국세기본법 제13조에 따라 관할세무서장으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 교회에 대한 양도소득세 부과는 취소해야 한다고 판단한 국세청 심사례가 나왔다.
국세청은 “청구교회는 법인으로 보는 단체로 이미 승인받았고 쟁점부동산을 청구교회 명의로 취득해 양도했으며, 손익에 대한 법인세 신고를 이행했기 때문에 청구교회에 대한 양도소득세는 취소함이 타당하다”고 밝혔다(심사양도2014-0024, 2014.3.24).
대한예수교장로교 A교회는 서울시 OO구 OO동에 소재하고 있으며, 2001년 2월 11일 결성돼 2006년 2월 23일 OO세무서장으로부터 국세기본법 제13조에 따른 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다.
A교회는 2007년 11월 20일 서울시 OO구 OO동 쟁점부동산을 취득하여 보유하다가 2010년 12월 29일 양도했고, 2011년 3월 28일 쟁점부동산의 양도손익을 반영해 2010사업연도 법인세를 신고했다.
한편 처분청은 A교회를 법인이 아닌 단체라 판단해 2014년 1월 9일 A교회의 대표자 조OO에게 2010년 과세연도 양도소득세 69,906,760원을 결정·고지했고, A교회는 이에 불복 2014년 2월 4일 심사청구를 제기했다.
A교회 측은 “관할세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 후 쟁점부동산을 2007년 11월 취득해 별도의 단체번호를 부여받아 조OO 개인이 아닌 A교회 앞으로 등기했고, 2010년 12월 쟁점부동산 매각 후 2011년 3월 쟁점부동산의 양도손익을 반영해 2010사업연도 법인세를 적법하게 신고한 만큼 양도소득세 부과는 위법하다”는 입장을 밝혔다.
한편 처분청은 “A교회가 교회건물 신축을 당초 목적대로 하지 못해 매각한 후 세금문제가 대두됨에 따라 이를 양도한 연후 법인등록이 유리하다 판단, 뒤늦게 2011년 2월 11일 면세법인 사업자등록을 한 것”이라고 봤다.
이에 처분청은 A교회를 세법상 1거주자로 보아 양도소득세를 과세한 것은 정당하다고 주장했다.
국세청은 처분청과 달리 A교회가 ‘법인으로 보는 단체’로 승인됐다고 판단했다.
국세청은 “국세기본법 제13조 2항은 일정한 요건(조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있고, 단체의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유 관리하며 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 않을 것)을 갖춘 단체의 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받으면 그 단체를 법인으로 보아 국세기본법과 세법을 적용한다고 규정하고 있다”면서, A교회가 2006년 2월 23일 OO세무서장으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다고 밝혔다.
더불어 국세청은 “법인세법 시행령 제3조 1항 1호 라목은 국세기본법 제13조 2항의 규정에 의해 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일을 최초사업연도의 개시일로 한다고 규정하고 있는 바, A교회가 쟁점부동산 임대소득 및 양도소득에 대해 기한 후 또는 정기 법인세 신고를 한 것으로 나타나는 점 등을 종합하면, 처분청의 A교회가 법인으로 보는 단체가 아니라는 주장은 근거가 없고, 쟁점부동산이 조OO 개인소유라는 것 또한 객관적 증빙이 없다”면서 양도소득세를 취소토록 결정했다.
