글 싣는 순서
1. 사실관계 및 판례동향
2. 법원 판례 분석
3. 차명주식 과세의 문제점

 조세불복 인용과 기각차이 알면 쉽다‘를 본지에 연재하고 있는 김종관 세무사(삼송세무법인 대표)가 고차원의 논지를 개발해 관심이 집중되고 있다. 김 세무사의 논지의 화두는 ‘세관장이 발행한 수입세금계산서를 국세청장이 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 공제하지 않을 수 있나?’이다. 쟁점법인은 반도체장비를 수입하면서 대부업자로부터 돈을 빌리기 위한 방법으로 대부업자에게 믿음을 주기위해 대부업자의 명의로 임대사업자 등록을 한 후 세관장으로부터 수입세금계산서를 교부받으면서 ‘공급 받는자’란에는 실질적 수입자(화주) 대부업자가 아닌 쟁점법인(S기업)으로 기재해 매입세공제를 받았다. 국세청은 관세를 포탈하기 위한 행위로 보고 불공제 처분을 내렸다. 이에 김 세무사는 과세당국의 불합리한 해석으로 인하여 선량한 납세자의 권리가 침해당했다고 판단, 새로운 논지 6가지를 개발해 대응하고 있다. 어떤 내용이 담겨져 있는지 짚어본다. /편집자 주    

 ■문제점③ : 반도체 제조용에 사용된 쟁점물품에 대하여 관세포탈에 대한 입증책임은 피고에게 있음에도 단지 화주만 다르다고 하여 관세를 포탈한 것으로 볼 수 있는지
 ○ 세법 규정 및 판례동향
 ◆무조건 감면:외교용품(관세법 §88), 세율불균형물품(§89), 학술용역(§90), 장애인용품(§91), 정부용품(§92) 등
 *조건부 감면:특정물품면세(관세법 §93), 재수출면세(§97) 등
 *무조건감면은 일정한 조건에 따라 완전한 감면이 이루어지며 사후 조건의 변화에 따라 감면여부가 달라지지 않는 것이며, 조건감면은 감면해제조건을 붙여서 해제조건에 해당하는 사유 발생시 감면하였던 관세를 징수하게 됨
 ◆구 관세법 제89조 (세율불균형물품의 면세)
 ①세율불균형을 시정하기 위하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세관장이 지정하는 공장에서 다음 각호의 1의 물품을 제조 또는 수리하기 위하여 사용되는 부분품 및 원재료(수출한 후 외국에서 수리·가공되어 수입되는 부분품 및 원재료의 가공수리분을 포함한다)중 재정경제부령이 정하는 물품에 대하여는 그 관세를 감면할 수 있다.
 1. 항공기(부분품을 포함한다)
 2. 반도체 제조용 장비(부속기기를 포함한다)
 ◆구 관세법 제83조【용도세율의 적용】
 * 용도세율:하나의 물품이라도 그 물품의 용도에 따라 세율이 다른 경우가 있는데, 용도에 따라 달리하는 세율 중 낮은세율을 용도세율이라 함
 ① 별표 관세율표나 제50조제4항·제65조·제67조의2·제68조·제70조 내지 제73조 및 제76조의 규정에 의한 대통령령 또는 재정경제부령에서 용도에 따라 세율을 다르게 정하는 물품을 세율이 낮은 용도에 사용하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 세관장의 승인을 얻어야 한다. 다만, 물품의 성질과 형태가 그 용도외의 다른 용도에 사용할 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.<개정 2002.12.18>
 ② 제1항의 규정에 의하여 낮은 세율(이하 “용도세율"이라 한다)이 적용된 물품은 그 수입신고의 수리일부터 3년의 범위내에서 대통령령이 정하는 기준에 따라 관세청장이 정하는 기간내에는 당해 용도외의 다른 용도에 사용하거나 양도할 수 없다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 그러하지 아니하다.
 1. 대통령령이 정하는 바에 의하여 미리 세관장의 승인을 얻은 경우
 2. 제1항 단서에 해당하는 경우
 ☞ 물품의 성질과 형태가 그 용도외의 다른 용도에 사용할 수 없는 경우(반도체 제조용 장비)에는 다른 용도에 사용하거나 양도하여도 감면을 적용받을 수 있음
 *반도체제조용 물품은 용도세율(사후관리)을 적용하지 않고 무조건 WTO 양허세율 0%를 적용하는 것임(국심2006관0005, 2006.10.20.)

