*설립허가 법령에 따라 부득이하게 취득하는 경우 주식보유한도 적용 배제

나. 내국법인 발행주식총수 등의 5%(10%, 20%)를 초과하여 출연받은 경우(상증법§48①, 상증령§37)
공익법인 등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분을 출연받은 경우로서 출연주식 등과 이미 보유하고 있는 동일 내국법인의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분 제외)의 5%(상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하고 상증법 §48⑪의 요건 충족시 10%, 20%)를 초과하는 경우에는 그 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다.

1) 주식 등 초과 보유 계산
다음 각 항에 해당하는 날을 기준으로 보유하는 주식 등을 합하여 초과 보유 부분을 계산한다.
• 공익법인이 주식 등을 출연의 방법으로 취득하는 경우:그 취득일 
• 공익법인이 보유하는 주식 등을 발행한 내국법인의 유상증자에 따라 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우:그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중 「상법」 제354조 규정에 따른 주주명부 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사 외의 경우 과세기간 또는 사업연도 종료일) 
• 공익법인이 보유하고 있는 주식 등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 감소시킨 경우:감자를 위한 주주총회 결의일이 속하는 연도의 주주명부 폐쇄일(주식회사 외의 경우 과세기간 또는 사업연도 종료일)

■ 초과부분 계산 : Ⓐ - Ⓑ
Ⓐ 〔ⓐ ＋ⓑ＋ⓒ＋ⓓ〕 ＞ Ⓑ 내국법인 발행주식총수 등¹⁾의 5%(10%²⁾, 20%³⁾)
(상증법 §48①⑴~⑶)
ⓐ：출연받은 내국법인의 주식 등
ⓑ：출연받을 당시 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등(제1호)
ⓒ：출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등(제2호)
ⓓ：출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등(제3호)

¹⁾ ’17.1.1. 이후 출연받는 분부터는 자기주식과 자기출자지분 제외
²⁾ ’08.1.1. 이후 출연받는 성실공익법인 등에 대해 적용하며, ’17.7.1. 이후 출연받는 분부터는 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인에 대해 적용
³⁾ ’18.1.1. 이후 출연받은 주식 등의 의결권을 행사하지 않는 조건으로 주식 등을 출연받은 상호출자제한 기업집단과 특수관계가 없는 자선·장학·사회복지 목적의 성실공익법인에 적용

2) 초과분에 대한 증여세 부과
위 기준일에 공익법인이 동일한 내국법인의 주식을 5%(10%, 20%) 초과하여 보유하는 경우에는 초과부분(Ⓐ－Ⓑ)을 증여세 과세가액에 산입하여 증여세가 과세된다.

3) 과세제외 하는 경우(상증법 §16②③④·§48①)
① 지분율 20%까지 과세제외(아래 요건 모두 충족 시 적용)
ⅰ) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 않은 상증법 §48⑪의 요건 충족 공익법인 등
ⅱ) 출연받은 주식의 의결권을 행사하지 않을 것(공익법인 정관에 규정)
ⅲ) 자선·장학 또는 사회복지를 목적*으로 할 것
*직전 3개 사업연도 평균 직접 공익목적사업 지출액의 100분의 80 이상 자선·장학 또는 사회복지활동에 지출하거나, 「사회복지사업법」 상 사회복지법인
☞ ’18.1.1. 이후 출연받거나 취득하는 분부터 적용

② 지분율 한도없이 과세제외(아래 중 하나에 해당 시 적용)
ⅰ) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 않은 공익법인 등(상증법 §48⑪의 요건 충족 공익법인 또는 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인)이 그 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 출연받고 주무관청이 공익법인의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위해 필요하다고 인정하는 경우
☞ ’01.1.1. 이후 최초로 상속세 또는 증여세를 결정하는 분부터 적용

ⅱ) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 않은 상증법 §48⑪의 요건 충족 공익법인 등이(공익법인 등이 설립일부터 3개월 이내에 주식 등을 출연받고, 설립된 사업연도가 끝난 날부터 2년 이내에 해당 요건을 충족하는 경우 포함) 발행주식 총수 등의 100분의 10을 초과하여 출연받은 경우로서 초과보유일로부터 3년 이내에 초과하여 출연받은 부분을 주식 등의 출연자 또는 그의 특수관계인* 이외의 자에게 매각하는 경우
*출연자와 상증령 §2의2①의 어느 하나의 관계에 있는 자
☞ ’11.1.1. 이후 최초로 공익법인 등에 주식 등을 출연하는 분부터 적용

