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승계한 지배목적 주식 처분…“분할 존속법인 법인세 영향 없어”
승계한 지배목적 주식 처분…“분할 존속법인 법인세 영향 없어”
  • 국세청 제공
  • 승인 2024.11.01 09:00
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알기 쉬운 법인세법 가이드 / 합병 세제

<분할>

Ⅳ. 인적분할 시 분할신설법인 등에 대한 과세

 2  적격분할 시 분할신설법인등에 대한 과세
3. 이월결손금의 승계

분할로 분할법인이 해산하는 경우에는 이월결손금이 분할신설법인등에 승계되나, 분할법인이 존속하는 경우에는 이월결손금이 승계되지 아니함.

가. 개요
내국법인이 분할로 해산하는 경우로서 적격분할을 하는 경우에는 분할신설법인 등은 분할법인 등의 분할등기일 현재의 결손금을 승계하며, 분할신설법인 등이 승계한 결손금은 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 분할신설법인등의 각 사업연연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다(법 제46조의4 제2항).
한편, 내국법인이 분할 후 존속하는 경우에는 내국법인이 분할로 해산하는 경우에 적용되는 적격분할 규정이 대부분 동일하게 적용되나, 분할법인의 이월결손금은 분할 후 해산하는 경우와 달리 분할신설법인등에 승계되지 아니한다(법 제46조의5 제3항).


나. 요건
분할신설법인 등이 분할등기일 현재 분할법인등의 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금(이하 “이월결손금”이라 한다)을 승계받기 위해서는 법 제46조 제2항에 따른 적격분할의 요건을 충족해야 하며, 분할합병의 경우 분할법인 등으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록해야 한다.
다만, 중소기업 간 또는 동일업종 법인 간에 분할합병하는 경우에는 구분경리를 하지 않더라도 이월결손금의 승계를 허용하고 있다.

승계 요건 : ❶ 분할법인이 분할로 해산 + ❷ 적격분할 요건 충족 + ❸ 분할합병의 경우 구분경리


다. 승계대상 이월결손금의 범위
각 사업연도의 손금총액이 익금총액을 초과하는 금액을 각 사업연도의 결손금이라 하며, 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액을 이월결손금이라 한다(법 제14조 제2항 및 제3항).

적격분할을 한 분할신설법인 등에 승계되는 분할법인 등의 이월결손금은 분할등기일 현재의 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금을 말하며, 법 제13조 제1항 제1호에 따른 결손금은 각 사업연도의 개시일 전 15년(2019.12.31. 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 10년, 2008.12.31. 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 5년) 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로, 「법인세법」 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 「국세기본법」 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금으로 규정하고 있다(법 제13조 제1항 제1호).

이 경우 분할신설법인 등이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 분할등기일 현재의 분할법인등의 이월결손금(분할등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다) 중 분할신설법인 등이 승계받은 사업에 속하는 결손금으로 하되, 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액으로 한다(영 제83조 제2항).


라. 승계받을 결손금의 안분계산
승계받은 사업에 속하는 결손금은 분할등기일 현재 분할법인 등의 결손금을 분할법인등의 사업용 자산가액 중 분할신설법인등이 각각 승계한 사업용 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다(영 제83조 제3항).

 

 

 

 


마. 승계결손금의 공제방법
(1) 구분경리
내국법인이 분할합병하는 경우 분할신설법인등은 다음의 구분에 따른 기간 동안 자산·부채 및 손익을 분할법인 등으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록해야 한다(법 제113조 제4항 본문).

<구분경리 기간>
① 승계받은 분할법인 등의 이월결손금을 공제받으려는 경우 : 그 이월결손금을 공제받은 기간
② 그 밖의 경우 : 분할 후 5년간

다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 분할합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다(법 제113조 제4항 단서).
중소기업의 판정은 분할합병 전의 현황에 따르고, 동일사업을 영위하는 법인(분할법인의 경우 승계된 사업부문에 한정한다)의 판정은 실질적으로 동일한 사업을 영위하는 것으로서 한국표준산업분류에 따른 세분류에 따른다(영 제156조 제2항 전단).

