지자체 중복 세무조사에 따른 우려를 잠식시키기 위해서는 격년제 등 체계적 이력관리방안이 필요하다는 정책제언이 제기됐다.
지방세 연구원이 발간한 ‘지방세의 효율적인 세원관리와 세무조사방안’ 보고서에 따르면, 중복조사를 방지하기 위해 국세청과 지자체간 세무조사 이력관리가 필요한 것으로 보고됐다.
전동흔 선임연구위원은 “국세청과 지자체간 세무조사이력을 통합관리해야 한다”며 “과도한 조사 집중을 피하기 위해 동일 법인에 대해선 격년제로 시행하되, 불가피하게 지자체와 국세청이 동일한 연도에 착수하게 될 경우에는 합동조사로 일원화해야 한다”고 전했다.
전 위원은 지방세 세무조사권 제한은 지방자치제도에 대한 명백한 위반이지만, 일개 법인이 집중적으로 조사받게 되면 납세협력비용 등 과도한 부담이 실리게 되므로 국세청과 지자체간 세무조사 이력 통합관리를 통해 일원화된 조사계획이 필요하다고 주장했다.
행정효율 측면에서 특정 법인, 동일 과세기간에 국세청과 지자체가 세무조사에 착수하게 될 경우 합동세무조사를 실시하고, 세무조사 결과를 서로 공유해 세무조사로 인한 과표 변동을 실시간으로 반영할 수 있어야 한다고 보았다.
특정법인에 대한 과도한 세무조사 집중을 피하려면, 국세청과 지자체가 MOU를 맺어 국세 세무조사를 받은 법인에 대해선 지자체 세무조사가 격년제로 시행하거나, 또는 지자체 세무조사를 받은 법인에 대해선 국세 세무조사를 회피하는 등의 방안이 필요하다고 보았다.
지방세 세무조사대상자선정과 지방세 납세자의 선실도 분석기법 개발 등 세무조사 투명성 제고 방안과 추상적인 지방세 관계법령 규정 개선 등 단단한 사전 세무조사 기반을 마련해야 한다는 제언도 이뤄졌다.
2013년 기준 국세 세무조사실적은 전체 법인수 53만8124개 중 1%인 5128개에 시행됐으나, 지방세 세무조사는 서울시 기준, 전체조사대상 10만5992개 중 10.8%에 달하는 1만1442개에 세무조사를 착수했다.
다만, 현장조사요원이 부족한 이유로 대다수가 서면세무조사에 그쳤고, 직접 세무조사는 561건에 불과했다. 2011년~2014년까지 조세심판원에서의 연평균 조세불복인용률도 28.2%에 달했다. 국세는 2009~2013년까지 국세 부문 연평균 조세불복인용률은 23.7%였다. 인용률이 높을수록 부실과세 정도가 높아진다.
전 선임위원은 “국세 세무조사가 전체 법인의 1% 정도라는 점을 감안할 때, 격년제 등 중복조사를 피함으로써 국세와 지방세간 양립성을 도모해야 한다”며 “부실 지자체 세무조사를 방지하기 위해 관련 법규의 명확화, 인사상 가점 등 지방세 조사요원의 역량을 높일 수 있는 유인책이 필요하다”고 전했다.