③ 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」 및 그 밖의 법령에 따라 내국법인의 주식 등을 출연하는 경우
☞ ’17.1.1. 이후 출연하는 분부터 적용

<관련 예규 및 심판례 등>
■ 주식 등 5% 초과 여부 판정
• 초과보유주식에 대한 증여재산가액 평가산정기준일(주주총회결의일) 주식의 초과부분은 감자를 위한 주주총회결의일이 속하는 연도의 주주명부폐쇄일을 기준으로 하고, 초과부분에 대한 가액의 평가기준일은 감자를 위한 주주총회결의일임(대법원 2016두36116, ’16.7.27.).

• 주식비율 판단 시 간접소유하는 주식 포함 여부
공익법인 등이 출연받은 내국법인의 주식등이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분의 5(100분의 10)를 초과하는지 여부 판단 시, 공익법인 등이 간접소유하는 해당 내국법인의 주식 등의 비율은 포함하지 않는다(법령해석과-382, ’16.2.5.).

• 주식비율 판단 시 국외주식 포함 여부
국외주식을 출연받은 경우 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용해야 하며 주식 5%(10%)초과 여부는 내국법인의 주식에 한정하여 적용한다(상증세과-552, ’13.9.16.).

• 자기주식을 제외하도록 한 개정 규정 적용 시기
상속세 및 증여세법(2016.12.20. 법률 제14388호로 개정된 것) 제48조 제1항 단서에서 의결권 있는 발행주식총수에서 자기주식을 제외하도록 한 개정 규정은 2017.1.1. 이후 공익법인이 출연받거나 취득하는 분부터 적용한다(서면-2018-법령해석재산-2188, ’18.7.27.).

■ 성실공익법인 해당 여부
• 신설 성실공익법인의 개정 성실공익법인 요건 적용
신설 공익법인은 최초 설립한 사업연도에 성실공익법인 요건을 충족한 경우 최초 설립한 사업연도부터 성실공익법인으로 적용. 다만, 설립 이후 성실공익법인 확인 신청 시까지 운용소득의 80% 이상을 직접 공익목적에 사용한 사실이 확인돼야 한다(서면법규과-1319, ’14.12.16.).

• 성실공익법인으로 적용받는 시기
성실공익법인 등의 요건을 모두 충족하였는지 여부를 해당 주무관청에 확인 신청해 기획재정부장관으로부터 성실공익법인 등으로 확인받은 경우, 요건을 충족한 해당 사업연도의 개시일부터 성실공익법인으로 적용(서면법규과-1167, ’14.11.6.)

• 외부회계감사 제외 대상인 성실공익법인의 감사보고서 제출 의무
총자산가액이 100억원 미만인 공익법인은 외부 회계감사인의 회계감사를 받지 않아도 되나, 해당 공익법인이 성실공익법인에 해당하는지 여부를 주무관청에 확인요청할 때에는 외부 감사인의 감사보고서를 제출해야 한다(법규재산2013-178, ’13.6.25.)

• 외부회계감사 제외 대상인 학교법인의 성실공익법인 요건
외부회계 감사대상이 아닌 학교법인이 회계감사를 받지 않거나 일부만 감사를 받은 경우 성실공익법인에 해당하지 않는다(재산-63, ’09.1.8.).

• 성실공익법인 확인을 받지 않더라도 요건 충족 시 성실공익법인인지 등
성실공익법인 확인을 받지 않더라도 요건 충족시 성실공익법인에 해당하며, 「상속세 및 증여세법」 제50조의2에 따른 전용계좌를 사용하고 해당 사업연도 종료일 이전에 해당 계좌를 신고한 경우 성실공익법인의 요건을 충족한다(기획재정부 재산세제과-234, ’20.3.6.).

■ 주식보유기준 초과 등에 대한 증여세
• 내국법인의 주식 20%를 출연받은 경우 증여세 과세 여부
공익법인이 내국법인의 주식을 5%(성실공익법인은 10%) 초과하여 출연받은 경우에는 증여세가 과세되나, ① 상호출자제한기업집단과 특수관계가 없는 성실공익법인 등이 특수관계없는 내국법인 주식을 출연받은 경우로서 주무부장관이 인정하는 경우와 ② 성실공익법인이 10% 초과 출연받아 3년 이내에 그 초과 출연분을 매각하는 경우에는 그러하지 않다(상속증여세과-118, ’14.4.30.).