이 경우 분할법인의 승계된 사업부문 또는 분할합병의 상대방법인이 2 이상의 세분류에 해당하는 사업을 영위하는 경우에는 사업용 자산가액 중 동일사업에 사용하는 사업용 자산가액의 비율이 각각 100분의 70을 초과하는 경우에만 동일사업을 영위하는 것으로 본다(영 제156조 제2항 후단).


(2) 승계결손금 등의 공제 범위
분할합병의 상대방법인의 분할등기일 현재의 이월결손금은 분할합병의 상대방법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 공제하지 아니하며, 분할신설법인 등이 승계한 분할법인 등의 이월결손금은 분할법인 등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 분할신설법 인등의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다(법 제46조의4 제1항 및 제2항).

분할법인 등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 계산함에 있어 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 분할합병하는 경우로서 법 제113조 제4항 단서에 따라 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 분할법인 등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액은 분할합병등기일 현재 분할법인의 사업부문과 분할합병의 상대방법인(소멸하는 경우를 포함한다)의 사업용 자산가액 비율로 안분계산한 금액으로 한다.

 

 

 

 

 

이 경우 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 사업용 자산가액은 승계결손금을 공제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)·사용하는 자산에 한정하여 그 자산의 분할합병등기일 현재 가액에 따른다(영 제83조 제1항).


(3) 승계결손금의 공제 한도
일반적인 경우 해당 법인의 각 사업연도 소득의 100분의 80(「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100)을 한도로 이월결손금을 공제한다(법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서).

적격분할을 한 경우에는 분할합병의 상대방법인의 분할등기일 현재 이월결손금과 분할신설법인 등이 승계한 분할법인등의 이월결손금에 대한 공제는 법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음의 구분에 따른 소득금액의 100분의 80(「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100)을 한도로 공제한다(법 제46조의4 제5항).

① 분할합병의 상대방법인의 분할등기일 현재 결손금의 경우 : 분할합병의 상대방법인의 소득금액에서 분할법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액
② 분할신설법인등이 승계한 분할법인등의 결손금의 경우 : 분할법인등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액


4. 세무조정사항 등의 승계
적격분할을 한 분할신설법인등은 분할법인등의 세무조정사항과 공제·감면세액을 승계할 수 있음.
가. 세무조정사항의 승계
내국법인이 적격분할을 하는 경우 분할법인등의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(세무조정사항)은 모두 분할신설법인 등에 승계된다(영 제85조 제1호).

 

 

 

 


나. 공제·감면세액의 승계
(1) 개요
분할신설법인 등이 적격분할의 요건을 충족하여 분할법인 등의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 보는 경우 분할법인 등이 분할 전에 적용받던 법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다(영 제82조의4 제2항 전단).

이 경우 법인세법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 분할신설법인 등이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용하며, 분할신설법인등은 다음의 구분에 따라 승계받은 사업에 속하는 감면 또는 세액공제에 한정하여 적용받을 수 있다(영 제82조의4 제2항 후단).

 

 

 

 

 

 


(2) 승계받은 공제·감면세액의 적용방법
분할신설법인 등이 분할법인 등으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 적용하는 경우에는 적격합병의 규정을 준용한다(영 제83조 제4항).


다. 기부금한도초과액의 승계
(1) 기부금의 손금불산입
“기부금의 손금불산입”에 관하여는 “합병 - Ⅳ. 합병법인에 대한 과세 - 2 적격합병 시 합병법인에 대한 과세 – 4. 세무조정사항 등의 승계 – 다. 기부금한도초과액의 승계 - (1) 기부금의 손금불산입”에서 자세히 기술하고 있다.


(2) 기부금한도초과액의 손금산입 방법
합병·분할 이전에 발생한 기부금 한도초과액의 손금산입 범위를 합리적으로 제한하기 위해 2020년 12월 22일 「법인세법」 개정 시 합병·분할 시 기부금한도초과액의 손금산입 한도 규정이 신설됐다.

이에 따라 2021년 1월 1일 이후 분할하는 분부터는 다음과 같이 구분하여 손금에 산입한다.

