Ⅳ. 합병법인에 대한 과세
2 적격합병 시 합병법인에 대한 과세
3. 이월결손금의 승계
적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 법 제13조 제1항 제1호의 결손금을 승계함.
가. 연혁
원칙적으로 피합병법인의 이월결손금은 합병법인이 공제할 수 없으나, 1999년 1월 1일 이후 적격합병을 하는 분부터 비특수관계법인 간의 합병에 한해 합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 승계할 수 있도록했다.
<이월결손금 승계 요건(①~④ 모두 충족)>
① 비특수관계법인 간의 합병 + 적격합병요건 충족
② 장부가액으로 자산 승계
③ 피합병법인의 주주가 합병법인으로부터 받은 주식이 합병법인의 합병 등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것
④ 승계사업을 구분경리할 것
2001.12.31. 「법인세법」 개정 시 사실상 대부분의 합병이 특수관계법인 간에 발생하는 현실과 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득의 범위 내에서만 이월결손금을 공제하도록 하여 조세회피 소지가 없는 점을 감안해 2001년 12월 31일이 속하는 사업연도에 적격합병을 하는 분부터 특수관계법인 간의 합병에 대해서도 이월결손금 승계를 허용했다.
종전에는 조세회피수단으로 악용하는 사례를 방지하기 위해 합병법인이 승계사업을 구분경리토록 하여 승계사업 발생소득이 계산 가능한 경우만 공제하도록 하였으나, 2005.12.31. 「법인세법」 개정 시 중소기업 간 또는 동일업종 법인 간 합병의 경우 구분경리의 어려움을 감안해 승계사업 발생소득의 안분계산을 허용했다.
2009.12.31. 합병세제 전면개편 시 미국, 일본 등은 과세특례(적격합병) 요건만 충족하면 이월결손금 승계가 가능한 점과 2008년 말에 합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득에서 공제하지 못하도록 이월결손금 공제 요건을 강화한 점을 감안하여 합병법인 발행주식 총수의 10% 이상 합병신주 교부 요건을 삭제했다.
나. 요건
합병법인이 합병등기일 현재 피합병법인의 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금(이하 “이월결손금”이라 한다)을 승계받기 위해서는 법 제44조 제2항에 따른 적격합병의 요건을 충족해야 하며, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분해 기록해야 한다.
다만, 중소기업 간 또는 동일업종 법인 간에 합병하는 경우에는 구분경리를 하지 않더라도 이월결손금의 승계를 허용하고 있다.
이월결손금 승계 요건 : ❶ 적격합병 요건 충족 + ❷ 구분경리
다. 승계대상 이월결손금의 범위
각 사업연도의 손금총액이 익금총액을 초과하는 금액을 각 사업연도의 결손금이라 하며, 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 않는 금액을 이월결손금이라 한다(법 제14조 제2항 및 제3항).
적격합병을 한 합병법인에 승계되는 피합병법인의 이월결손금은 합병등기일 현재의 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금을 말하며, 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금은 각 사업연도의 개시일 전 15년(2019.12.31. 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 10년, 2008.12.31. 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 5년) 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로, 「법인세법」 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금으로 규정하고 있다(법 제13조 제1항 제1호).
이 경우 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 이월결손금(합병등기일을 사업연도의 기산일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액으로 한다(영 제81조 제2항).
합병등기일을 사업연도의 기산일로 보아 승계대상 이월결손금을 계산하는 이유는 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 법 제8조에 따라 사업연도의 의제 규정이 적용되므로 피합병법인의 해당 사업연도 개시일부터 합병등기일까지의 기간이 1사업연도로 의제되며, 해당 사업연도에 대한 법인세 신고 시 이월결손금 공제가 가능하다.
따라서 합병법인에 승계되는 이월결손금의 범위 계산 시 해당 의제사업연도도 1사업연도로 계산하여 승계대상 결손금을 산정한다.
라. 승계결손금의 공제방법
(1) 구분경리
다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음의 구분에 따른 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분해 기록해야 한다(법 제113조 제3항 본문).
<구분경리 기간>
① 합병법인이 합병등기일 현재 이월결손금이 있는 경우 또는 승계받은 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우 : 그 이월결손금을 공제받는 기간
② 그 밖의 경우 : 합병 후 5년간
다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분해 기록하지 아니할 수 있다(법 제113조 제3항 단서).
중소기업의 판정은 합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 한국표준산업분류에 따른 세분류에 따른다(영 제156조 제2항 전단).
이 경우 합병법인 또는 피합병법인이 2 이상의 세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다(영 제156조 제2항 후단).