• 흡수합병으로 보유한 주식비율이 5%를 초과한 경우 증여세 과세 여부
공익법인이 보유하고 있는 주식 등을 발행한 내국법인이 다른 법인을 흡수합병하여 그 합병존속법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5%(성실공익법인의 경우 10%)를 초과한 경우 5%(10%) 초과분에 대하여는 증여세가 과세된다(재산세과-300, ’12.8.26.).

• 내국법인의 주식을 다른 공익법인에 이전시 증여세 과세 여부
상증법 제48조 제1항 단서에 따라 공익법인 등이 내국법인의 주식 등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 같은 항 각호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 100분 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하여 출연받은 경우에는 증여세가 과세되는 것이나, 이 경우에도 당해 공익법인이 공익목적사업의 효율적인 운영을 위해 주무관청의 허가를 받아 기본재산인 내국법인의 주식을 다른 공익법인에 출연하는 경우에는 증여세를 다시 과세하지 않는다(재재산-974, ’11.11.14.).

• 의결권 없는 배당우선주가 의결권을 가지게 된 경우 증여세 과세 여부
공익법인 등이 보유한 내국법인의 의결권 없는 배당우선주에 대해 의결권을 가지게 된 경우 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5(성실공익법인 100분의 10)를 초과하는 부분은 「상속세 및 증여세법」 제48조 제1항 단서에 따라 증여세 과세가액에 산입한다(재재산-741, ’11.9.14.).

• 동시 출연 시 5%(10%) 초과분 산정방법
내국법인의 주식을 소유한 자가 3개의 공익법인 등(A,B,C)에 발행주식 총수의 3％씩을 동시에 출연하는 경우 A성실공익법인등과 B성실공익법인은 1.5％를 초과하는 부분 C일반공익법인 등은 3％에 대해 증여세가 부과된다(재산-420, ’10.6.21.).

• 성실공익법인에 해당하지 아니하는 경우 주식보유기준 초과분에 대한 증여세
성실공익법인이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5％를 초과하여 주식을 출연받은 후 성실공익법인에 해당하지 아니하게 된 경우에는 성실공익법인에 해당하지 아니하는 사업연도 종료일 현재 당해 공익법인이 5％를 초과하여 보유하고 있는 주식의 가액은 증여세 과세가액에 산입(서면4팀-1385, ’08.6.10.)

• 주식보유기준 초과분에 대한 증여세 과세가액
당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5를 초과하는 경우에는 주식 등을 취득하는 날 현재 그 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액에 대해 증여세를 부과한다(서면4팀-30, ’08.1.7.).

■ 특수관계 해당 여부
• 재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자의 범위
출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식을 출연받은 경우 판단과 관련해 재산을 출연하여 비영리법인을 설립한 자란 비영리법인의 설립을 위해 재산을 출연하고 정관작성, 이사선임 등 비영리법인 설립에 지배적인 영향력을 행사한 자를 의미한다(서울고등법원 2017누154, ’17.12.6.)

• 특수관계인 중 사용인 및 임원의 범위
상증령 제2조의2 제1항 제2호에 따른 사용인은 같은 조 제2항에 따라 임원, 상업사용인, 그 밖에 고용계약관계에 있는 자를 말하며, 이 경우 임원은 같은 조 제1항 제3호에 따라 법령 제20조 제1항 제4호에 따른 임원과 퇴직 후 5년이 지나지 아니한 그 임원이었던 사람으로서 사외이사가 아니었던 사람을 말한다(상속증여세과-956, ’16.8.30.).

• 출자에 의해 지배하는 법인의 사용인
특수관계에 있는 자의 범위는 출자에 의하여 지배하고 있는 법인의 사용인도 포함한다(대법원 2011두6899, ’12.10.11.).

• 출연자와 특수관계인 해당여부
단순히 동일한 법인의 주주관계라는 사실만으로는 특수관계에 있는 자에 해당하지 않는다(재산-3772, ’08.11.14.).

• 성실공익법인 등 판단 시 이사의 범위
성실공익법인 판정 시 이사의 범위에는 공익법인 등에 상속재산을 출연한 상속인과 특수관계 있는 자로서 이사의 선임 등 당해 공익법인 등의 사업운영에 관한 중요사항을 결정할 권한을 가진 자를 포함한다(재산-125, ’09.9.3.).