① 분할합병의 상대방법인의 분할등기일 현재 특례기부금 및 일반기부금의 기부금한도초과액은 분할합병 전 분할합병의 상대방법인의 사업에서 발생한 소득금액을 기준으로 특례기부금 및 일반기부금의 손금산입한도액의 범위에서 손금에 산입한다(법 제46조의4 제6항).

② 분할법인 등의 분할등기일 현재 기부금한도초과액으로서 분할신설법인 등이 승계한 금액은 분할신설법인등의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 분할법인 등으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득을 기준으로 특례기부금 및 일반기부금의 손금산입한도액의 범위에서 손금에 산입한다(법 제46조의4 제7항).

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 


5. 자산처분손실에 대한 손금산입 제한
적격분할합병을 한 분할신설법인 등에 대하여는 분할등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 분할법인과 분할합병의 상대방법인이 분할합병 전 보유하던 자산의 처분손실에 대한 손금산입을 제한함.

적격분할합병을 한 분할신설법인 등은 분할법인과 분할합병의 상대방법인이 분할합병 전 보유하던 자산의 처분손실(분할등기일 현재 해당 자산의 법 제52조 제2항에 따른 시가가 장부가액보다 낮은 경우로서 그 차액을 한도로 하며, 분할등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 것만 해당한다)을 각각 분할합병 전 해당법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다(법 제46조의4 제3항 전단).

이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분 시 각각 분할합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 보아 법 제46조의4 제1항 및 제2항을 적용한다(법 제46조의4 제3항 후단).

자산처분손실에 대한 손금산입 제한 적용요건 : ❶ ~ ❸ 모두 충족
❶ 분할법인 또는 분할합병의 상대방법인이 분할합병 전 보유하던 자산을 분할등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도까지 처분할 것
❷ 분할등기일 현재 해당 자산의 시가가 장부가액보다 낮을 것
❸ 해당 자산의 처분 시 처분손실(처분가액 < 장부가액)이 발생할 것

 

 

 

 

 

 

 


Ⅴ. 인적분할 시 적격분할에 대한 사후관리

 1  적격분할 사후관리 추징 요건
1. 개요

적격분할을 한 분할신설법인등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(3년) 이내에 사후관리 추징 요건에 해당하는 경우 비적격분할로 취급하여 과세이연 등의 세제지원을 취소함.

「법인세법」에서는 기업의 원활한 구조조정을 지원하기 위해 법인이 적격분할을 한 경우 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인(분할법인등)의 양도손익과 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방법인(분할신설법인등)의 분할매수차 손익의 과세를 이연하고 분할법인 등의 이월결손금, 세무조정사항, 공제감면세액 등의 승계를 허용하는 등 적격분할에 대한 과세특례 제도를 운용하고 있다.

다만, 분할 후 일정기간(사후관리기간) 내에 분할신설법인 등이 사업을 폐지하거나 분할법인등의 특정 지배주주가 분할교부주식을 처분하는 등 법 제46조의3 제3항 각 호에 따른 사유가 발생한 경우 적격분할에 대한 과세특례를 취소하게 된다.

 

 

 

 

 

 

 

법 제46조의3 제3항 각 호에 따른 사유(이하 “사후관리 추징 요건”이라 한다)는 다음과 같으며, ①·②의 사유의 경우 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년, ③의 사유의 경우 3년 동안 사후관리를 하게 된다(법 제46조의3 제3항 및 영 제82조의4 제3항).

 

 

 

 

 

 

 

 

2. 사업의 계속성 요건
분할신설법인 등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 적격분할에 대한 과세특례가 취소됨.

가. 개요
적격분할을 한 분할신설법인 등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 사후관리 추징 요건에 해당하게 된다(법 제46조의3 제3항 제1호).

이 경우 분할신설법인 등이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년 이내에 분할법인 등으로부터 승계한 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지한 것으로 본다(영 제82조의4 제7항).
다만, 분할법인이 보유하던 분할합병의 상대방법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 분할합병의 상대방법인의 주식을 제외하고 분할법인으로부터 승계받은 자산을 기준으로 사업을 계속하였는지 여부를 판정하되, 승계받은 자산이 분할합병의 상대방법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속한 것으로 본다(영 제82조의4 제7항).

