세무서가 제척기간 내 접수받은 경정청구에 처리를 미루다 제척기간 경과 후 거부한 처분은 잘못됐다는 판단이 나왔다.

 

조세심판원은 국세기본법 제45조의2 3항에 따라 제척기간 내 경정청구를 받고도 2개월 내 의사를 안 밝힌 처분청에 경정할 것을 결정했다. (조심2012서1276, 2013.05.31.)

 

관광숙박업을 영위하는 청구법인 A는 2009년 3월 31일 2005사업연도 법인세의 환급경정청구를 관할 처분청에 신청했다. 

 

조세특례제한법(이하 조특법) 26조 1항, 동법 시행령 23조, 동법 시행규칙 3조 및 14조에 따르면 관광숙박업자가 지방세법 시행령 76조에서 규정한 건축물 부착 시설물에 투자한 경우, 임시투자세액 공제규정에 따라 투자금액의 법인세는 10% 또는 15%를 법인세 또는 소득세에서 공제해준다.

 

청구법인 A는 2003~2005년 호텔건물과 시설물에 1억1360만원(이하 쟁점금액)을 투자했다. 2003~2004 사업연도 땐 납부세액이 없어 임시투자세액 공제 신청을 하지 않다가 2005년사업연도에 처분청에 쟁점금액에 대한 법인세 환급신청을 냈다. 제척기간은 2011년 3월 31일까지였다. 

 

처분청은 의사를 밝히지 않다가 2011년 12월 27일 청구거부의사를 밝혔다. 국세부과제척기간(국세기본법26조의2,1항3호) 만료가 이유였다. 처분청은 국세징수권 소멸시효는 중단, 정지가 가능하나 국세부과 제척기간은 불가해 만료 이후 과세표준, 세액 변경에 대해 결정할 수 없다고 전했다. 

 

심판원은 세무서장은 청구에 대해 2개월 내 의사를 밝혀야 할 의무가 있음에도 이행하지 않았다고 지적했다. 

 

납세자가 항고 등 불복절차를 통해 다툴 경우에도 과세관청의 경정, 취소는 가능하며 ‘대법원 판례 2000두6657(2002.9.24.)’에서 위법성이 없다고 본 바 처분청의 거부처분은 잘못됐다고 판단했다.

 

심판원은 처분청에 청구법인 A가 쟁점한 법인세 환급건을 재조사함이 타당하다고 밝혔다.