인’으로 명칭통합
**다만, 법 시행 전에 개시한 사업연도분에 대하여는 종전의 규정을 따름.
관할지방국세청장은 의무이행 요건 충족여부를 확인해 국세청장에 보고하고, 국세청장은 그 결과를 해당 공익법인의 사업연도 종료일부터 9개월 이내에 해당 공익법인과 주무관청에 통보해야 한다.

나. 신고대상
① 동일 내국법인 발행주식총수의 5%를 초과해 출연받거나 취득한 공익법인(상증법 §48①②⑵)
② 특수관계 있는 내국법인 주식을 총재산가액의 30%(50%*)를 초과해 보유하는 공익법인(상증법 §48⑨)
*회계감사, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 등 공시 의무 이행 시
③ ’96.12.31. 당시 특정주식 5%를 초과해 보유한 공익법인으로서 현재까지 해당 주식을 5% 초과해 보유한 공익법인(상증법 §49①)

다. 의무이행 요건(상증법 §48⑪, 상증령 §41의2①②③)
신고대상 공익법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 아니하게 된 경우에는 주식초과 보유분에 대해 증여세 또는 가산세를 부과한다.
① 출연재산 운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것
② 출연재산가액의 100분의 1 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것(’22.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용)
③ 출연자 또는 그의 특수관계인이 이사의 5분의 1을 초과하지 아니할 것
*상증령 §38⑫의 사유(1. 이사의 사망 또는 사임 2. 특수관계인에 해당하지 아니하던 이사가 특수관계인에 해당하는 경우)로 5분의 1을 초과한 경우로서 해당 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 개임하여 5분의 1을 초과하지 아니하게 된 경우 ③요건을 계속하여 충족한 것으로 본다.
④ 상증법 §48③에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것
⑤ 상증법 §48⑩에 전단에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것

라. 의무이행 여부 신고방법(상증법 §48⑬, 상증령 §41의2⑦)
신고대상 공익법인은 매년 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 상증규칙 제13조의2 제2항에 따른 서류를 납세지 관할지방국세청장에 제출해야 한다.
① 별지 제22호서식에 따른 공익법인등 의무이행 신고서
② 해당 공익법인등의 설립허가서 및 정관
③ 별지 제25호의4서식에 따른 운용소득 사용명세서
④ 별지 제26호의2서식에 따른 이사등 선임명세서
⑤ 별지 제26호의3서식에 따른 특정기업광고 등 명세서
⑥ 별지 제31호서식 부표 4에 따른 출연자 등 출연받은 재산의 공익목적사용 현황(’22.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 제출)
⑦ 별지 제32호서식 부표 2에 따른 출연자 등 특수관계인 사용수익명세서

마. 의무 미이행 시 가산세(상증법 §78⑭)
신고대상 공익법인이 신고하지 아니한 경우에는 신고해야 할 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 그 공익법인 등의 자산총액 1천분의 5에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
☞ 1억원(중소기업기본법 §2①에 따른 중소기업인 경우 5000만원)을 한도로 한다. 다만, 고의적으로 위반한 경우 한도 없다(국기법 §49①).

 

7. 전용계좌 개설·사용의무(상증법 §50의2, 상증령 §43의4)
가. 개요
공익법인은 직접 공익목적사업과 관련해 받거나 지급하는 수입과 지출이 있는 경우에는 직접 공익목적사업용 전용계좌를 사용해야 한다. 다만, 상증령 제12조 제1호의 사업을 영위하는 공익법인(종교법인)은 제외*한다(상증령§43의4①).
*종교법인도 주식보유 관련 의무이행 신고대상인 경우 2021.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 전용계좌 사용 대상임.
여기서 전용계좌란 ① 공익법인의 공익목적사업의 용도로만 사용되는 것으로서 ② 금융회사*에 개설한 계좌를 의미하며, 공익법인별로 둘 이상 개설할 수 있다.
*「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조 제1호에 해당하는 금융회사 

