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[김종관세무사] “조세불복 인용과 기각차이 알면 쉽다” <53>
[김종관세무사] “조세불복 인용과 기각차이 알면 쉽다” <53>
  • 日刊 NTN
  • 승인 2015.12.16 09:00
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“새로 설립된 법인 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산 가액보다 많은 경우 양도세 이월과세 적용 받아”
상속

납세자의 억울한 세금은 마땅히 되돌려 받아야 한다. 일단 과세당국에 의해 과세된 세금은 돌려받기가 어렵다.
제도상은 이의신청·심사청구·심판청구·행정소송 등 다양한 방법이 있으나, 납세자 입장에서 보면 그 절차가 까다롭고 복잡해 전문성이 없으면 안된다. 세무사·회계사·변호사를 찾아가 하소연을 한다해도 ‘정통 길라잡이’가 아니면 인용과 승소를 이끌어 내기는 힘겹다. 국세신문은 창간 26년을 맞아 인용률 99%란 경이적인 신기록을 세운 김종관 세무사에게 ‘비법의 공유’를 제안했다. ‘조세불복 인용과 기각차이 알면 쉽다’를 연재한다.  /편집자 주


❶ 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상인 경우에 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있다(부동산거래과리과-605, 2010.4.28.).

 

❷ 임대용(공실상태에 있는 경우 포함)으로 사용하던 부동산을 현물출자하여 법인(소비성 서비스업 영위법인 제외)으로 전환하는 경우 해당 부동산에 대하여는 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있다(부동산거래관리과-596, 2010.4.22.; 부동산거래관리과-443, 2010.3.22.).
 

■ 쟁점 : 부동산 임대사업자의 법인전환 과연 유리한가?

부동산 임대사업자의 경우에는 일반주식 양도시 20%세율을 적용하지 않고 기타자산(과점주주 주식 및 부동산과다보유법인 주식)으로 보아 소득세 누진세율(6~38%)을 적용하도록 되어 있어 절세효과도 유리하다고 볼 수 없으므로 임대수입금액 및 자산가치 등에 따라 절세효과여부를 검토하여야 할 것으로 판단됨.

 

5-2. 전환지주회사에 현물출자하거나 전환지주회사의 자기주식과 교환하는 경우 양도소득세가 과세이연되는 것임

❶ 거주자가 보유주식을 2012.12.31.까지 전환지주회사에 현물출자하거나 전환지주회사의 자기주식과 교환하는 경우 당해 보유주식을 현물출자 또는 교환함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세이연되는 것이다(재산세과-606, 2009.10.30.).


❷ 조세특례제한법 제38조의 2의 규정에 의한 과세특례는 내국인이 주식을 현물출자하여 지주회사를 새로이 설립하거나, 전환지주회사에 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환하는 경우에 한하여 과세특례를 적용하는 것이다(서이 46012-10725, 2001.12.11.).


❸ 기존 내국법인이 물적분할하여 C법인을 설립한 이후 자회사(B법인) 주식의 현물출자로 인하여 지주회사로 전환된 경우 자회사(B법인) 주식의 현물출자로 인하여 발생한 주식양도차액은 조세특례제한법 제38조의 2(주식의 현물출자 또는 교환·이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례) 제1항을 적용받을 수 있다(재산세과-42, 2009.8.27.).
 

5-3. 현물출자로 과세이연받은 주식을 일부 증여하는 경우 양도소득세 납세의무짐

현물출자로 과세이연 받은 주식을 일부 증여하는 경우 과세이연금액 중 증여주식에 상당하는 금액에 현물출자 당시의 세율을 곱하여 계산한 금액을 양도소득세로 납부하여야 한다(기획재정부 재산세제과-29, 2012.1.13.).
 

5-4 이월과세 양도가액은 법인전환일 당시 실지거래가액에 의하는 것임

이월과세를 적용함에 있어 그 사업용고정자산에 대한 양도가액은 법인전환일 당시의 소득세법 제96조 제1항의 규정에 의한 실지거래가액에 의하는 것이나, 실지거래가액이 불분명한 경우에는 소득세법 제89조 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의하여 아래의 순서대로 산정된 가액에 취득세, 등록세, 기타 부대비용을 가산한 금액으로 하는 것이다(부동산거래관리과-169, 2010.2.3.).