 

 

 

 

 

 

 

 

나. 부득이한 사유가 있는 경우에 대한 처리
분할신설법인등이 사후관리기간에 분할법인등으로부터 승계받은 사업을 폐지하더라도 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 적격분할에 대한 과세특례를 계속 적용한다(법 제46조의3 제3항 각 호 외의 부분 단서).


다. 주요 질의·답변
Q. 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 자산이 공익사업에 따라 수용되는 경우 부득이한 사유에 해당하는지 여부

A. 공익사업에 따라 수용되는 경우에는 사업의 계속성 요건의 부득이한 사유에 해당하지 아니함.
분할신설법인이 사후관리기간 중에 분할법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우에는 적격분할 과세특례에 대한 사후관리 추징 요건 중 ‘사업의 계속성 요건’에 해당하게 된다.

다만, 「법인세법 시행령」 제82조의4 제6항 제1호에 따른 부득이한 사유에 해당하는 경우에는 사후관리 추징 요건인 ‘사업의 계속성 요건’에 해당하더라도 적격분할에 대한 과세특례를 계속 적용하게 된다.

한편, 「법인세법 시행령」 제82조의4 제6항 제1호에서는 제80조의2 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 부득이한 사유로 규정하고 있으며, 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 자산이 공익사업에 따라 수용되는 경우는 부득이한 사유로 규정하고 있지 아니하므로, 승계 자산이 공익사업에 따라 수용되는 경우에는 부득이한 사유에 해당하지 않는다.

<예규 서면-2017-법인-0182, 2017.5.26.>
분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 고정자산이 공익사업에 수용되는 경우 「법인세법 시행령」 제82조의4 제6항 제1호에 따른 부득이한 사유에 해당하지 않는 다.


Q. 적격분할 후 분할신설법인이 사후관리기간 중에 승계자산을 처분하는 경우 분할존속 법인에 대한 추징 여부

A. 분할신설법인이 승계한 지배목적 주식을 처분하더라도 분할존속법인의 법인세에는 영향이 없음.
내국법인이 적격분할의 요건을 충족하여 분할을 하는 경우 분할존속법인은 양도손익, 분할신설법인은 분할매수차손익에 대하여 과세특례를 적용한다.

한편, 분할하는 사업부문이 지배목적 보유 주식과 그와 관련된 자산·부채만으로 구성된 사업부문을 승계하는 경우에는 ‘독립된 사업부문 요건’을 충족하게 되며, 적격분할의 요건 충족 이후 사후관리기간 중에 사후관리 추징 요건에 해당하는 경우에는 적격분할에 대한 과세특례가 취소된다.
이 경우 적격분할 이후 분할신설법인이 분할법인으로부터 승계받은 지배목적 보유 주식을 처분하는 경우에는 해당 주식을 처분하였다는 이유만으로는 분할존속법인에 대한 양도손익 과세특례가 취소되는 것이 아니다.

다만, 해당 주식의 처분으로 사업의 폐지(2분의 1 이상 처분·미사용)에 해당하는 경우에는 적격분할에 대한 과세특례가 취소되나, 분할존속법인의 양도손익은 분할신설법인의 자산조정계정 등으로 관리하여 과세되므로 분할존속법인에 대한 추가적인 과세 없이 분할신설법인의 법인세로 과세된다.

<예규 서면-2022-법인-1064, 2022.6.24.>
「법인세법」 제46조의5 제3항에 따라 적격분할 과세특례가 적용되는 분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일로부터 2년 이내에 분할존속법인으로부터 승계한 같은 법 시행령 제82조의2 제3항 제2호 단서에 따른 “분할하는 사업부문이 지배주주등으로서 보유하는 주식”을 처분하는 경우 분할존속법인은 분할신설법인의 주식 처분과 무관하게 같은 법 제46조의5 제2항에 따라 분할존속법인에 대한 적격분할 과세특례가 적용되는 것임.


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