나. 전용계좌 사용의무 거래
① 직접 공익목적사업과 관련된 수입과 지출을 금융기관을 통해 결제하거나 결제받는 경우로서 다음의 경우를 포함한다.
- 송금 및 계좌 간 자금이체
- 수표·어음으로 이루어진 거래대금의 지급 및 수취
- 신용카드, 선불카드, 직불카드를 통해 이루어진 거래대금의 지급 및 수취
② 기부금·출연금 또는 회비를 받는 경우
- 다만, 현금으로 직접 받은 경우로서 기부금·출연금 또는 회비를 지급받는 날로부터 5일까지 전용계좌에 입금하는 경우는 제외한다. 이 경우 기부금·출연금 또는 회비의 현금수입 명세를 작성해 보관해야 한다.
③ 인건비·임차료를 지급하는 경우
④ 공익목적사업과 관련된 기부금·장학금·연구비·생활비 등을 지급하는 경우
다만, 100만원을 초과하는 경우로 한정한다.
⑤ 수익용 또는 수익사업용 자산의 처분대금, 그 밖의 운용소득을 고유목적사업 회계에 전입(현금 등 자금의 이전이 수반되는 경우에 한함)하는 경우

다. 전용계좌 외 거래명세서 작성 보관
전용계좌 사용대상거래가 아닌 경우 그 거래일자, 거래상대방(확인이 가능한 경우에 한함) 및 거래금액 등을 기재한 전용계좌외 거래명세서를 작성·보관해야 한다. 이 경우 전산처리된 테이프 또는 디스크 등에 수록·보관해 즉시 출력할 수 있는 상태에 둔 때에는 전용계좌외 거래 명세서(상증규칙 별지 제29호 서식)를 작성해 보관한 것으로 본다.

□ 전용계좌 외 거래명세서 작성·보관 제외대상(상증령 §43의4⑦)
① 소득세법 §160의2②⑶⑷에 해당하는 증거서류를 갖춘 경우
② 거래건당 금액(VAT 포함)이 1만원(’08.12.31.까지는 3만원) 이하인 수입과 지출 등
③ 증거서류를 받기 곤란한 거래 등으로서 소득세법 시행령 §208의2①⑵~⑻, 소득세법 시행규칙 §95의3⑵~⑷, ⑺, ⑻의2~⑻의6의 수입과 지출

라. 전용계좌 개설, 변경 및 추가
공익법인은 최초로 공익법인에 해당하게 된 날부터 3개월 이내에 전용계좌 개설(변경·추가) 신고서를 납세지(본점이나 주사무소) 관할세무서장에게 신고해야 한다. 다만, ’16.1.1., ’17.1.1. 또는 ’18.1.1.이 속하는 과세기간(또는 사업연도)의 수입금액과 출연재산가액의 합계액이 5억원 미만인 공익법인 등으로서 개설 신고를 하지 아니한 경우에는 ’19.6.30.까지 개설 신고를 할 수 있다.
한편, 전용계좌를 변경·추가하는 때에는 사유발생일부터 1개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 신고해야 한다.
*(주의) 지점법인에서 지점 관할세무서장에게 전용계좌를 신고하지 않는다.

마. 의무 미이행시 가산세(상증법 §78⑩)
① 전용계좌 사용의무 대상거래에 해당하는 경우로서 전용계좌를 사용하지 아니한 경우:전용계좌를 사용하지 아니한 금액의 1000분의 5
② 전용계좌를 개설·신고하지 아니한 경우 ⇒ MAX(⑴, ⑵)
(1) 다음 계산식에 따라 계산한 금액

 

 

A:해당 각 과세기간 또는 사업연도의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액의 총액
B:해당 각 과세기간 또는 사업연도 중 전용계좌를 개설·신고하지 아니한 기간으로서 신고기한의 다음 날부터 신고일 전날까지의 일수
C:해당 각 과세기간 또는 사업연도의 일수

(2) 전용계좌 사용의무대상 거래금액 합계액의 1000분의 5에 상당하는 금액

<관련 예규 및 심판례 등>
• 전용계좌 미신고 가산세 부과대상 여부(부동산)
공익법인이 「상속세 및 증여세법」 제50조의2 제3항에 따른 직접 공익목적사업용 전용계좌의 개설·신고하지 않아 가산세를 부과하는 경우 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액의 총액에 현물로 출연받은 부동산의 가액이 포함된다(기준-2017-법령해석과-0243 , ’17.10.30.).