① 법인세법상 시가
② 법인세법상 감정가액(1개도 가능, 부동산거래관리과-0965, 2011.11.15.)
③ 상증법상 평가한 가액
 

[6] 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 이월과세규정이 적용되지 않는 경우

6-1.
공동사업을 영위하던 중 자기지분만을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 이월과세 규정이 적용되지 않음

공동사업을 영위하던 거주자 중 1인이 단독으로 자기지분만을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우에는 법인전환 이월과세규정이 적용되지 아니한다(재산세과-3294, 2008.10.15.).
 

6-2. 이월과세가 적용되는 신설법인이 다른 법인에 흡수합병됨에 따라 당해 신목장이 합병법인에 양도되는 경우 이월과세규정이 적용되지 않음

구조세감면규제법 제70조의 규정에 의하여 구목장의 토지 등에 대한 양도소득세 과세이연이 적용되는 신목장을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 법인전환 이월과세가 적용되나, 신목장을 현물출자받아 조세특례제한법 제32조의 규정에 의한 이월과세가 적용되는 신설법인이 다른 법인에 흡수합병됨에 따라 당해 신목장이 합병법인에 양도되는 경우 피합병법인이 이월과세 대상세액을 법인세로 납부하여야 한다(재산세과-3113, 2008.10.2.).
 

6-3. 임대하던 토지를 농업회사법인에  현물출자하는 경우 이월과세규정이 적용되지 않음

❶ 토지를 임대하다가 현물출자하는 경우에는 조세특례제한법 제68조 제3항의 농업회사법인에 대한 현물출자에 따른 이월과세가 적용되지 않는다(부동산거래관리과-395, 2010.3. 16.).

* 농업인으로서 2012.12.31. 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 의한 농업법인)에 현물출자함으로써 발생하는 소득은 양도소득세가 면제됨(조특법 §68 ②).
* 농업인으로서 2012.12.31. 이전에 농업회사법인에 작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있음(조특법 §68 ③).
* 농업인이란 농지·초지 또는 부동산이 소재하는 시·군·구, 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지 등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말하는 것임[조특령 §63(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ④].

❷ 농업인이 농지를 직접 경작하지 않고 임대하다가 농업회사법인에 대하여 현물출자 하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 없는 것이다(조특법 §68:농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등, 부동산거래관리과-395, 2010.3.16.).

1. 농업인이 농지 등을 영농조합법인에 현물출자하여 양도소득세를 면제받은 후 출자일로부터 3년 이내에 영농조합법인이 다른 영농조합법인에 흡수합병된 경우 같은법 제66조 제4항이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 하는 것이다(재산세과-879, 2009.11.27.).

2. 그러나 양도소득세를 면제받은 후 그 출자지분을 3년 내 종교재단에 증여하는 경우에는 양도소득세 추징규정이 적용되지 않는다(서면5팀-519, 2008.3.13.).

❸ 5년 이상 계속하여 가동한 공장을 새로운 공장으로 이전하기 위하여 토지 등을 양도하고 양도소득세를 과세이연받은 자가 신사업용 고정자산을 증여하는 경우에는 과세이연을 받은 양도소득세를 납부하여야 한다(조특법 §71:2001.12.29. 삭제, 서면4팀-2065, 2005.11.4.).
 

[7] 현물출자한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한까지 이월과세 적용신청서를 관할세무서장에게 제출한 경우에 한하여 이월과세 적용함

❶ 양도소득세 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한까지 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세 적용신청서를 납세지관할세무서장에게 제출한 경우에 한하여 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있다[재산세과-519, 2009.10.21.; 조특령 §29(법인전환에 대한 양도소득세 이월과세)].

 

❷ 주식의 현물출자에 따른 양도소득세 과세이연 규정은 당해 규정을 적용받고자 하는 거주자가 주식을 현물출자일 또는 자기주식교환일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 현물출자·자기주식교환명세서의 제출은 과세이연의 필수적 요건은 아니다(재재산-340, 2004.3.15.).

* 일부 임대 토지건물의 현물출자 법인전환시 양도소득세 이월과세를 적용받을 수 있음(부동산거래관리과-0590, 2011.7.13.)

 

 [8] 공동사업자간 지분의 변동이 있는 경우 양도소득세가 과세됨

거주자가 공동으로 토지를 매입하여 공동사업에 현물출자하는 경우 그 공동사업자간의 양도소득세 과세대상 자산의 지분의 변동이 있는 경우에는 양도소득세가 과세된다(재일 46014-4390, 1993.12.10.).
 