(2) 승계결손금 등의 공제 범위
합병법인의 합병등기일 현재의 이월결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 아니하며, 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다(법 제45조 제1항 및 제2항).
피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 계산함에 있어 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우로서 법 제113조 제3항 단서에 따라 회계를 구분해 기록하지 아니한 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액은 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다.
이 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 자산에 한정하여 그 자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다(영 제81조 제1항).
<예시>
▶2023.7.1. A법인(합병법인)이 B법인(피합병법인)을 적격합병하였으며, A·B법인 모두 중소기업으로 합병 후 A법인의 사업과 B법인의 사업을 구분경리 하지 않은 경우
- A법인은 B법인의 이월결손금 9억원을 승계받았으며, 합병등기일 현재 A법인의 사업용 자산가액은 12억원, B법인은 8억원임.
- 2023년 A법인(흡수합병법인)의 소득금액 : 10억원
① B법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(4억원) = 10억원 × 8억원 / 20(12+8)억원
② 승계결손금의 공제금액(4억원) = Min(9억원, ①)
(3) 승계결손금의 공제 한도
일반적인 경우 해당 법인의 각 사업연도 소득의 100분의 80(「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100)을 한도로 이월결손금을 공제한다(법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서).
<회생계획을 이행 중인 기업 등(영 §10)>
• 법원 인가결정에 의한 회생계획을 이행중인 기업
• 「기업구조조정촉진법」 상 기업개선계획을 이행중인 기업
• 채권금융회사 또는 금융업무·구조조정 업무를 하는 공공기관과 협약을 체결해 경영정상화계획을 이행중인 기업(2021.2.17. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용)
• 유동화전문회사 등 자산유동화를 목적으로 설립된 특수목적법인으로서 2015.12.31.까지 기초자산을 매입한 법인
• 법 제51조의2 제1항 각 호 및 조특법 제104조의31 제1항에 해당하는 내국법인(2017.2.3. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용)
• 「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제10조에 따른 사업재편계획 승인을 받은 법인(2020.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용)
적격합병을 한 경우에는 합병법인의 합병등기일 현재 이월결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금에 대한 공제는 법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음의 구분에 따른 소득금액의 100분의 80(「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100)을 한도로 공제한다(법 제45조 제5항).
① 합병법인의 합병등기일 현재 이월결손금의 경우 : 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액
② 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금의 경우 : 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액
마. 주요 질의·답변
Q. 2 이상의 사업 영위 시 동일사업 판단 기준
A. 합병법인과 피합병법인이 2 이상의 사업을 영위하는 경우 개별 사업이 아닌 한국표준산업분류에 따른 세분류가 같은 사업 전부를 기준으로 동일사업 여부를 판단함.
적격합병을 한 합병법인이 피합병법인의 이월결손금을 승계받기 위해서는 합병이후 자산·부채 및 손익의 구분경리가 필요하다.
다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에도 피합병법인의 이월결손금을 승계받을 수 있다.
한편, 동일사업을 영위하는 법인의 판정은 한국표준산업분류에 따른 세분류에 따르며, 2 이상의 사업을 영위하는 경우에는 사업용 자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다.
이 경우 100분의 70 초과 여부를 판단할 때 2 이상의 사업을 영위하는 경우 개별 사업(동일한 업종 중 하나의 업종) 기준으로 100분의 70을 각각 초과하는지를 판단하는 방법과 합병법인과 피합병법인의 사업 중 서로 동일한 사업(동일한 업종 모두) 기준으로 100분의 70을 각각 초과하는지를 판단하는 방법 중 어느 방법을 적용하느냐에 따라 동일사업에 해당하는지가 달라진다.
예를 들어, 합병법인과 피합병법인의 한국표준산업분류에 따른 세분류별 사업부문의 사업용 자산가액 비율이 다음과 같은 경우 ❶ 방법개별 사업부문 기준으로 100분의 70을 각각 초과하는지를 판단하는 경우 ‘동일사업을 영위하는 법인 간에 합병하는 경우’에 해당하지 않는다.
한편, ❷ 방법합병법인과 피합병법인의 사업 중 동일한 사업의 사업용 자산가액 비율을 합하여 100분의 70을 각각 초과하는지를 판단하는 경우 ‘동일사업을 영위하는 법인 간에 합병하는 경우’에 해당해 법 제113조 제3항 단서에 따라 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에 해당하므로 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’을 사업용 자산가액 비율로 안분계산할 수 있다.
이와 관련해 기획재정부는 입법 당시 ❷방법을 기준으로 관련 규정을 신설했으며, 국세청의 유권해석도 ❷방법을 적용하도록 해석했다.