• 전용계좌 미신고 가산세 부과대상 여부(현물)
공익법인 등이 기부금을 받는 계좌는 전용계좌를 사용해야 하며 전용계좌의 개설·신고를 하지 아니한 경우 가산세가 부과되며, 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액의 총액에 현물로 출연받은 재산의 가액이 포함된다(서면-2017-상속증여-1688, ’17.12.07.).

• 공익법인의 전용계좌 개설·신고 의무(’21.12.21. 개정 전의 것)
공익법인이 설립일로부터 3월 이내에 전용계좌 개설신고를 하지 아니한 경우에는 개설·신고하지 아니한 각 과세기간의 직접 공익목적사업과 관련한 수입금액 총액의 0.5%에 상당하는 가산세를 부과한다(사전-2017-법령해석재산-0609, ’17.10.17.).

• 과세가액 불산입 재산의 출연여부 관계없이 전용계좌 사용의무 및 공시를 이행해야 한다.
「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조에 해당하는 공익법인 등은 같은 법 제16조 및 제48조에 따른 과세가액 불산입 재산의 출연여부와 관계없이 같은 법 제50조의2 공익법인등의 전용계좌 개설·사용의무 및 제50조의3 고익법인등의 결산서류 등의 공시의무 규정이 적용된다(재산세과-309, ’11.6.27.).

• 학교법인의 등록금 계좌는 전용계좌 개설·사용의무 대상은 아니다.
고등교육법 제2조에서 규정하는 학교를 경영하는 「사립학교법」 제10조에 따라 설립된 학교법인이 학생들로부터 등록금을 받기 위해 사용하는 계좌와 등록금을 교육사업비로 지출하기 위해 사용하는 계좌는 상속세 및 증여세법 제50조의2의 규정이 적용되지 않는다(재산-3956, ’08.11.25.).

• 국가출연금 수입계좌 및 연구비 수입계좌 등의 전용계좌 개설·사용의무 여부
한국기초과학지원연구원이 보유하고 있는 국가출연금 수입계좌, 국가연구개발 및 민간연구개발(수익사업 관련) 목적으로 지급받은 연구비 수입계좌 등은 공익법인 등의 전용계좌의 개설사용 의무 규정의 적용대상은 아니다(재산-3781, ’08.11.14.).

• 국가 등으로부터 출연받은 재산 및 정기예금은 전용계좌 사용의무 대상은 아니다.
상속세 및 증여세법 제50조의2 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등이 직접 공익목적사업과 관련해 지급받거나 지급하는 수입과 지출로서 동항 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 직접 공익목적사업용 전용계좌를 사용해야 하는 것이나, 국가 또는 지방자치단체로부터 출연받은 재산에 대하여는 그러하지 않다. 
또한, 공익법인 등이 출연받은 재산을 정기예금으로 운용하는 경우 당해 정기예금계좌는 직접 공익목적사업용 전용계좌에 해당하지 않는다(재산-2789, ’08.9.11.).


  • 서울특별시 마포구 잔다리로3안길 46(서교동), 국세신문사
  • 대표전화 : 02-323-4145~9
  • 팩스 : 02-323-7451
  • 청소년보호책임자 : 이예름
  • 법인명 : (주)국세신문사
  • 제호 : 日刊 NTN(일간NTN)
  • 등록번호 : 서울 아 01606
  • 등록일 : 2011-05-03
  • 발행일 : 2006-01-20
  • 발행인 : 이한구
  • 편집인 : 이한구
  • 日刊 NTN(일간NTN) 모든 콘텐츠(영상,기사, 사진)는 저작권법의 보호를 받은바, 무단 전재와 복사, 배포 등을 금합니다.
  • Copyright © 2024 日刊 NTN(일간NTN) . All rights reserved. mail to ntn@intn.co.kr
ND소프트