법원 조정권고는 당초 법인세가 추징되는 과정에서 소득처분으로 부과된 소득세에 대해 감액경정 청구를 할 수 있는 '후발적 경정청구사유'에 해당되지 않는다는 조세심판원의 심판결정이 나왔다.
법인세 부과처분이 조정권고에 따라 감액경정된 것은 법원이 분쟁의 적정하고 신속한 해결을 위해 소송당사자에게 조정안을 권고하고 소송당사자가 이를 받아들인 것에 불과하다는 설명이다.
조세심판원은 "A주식회사의 실질적 대표자인 B씨가 '법인세가 감액경정된 비율만큼 소득세 부과처분의 감액경정은 정당한데, 국세청이 소득세에 대한 경정청구조차 거부한 것은 잘못됐다'는 취지로 심판청구를 제기, 심리결과 이를 기각했다"고 밝혔다.
국세청은 지난 2007년 9월부터 5달 가까이 경유·벙커유 등의 유류를 운송업체 등에 공급하는 A회사에 대한 법인세 조사를 실시, 이 회사가 2004년부터 2007년 4월 폐업할 때까지 5개 업체로부터 허위세금계산서를 수취한 사실을 찾아냈다.
국세청은 문제가 된 세금계산서에 대해선 A회사 매출에 대응하는 매출원가로 인정하지 않고 법인세를 추징하는 한편, B씨에 대해선 이를 상여로 소득처분한 뒤 소득금액변동통지를 했던 것.
A사는 이에 대해 "매출이 발생하기 위해서는 필연적으로 그에 상응하는 매입이 존재해야 하는데, 국세청이 필요경비에 대한 아무런 입증을 하지 않은 채 필요경비를 영으로 하여 법인세를 부과한 것은 위법하다"며 소송을 제기했다.
이에 대해 대법원은 "매출원가로 인정되지 않은 무자료 매입유량이 있다고 단정짓기 어려운 이상 유류매입비용이 실제로 지출됐다는 것은 A사가 입증해야 한다"며, "매입유량에 대한 부분을 다시 조사하여 판단하라"고 사건(2010두28076)을 고등법원에 다시 내려보냈다.
사건을 다시 처리해야 하는 고등법원은 유류의 매출에 대응하는 매출원가가 얼마인지 금액을 확정하기 어려웠고, 결국 법인세의 80%를 감액하고 나머지 20%의 부과처분만 유지하도록 조정권고 했다.
A사 법인세가 큰 폭으로 감액되자 이번엔 B씨가 나섰다. 법원 조정권고로 A사 법인세가 80%나 감액된 만큼, 법인세 추징결과에 따라 B씨에게 부과됐던 소득세 역시 80% 감액돼야 한다는 것이 B씨 주장.
국세청은 그러나 B씨의 감액 경정청구를 받아들이지 않았다.
이에 대해 심판원은 "조정권고에 의한 법인세의 감액경정은 법원이 분쟁의 적정·신속한 해결을 위해 소송당사자에게 조정안을 권고하고, 국세청이 B씨의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다"고 결정했다.
