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[국세 예규] 산학협력단, 법인세법 상 고유목적사업준비금 손금산입 해당 안 돼
[국세 예규] 산학협력단, 법인세법 상 고유목적사업준비금 손금산입 해당 안 돼
  • 정창영 기자
  • 승인 2024.06.20 06:35
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“조특법 제74조 규정 따른 수익사업 발생소득 고유목적사업준비금 손금산입”
국세청, 산학협력단 과다 인건비 제한규정 적용 법인 해당 여부 유권해석

산학협력단은 고유목적사업준비금 손금산입 법인에 해당하지 않는다는 국세청 유권해석이 나왔다.

국세청은 산학협력단이 8천만원을 초과하는 과다 인건비 제한 규정을 적용받는 법인에 해당하는지 여부에 대해 이같이 밝혔다.

국세청은 회신을 통해 “산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단은 조세특례제한법 제74조 제1항의 규정에 의해 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금 산입할 수 있으며, 이 경우 법인세법 시행령 제56조 제11항 제1호 및 제2호의 법인에 해당하지 않는 것”이라고 답변했다.

질의법인은 산학협력단이 임직원에게 일시적으로 8천만원을 초과하는 인건비를 지급하려고 하고 있다.

질의법인은 이와 관련해 산학협력단이 법인세법 시행령 제56조 제11항 각 호의 법인에 해당하는지 여부에 대해 물었다.

현행 법인세법 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) 제1항에서는 “비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 ‘고유목적사업 등’이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.”고 규정하고 있다.

또한 제1호에서는 “다음 각 목의 금액”으로 규정하고, 가목에서 “소득세법 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액”, 나목에서 “소득세법 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.”, 다목에서 “특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액”으로 규정하고 있으며 제2호에서는 “그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액”으로 규정하고 있다.

또한 제8항에서는 “제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다.”고 규정하고 있다.

이와 함께 법인세법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) 제8항에서는 “법 제29조 제8항에서 ‘대통령령으로 정하는 경우’란 해당 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 조세특례제한법에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우는 제외한다.”고 규정하고 있다.

또한 제11항에서는 “해당 사업연도에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인의 임원 및 직원이 지급받는 소득세법 제20조 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(이하 ‘총급여액’이라 하며, 해당 사업연도의 근로기간이 1년 미만인 경우에는 총급여액을 근로기간의 월수로 나눈 금액에 12을 곱하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 개월 수는 태양력에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다)이 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 제6항 제1호에 따른 인건비로 보지 아니한다. 다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 그러하지 아니하다.”고 규정하면서 제1호에서 “법 제29조 제1항 제2호에 따라 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인”, 제2호에서 “조세특례제한법 제74조 제1항 제2호 및 제8호에 해당하여 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 100분의 50을 곱한 금액을 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인”으로 규정하고 있다.

또한 제13항에서는 “인건비 지급규정을 승인받은 자는 승인받은 날부터 3년이 지날 때마다 다시 승인을 받아야 한다. 다만, 그 기간 내에 인건비 지급규정이 변경되는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 법 제60조에 따른 과세표준 신고기한까지 다시 승인을 받아야 한다.”고 규정하고 있고, 제14호에서는 “주무관청의 승인을 받은 법인은 법 제60조에 따른 신고를 할 때 인건비 지급규정 및 주무관청의 승인사실을 확인할 수 있는 서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.”고 규정하고 있다.

한편 조세특례제한법 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) 제1항에서는 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.”고 규정하면서 제1호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인”으로 규정하고, 가목에서 “사립학교법에 따른 학교법인”, 나목에서 “산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단”, 다목에서 “평생교육법에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 따른 비영리법인”, 라목에서 “국립대학법인 서울대학교 설립·운영에 관한 법률에 따른 국립대학법인 서울대학교 및 발전기금”, 바목에서 “국립대학법인 인천대학교 설립·운영에 관한 법률에 따른 국립대학법인 인천대학교 및 발전기금”으로 규정하고 있다.

또한 제2호에서 “사회복지사업법에 따른 사회복지법인”, 제8호에서 “공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 해당 과세연도의 고유목적사업이나 법인세법 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인”으로 규정하고 있다.

(서면-2024-상속증여-0527 [공익중소법인지원팀-403]. 2024. 05. 27.)

 


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