[9] 이월과세 적용 후 양수한 법인이 당해 사업용 고정자산을 양도하는 경우 양도소득산출세액상당액을 법인세로 납부하는 것임

❶ 이월과세를 적용받은 후 법인전환시 취득한 주식을 3~4년 뒤에 양도, 상속, 증여 등을 원인으로 소유권이 이전되는 것과는 관계없이 이를 양수한 법인이 당해 사업용 고정자산을 양도하는 경우 거주자가 종전사업용 고정자산을 동 법인(양수한 법인)에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득산출세액상당액을 법인세로 납부하는 것이다(서면4팀-2169, 2005.11.14.; 법인세과-1953, 2008.8.11.).


❷ 이월과세 대상자산 중 건물을 철거하고 신축한 경우에는 건물을 철거한 때에 건물에 대한 이월과세 세액을 법인세로 납부하는 것이다(서면5팀-245, 2006.9.26.).


❸ 양도소득세 이월과세를 적용받은 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도방법으로 법인으로 전환하면서 취득한 주식을 양도하는 경우에는 법인이 사업용 고정자산을 양도한 것으로 보지 아니하는 것이다(법규과-0866, 2009.3.9.).

 
[10] 이월과세 적용 후 법인전환으로 취득한 주식을 5년 이내 50% 이상을 2013.1.1. 이후 처분시 이월과세 받은 양도소득세를 납부하여야 함

 

[11] 이월공제세액은 개인사업자의 이월공제 기간 내에 전환법인이 이를 승계하여 공제받을 수 있는 것임

이월공제세액이 있는 개인사업자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업양수도방법으로 법인전환한 경우 당해 이월공제세액은 개인사업자의 이월공제기간 내에 전환법인이 이를 승계하여 공제받을 수 있는 것이다(제도 46012-10803, 2001.4.26.; 조특법 §144).
 

[12] 공동사업 탈퇴시 사업소득 및 양도소득세 과세방법

12-1.
공동사업 탈퇴하고 지분율 양도시 유상양도로 보아 분배비율에 따라 소득 금액을 구분계산하는 것임

❶ 공동사업에 있어서 과세기간 중 그 구성원이 탈퇴하면서 나머지 다른 공동사업자에게 자기지분을 양도하여 그 지분의 변동이 발생한 경우에는 변동시마다 공동사업자별 소득분배비율에 의거 당해 거주자별로 소득금액을 구분계산하는 것이다(서일 46011-10827, 2003.6.21.).

 

❷ 공동사업에 참여한 조합원이 공동사업을 탈퇴(제3자로 변경하는 경우 포함)함에 따라 자기지분(탈퇴자의 현물출자지분 및 출자 후 조합이 취득한 자산 중 탈퇴자의 지분을 말함)에 상당하는 대가를 잔여 또는 신규가입 조합원으로부터 받은 경우 그에 상당하는 지분이 사실상 유상으로 양도된 것으로 본다(재재산 46014-302, 1997.8.30.).

 

12-2. 공동사업 탈퇴시 조합의 현물자산으로 그대로 반환받은 경우에는 양도로 보지 아니함

자기지분을 조합의 현물자산으로 그대로 반환받아 분할등기하는 경우에는 양도로 보지 아니하는 것이다(부동산거래관리과-336, 2010.3.5.; 재산세제과-515, 2009.3.18.).
 

12-3. 공동사업자 중 1인이 탈퇴함에 따라 공동사업을 폐지하는 경우 재고자산을 공동사업장의 총수입금액에 산입함

❶ 공동사업자 중 1인이 공동사업을 탈퇴함으로 인하여 주택신축판매 공동사업을 폐지하는 경우에는 그 공동사업 폐지 당시 재고자산인 주택의 시가상당액을 당해 공동사업장의 총수입금액에 산입하여 사업소득금액을 계산한다(서면1팀-1113, 2005.9.23.).

❷ 공동사업자의 재고자산(미분양상가) 중 일부에 대해 자기지분을 이전함으로써 다른 공동사업자가 단독으로 소유함에 따라 공동사업장의 재고자산에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 단독소유자가 된 당해 재고자산 전체의 시가상당액을 당해 공동사업장의 총수입금액에 산입한다(법규과-4504, 2007.9.27.).


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