■ 기타사항
•공익법인의 목적사업상 필요하다고 인정하는 주무관청의 범위
공익법인이 목적사업을 효율적으로 수행하기 위해 필요하다고 인정하는 주무관청이란 공익사업을 허가하거나 검사·감독하는 행정관청을 뜻한다(법인세과-4259, ’20.11.30.).

 

다. 출연재산으로 주식 등을 취득하는 경우(상증법 §48②⑵, 상증령 §37)
공익법인 등이 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우와 그 운용소득이 있는 경우 포함)과 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의해 증가한 재산을 포함하며 재산 매각에 따라 부담하는 국세와 지방세 제외)을 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등과 이미 보유하고 있는 동일 내국법인의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 발행주식총수 등의 5%(상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 상증법 §48⑪ 요건 충족 공익법인 등은 10%, 20%)를 초과하게 되는 경우에는 그 초과하는 가액에 대해 증여세가 과세된다.

1) 주식 등 초과 보유 계산
다음에 해당하는 날을 기준으로 보유하는 주식 등을 합해 초과보유 부분을 계산한다.
• 공익법인이 주식 등을 매매의 방법으로 취득하는 경우:그 취득일 
• 공익법인이 보유하는 주식 등을 발행한 내국법인의 유상증자에 따라 배정된 신주를 유상으로 취득하는 경우:그 취득하는 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 중 「상법」 제354조 규정에 따른 주주명부 폐쇄일 또는 권리행사 기준일(주식회사 외의 경우 과세기간 또는 사업연도 종료일) 
• 공익법인이 보유하고 있는 주식 등을 발행한 내국법인이 자본 또는 출자액을 감소시킨 경우:감자를 위한 주주총회 결의일이 속하는 연도의 주주명부 폐쇄일(주식회사 외의 경우 과세기간 또는 사업연도 종료일)

■ 초과부분 계산 : Ⓐ - Ⓑ
Ⓐ 〔ⓐ＋ⓑ＋ⓒ＋ⓓ〕> Ⓑ 내국법인 발행주식총수 등¹⁾의 5%(10%²⁾, 20%³⁾)
(상증법 §48②⑵㈎~㈐)
ⓐ：취득하는 내국법인의 주식 등
ⓑ：취득 당시 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등(가)
ⓒ：해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등(나)
ⓓ：해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등(다)

¹⁾ ’17.1.1. 이후 취득 분부터 자기주식과 자기출자지분 제외
²⁾ ’08.1.1. 이후 취득하는 성실공익법인 등에 대해 적용하며, ’17.7.1. 이후 취득 분부터는 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인에 대해 적용
³⁾ ’18.1.1. 이후 취득하는 주식 등의 의결권을 행사하지 않는 조건으로 주식 등을 취득하는 상호출자제한기업집단과 특수관계가 없는 자선·장학·사회복지 목적의 성실공익법인에 적용
* ’21.1.1. 이후부터 일반공익법인과 성실공익법인을 “공익법인”으로 명칭 일원화

2) 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자의 범위(상증령 §37②후단)
출연자가 해당 내국법인과 다음 각 호에 해당하는 관계에 있는 경우 당해 출연자(상증령 §2의2③)
ⅰ) 상증령 §2의2①⑹, ⑺에 해당하는 법인
ⅱ) 상증령 §2의2 ①⑴～⑺에 해당하는 자가 발행주식총수 등의 50% 이상을 출자하고 있는 법인

3) 초과분에 대한 증여세 부과(상증령 §40①⑵)
5%(10%, 20%) 초과부분을 취득하는데 사용한 재산의 가액을 증여가액으로 하여 증여세가 과세된다.

4) 과세제외하는 경우(상증법 §48②⑵, 상증령 §37⑥)
① 다음 요건을 모두 충족하는 공익법인이 주식 등을 취득하는 경우
ⅰ) 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 않은
ⅱ) 공익법인 등(상증법 §48⑪의 요건 충족 공익법인 또는 국가·지방자치단체가 출연하여 설립한 공익법인)이
ⅲ) 그 공익법인의 출연자와 특수관계에 있지 아니한 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서
ⅳ) 주무관청이 공익법인의 목적사업을 효율적으로 수행하기 위하여 필요하다고 인정하는 경우
☞ ’01.1.1. 이후 최초로 상속세 또는 증여세를 결정하는 분부터 적용

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