조세심판원은 신축 중인 건물을 과·면세사업에 공통으로 사용될 것으로 예단, 청구법인의 면세분 관련 매입세액을 불공제한 처분청의 결정을 기각했다. 청구법인의 쟁점건물 양도 거래는 부가가치세 과세대상에 해당된다는 판단에서다. 이에 심판원은 이에 따른 매입세액도 공제하는 것이 타당하다고 판단했다. (조심2013서3592 )
부동산임대업을 하는 A사는 지난 2004년 박물관 건축허가를 받아, 당해 건물을 신축 중이던 2012년 ‘제2기 과세기간’에 당초 박물관을 지으려던 계획을 변경하고 이 건물을 다른 법인에 양도했다.
이에 A사는 과세사업에 제공할 재화라는 이유로, 건물 신축 관련 매입세액 전부를 매출세액에서 공제하고 부가가치세를 신고했다.
처분청은 작년 2월 현장 확인조사 후, 건물이 ‘부가가치세 면세사업’인 박물관을 운영하기 위해 신축 중이라는 이유와, 면세사업으로 변경하는 이유 등을 반영해 ‘공통사용재화’로 판단, 면세사업 관련 매입세액 나눠 계산한 후, A사에 ‘2012년 제2기 부가가치세’를 과세 경정·고지했다.
A사는 이에 불복, 심판청구를 제기했다.
A사는 “사업자가 건물을 신축할 때 과세사업에 공할 것인지, 아니면 면세사업에 공할 것인지 여부는 원칙적으로 사업자가 결정한다”며 “때로는 준비과정 중 사업목적이나 종류가 변경될 수도 있는데 과세관청이 그 성격을 예단해 일방적으로 정했다”고 주장했다.
또 ‘당초 박물관 건물의 신축허가를 받았을 뿐, 승인은 받지 않았다“며 박물관 신축을 포기하고 건물을 양도했기 때문에 건물은 과세사업에 제공될 재화로 봐야 한다”고 말했다.
이어 “부가가치세법령에 따르면 처음부터 과세사업에 사용될 재화와 관련된 매입세액이 공제되는 것은 물론, 면세사업에 사용하던 재화를 과세사업에 전용하는 경우에도 매입세액을 공제하는 것으로 규정하고 있다”며 “결국 건물 신축 관련 매입세액은 전부 공제하는 것이 타당하다”고 강조했다.
반면 처분청은 “A사는 박물관 건축허가를 받았고, 당시 제출한 사업계획서에도 A사가 직접 박물관을 운영한다고 돼있다”라며 A사는 쟁점건물이 양도를 위한 것이라고 하지만, 처분청이 현장을 조사할 때에는 관련자료를 제출하지 않았다“며 건물이 박물관 운영에 사용될 것은 분명하다는 입장을 고수했다.
또 “양수인인 B사는 A사와 특수 관계자인 것이 확인된 이상 매매약정서를 신뢰하기 어렵다”며 “이런 상황에서는 건축허가 내용 등을 고려해 건물이 주로 면세사업에 사용될 것으로 볼 수밖에 없어 해당 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다”고 주장했다.
심판원은 처분청의 주장을 기각했다. A사가 B사와 건물 양도계약을 체결하고 건축주를 변경하는 등 절차를 진행한 사실이 확인된 이상 건물이 A사의 과세사업에 제외할 재화로 보는 것이 합리적이라는 것이 심판원측 판단이다
심판원은 “건물 양도가액을 과세표준으로 해 매출세액을 계산하는 것을 별론으로 치더라도, 처분청이 건물을 과·면세사업 공통사용재화로 보고, 면세분 매입세액을 불공제해 과세한 처분은 잘못이 있다”고 판시했다.