<예규:서면-2015-법인-2451, 2016.1.26.>
「법인세법 시행령」 제156조 제2항의 규정을 적용함에 있어 합병법인 또는 피합병법인이 한국표준산업분류에 따른 2 이상의 세세분류*에 해당하는 사업을 영위하는 경우로서, 세세분류*별 사업용 고정자산가액 비율이 합병법인은 A사업 30%, B사업 45%, C사업 25%이고 피합병법인은 A사업 40%, B사업 33%, D사업 27%인 경우 동일사업을 영위하는 법인 간의 합병으로 본다.
*(참고) 2017.2.3. 「법인세법 시행령」 개정 시 합병 시 구분경리 의무가 면제되는 피합병법인과 합병법인의 동일사업의 범위를 한국표준산업분류에 따른 세세분류에서 세분류로 개정
Q. 합병법인이 둘 이상의 사업부문을 영위하는 경우 사업용 자산가액 비율 산정 시 사업용 자산가액 산정 방법
A. 사업부문별 구분 없이 전체 사업부문을 기준으로 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액을 적용함.
합병법인의 합병등기일 현재 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 않는다.
한편, 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 계산함에 있어 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우로서 구분경리 하지 아니한 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액은 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다.
예를 들어 합병법인이 둘 이상의 사업부문을 영위하는 경우 하나의 사업부문은 손실이 발생하고, 나머지 사업부문은 이익이 발생한 경우 합병등기일 현재 합병법인의 사업용 자산가액은 합병법인의 전체 사업부문의 사업용 자산가액을 말하며, 피합병법인 또한 동일하게 적용된다.
<예규:서면-2017-법인-3465, 2018.10.16.>
「법인세법」 제45조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 자산가액 비율” 계산 시 합병등기일 현재 합병법인의 사업용 고정자산가액은 사업부문의 일부가 결손이 발생하였는지와 관계없이 합병법인의 이월결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다.
Q. 사업용 자산가액 비율 산정 시 합병 후 사용하지 않는 합병법인의 사업용 자산가액 포함 여부
A. 합병법인이 합병등기일 현재 보유하고 있는 사업용 자산을 합병 후 사용하지 않는 경우에는 사업용 자산가액 비율 산정 시 해당 사업용 자산은 제외하고 산정함.
「법인세법 시행령」 제81조 제1항 전단에서는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 계산함에 있어 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우로서 법 제113조 제3항 단서에 따라 회계를 구분해 기록하지 아니한 경우에는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액은 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 하도록 규정하고 있다.
한편, 「법인세법 시행령」 제81조 제1항 후단에서는 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 자산에 한정해 그 자산의 합병등기일 현재 가액에 따르도록 규정하고 있다.
「법인세법 시행령」 제81조 제1항의 규정을 정리해 보면, 사업용 자산가액 비율 산정 시 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 자산가액은 계속 보유·사용하는 자산을 기준으로 산정하도록 명확히 규정돼 있으나, 합병등기일 현재 합병법인이 보유하고 있는 사업용 자산에 대하여는 명확히 규정하고 있지 않다.
예를 들어, 합병등기일 현재 합병법인의 사업용 자산가액과 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 자산가액이 각각 100이고, 해당 사업용 자산 중 일부를 처분 또는 미사용해 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일 현재 계속 보유·사용하는 사업용 자산의 합병등기일 현재의 자산가액이 각각 80인 경우 사업연도 종료일 현재의 사업용 자산가액 비율 산정 시 ❶ 방법합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 자산가액만 계속 보유·사용하는 사업용 자산을 기준으로 산정하는 방법과 ❷ 방법합병법인도 동일하게 계속 보유·사용하는 사업용 자산을 기준으로 산정하는 방법 중 어느 방법을 적용하느냐에 따라 사업용 자산가액비율이 달라지게 된다.
이에 대해 기획재정부는 유권해석을 통해 사업연도 종료일 현재의 사업용 자산가액 비율 시 합병등기일 현재 합병법인의 사업용 자산가액도 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 자산과 동일하게 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유·사용하는 자산에 한정하여 그 자산의 합병등기일 현재 가액에 따르는 것이 타당(❷ 방법)하다고 해석했다.
<예규:기획재정부 법인세제과-343, 2015.5.4.>
「법인세법」 제45조를 적용함에 있어서 중소기업 등에 해당해 구분경리의 예외가 인정되는 경우 소득금액은 결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 합병법인이 계속 보유・사용하는 사업용 고정자산에 한정하여 같은 법 시행령 제81조에 따른 자산가액 비율로 안분계산한다.
