하지만 국세청은 양도한 주식의 양도가액이 유상증자 가격보다 현저히 적다는 점에 착안, 이는 정당한 거래금액이 아니라고 보고 확인 작업에 들어갔다.
A씨가 주식을 판 날보다 1개월 전, 제3자가 배정한 같은 회사의 주식의 유상증자가격은 주당 3만5000원이었다. 이는 무려 7배나 많은 액수.
국세청은 이에 따라 부당행위계산부인을 적용, A씨의 양도가액을 주당 3만5000원인 9억 6000여만 원으로 추계결정해 양도소득세 1억 4000여만 원을 부과했다.
실상은 이랬다. A씨가 주식을 팔면서 1억원을 받았으며 1억원을 송금해 준 C씨는 주식매수자 B씨에게 돈을 꿔 준 사람이었던 것. 원 매수자인 B씨는 약 1년 뒤 C씨에게 1억 3900여만 원을 송금해 줬다는 것이 국세청의 계좌추적결과 드러났으며, 이를 수상히 여겨 상관관계를 따지기 시작했다.
B씨는 이자 포함한 금액일 뿐이라고 주장했으나, 1억원에 대한 1년치 이자가 무려 4000만원에 이른다는 점과 관련해 거래관계자들은 어떤 증빙도 제시하지 못했다.
A씨는 감사원에 심사청구를 제기했다. 감사원은 W회사가 주당 3만5000원에 할증 발행한 사실이 있는데도 액면가액 1억4000여만 원에도 못 미치는 금액으로 양도한다는 것은 진정한 거래로 인정할 수 없다고 결정했다.
W사의 유상증자 때 주주 이외의 제3자 배정으로 이 회사의 주식을 취득한 회사들 중 증권회사나 벤처투자회사 등이 포함된 점을 감안할 때, 3만 5000원이라는 유상증자 가격은 주식시장의 가격 가치가 반영된 것으로 본 것.
또 이는 2000년 3월과 10월 두차례에 걸쳐 신주를 3만5000원에 취득한 회사의 사례를 봤을 때 3개월 이내의 동일성 있는 주식의 거래에 해당하기 때문에 유상증자가격이 매매사례가격으로 보는 것이 타당하다고 결정했다.
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