 피고 및 1·2심은 임대 목적으로 수입하면 관세가 면제되지 않고 제조자가 수입하면 관세가 면제된다는 점을 이용하여 관세 포탈을 시도하기 위한 것이므로 사실과 다른 세금계산서라고 주장하나,
 ○ 쟁점반도체 제조용 장비는 세율불균형물품의 면세인 무조건 감면에 해당되며, 세관장의 100% 감면승인을 받아 수입하였다면, 관세를 포탈한 것으로 볼 수 없음에도 단순히 임대업체가 수입하였다고 하여 관세를 회피한 것으로 볼 수 없는 것임
 - 관세감면제도는 특정물품이 “특정의 목적에 사용하기 위하여” 수입되는 경우에 관세부담을 감면해 주는 제도로서, 관세감면의 혜택을 받기 위하여 관세감면대상자(실수요자, 장애인물품 등)가 반드시 특정물품을 직접 수입하여야 하는 것이 아니라 제3자가 수입하여도 당해 수입물품이 관세감면대상자(실수요자, 장애인물품 등)가 사용하도록 납품될 것이 확인된다면 관세감면(무조건 감면, 조건 감면)은 허용되는 것이므로 반드시 화주만 수입하여야 감면되는 것은 아니며,(출처 김기인저 한국관세무역연구원 발행 한국관세법 기초이론과 실무)
 - 구 관세법 제83조 제1항 단서에 의하면, 용도세율(WTO 양허세율 0%, 기본세율 8% 중 낮은 세율 0%)을 적용받기 위하여 세관장의 승인을 얻어야 하나, 물품의 실질과 형태가 용도외의 다른 용도에 사용할 수 없는 반도체제조용에 사용하는 물품에 대하여는 다른 용도에 사용하거나 양도하여도 감면을 적용받을 수 있도록 규정되어 있으므로,
 전용가능성이 낮은 쟁점반도체 제조용 장비의 경우에는 세율불균형물품인 면세(구 관세법 89조)에 해당되어 무조건 감면에 해당되어 용도세율(사후관리)을 적용하지 않고 WTO 양허세율 0%를 적용하는 것이지, 수입자가 임대업자나 제조업자에 따라 관세율이 달리지는 것도 아님(국심2006관0005, 2006.10.20.)
 ○ 따라서 전용가능성이 낮은 쟁점반도체 제조용 장비의 경우에는 무조건감면에 해당되어 용도세율(사후관리)을 적용하지 않고 WTO 양허세율 0%를 적용하는 것이지, 수입자가 제조업자인지 임대업자인지에 따라 관세율이 달리지는 것이 아니므로,
 원고는 전용가능성이 없는 쟁점반도체 제조용 장비를 세관장으로부터 용도세율 0%를 적용받아 감면 받은 후 사후관리기간 동안 관세를 추징한 사실도 없음에도 단순하게 세관장으로부터 수입세금계산서를 화주가 아닌 임차자인 원고가 교부받았다는 사정만으로 관세법상 관세를 회피한 것으로 볼 수 없는 것임
 또한, 관세포탈 여부는 관세청장이 판단하여야 하므로 관세청에 통보하면 되는 것이지, 권한이 없는 피고가 관세포탈여부를 판단하는 것은 과세권을 남용한 것이면서,
 문제점③에서 보듯이 세관장이 관세를 포탈한 경우까지 추가 부과할 관세 등을 납부한 후 수정수입세금계산서를 교부받아 매입세액으로 공제받으면 되는 것이므로, 결국 세관장이 수정수입세금계산서를 발행하지 않는 한 당초 발행한 수입세금계산서에 의하여 매입세액으로 공제받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없는 것임         
 ■문제점 ④ : 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 관세 등과 함께 부가치세를 산출하는 과세구조이므로 수입재화에 대한 징수·경정·부과고지·수입세금계산서 및 포탈한 금액까지 수정수입세금계산서 교부하여 매입세액으로 공제받도록 하는 등 모든 권한은 모두 세관장에게 있음에도 국가기관인 세관장이 부과·징수하고 발행한 세금계산서에 대하여 세무서장이 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부
 ○ 세법 규정 및 판례동향
 ◆수입세금계산서 교부:세관장은 수입되는 재화에 대하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.(구 부법 §16③)
  *세금계산서는 법 §16①의 규정을 준용하여 관세청장이 정하는 바에 의한다(구 부령§56)
 ◆수입세금계산서 수정교부:관세청고시 제2006- 13호(2006.2.13.) 제3조
 ③ 세관장은 제2항에 따른 신청을 받으면 다음 각 호의 방법으로 수정수입세금계산서를 교부할 수 있다.
 1. 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 추가되는 금액은 정(+)의 세금계산서를 교부하고, 차감되는 금액은 부(-)의 세금계산서를 교부한다.
 2. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 기재된 경우에는 당초 작성일자로 공급가액과 세액 앞에 각각 부(-)표시한 수입세금계산서와 기재사항을 정정한 수정수입세금계산서를 함께 교부한다.
 ◆수입세금계산서 교부요령 : 관세청고시 제87-459호(1987,3.6.)
 ② 세관장이 부가가치세를 징수한 수입재화가 관세법 제106조 규정에 의한 계약내용과 상이한 물품이거나, 동법 제46조 규정에 의한 과오납한 수입재화에 해당하여 징수한 부가가치세를 환급하는 경우에는 수정수입세금계산서를 수입자에게 교부하고 이를 관할 세무서장에게 제츨하여야 한다.
 ◆수정수입세금계산서 발급제도 개선(부법 §35):2013.7.26. 개정

  *개정이유:수입자가 허위신고에 따른 부가세 추징액을 부가세 매입세액으로 공제받지 못하도록 제한
 ◆구 부가가치세법 시행령 제71조【재화의 수입에 대한 징수】
②세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 「관세법」 제106조에 규정하는 위약물품에 해당하는 경우에는 관할세관장은 부가가치세를 지체없이 환급하여야 한다. 이 경우 세관장은 수정수입세금계산서를 수입자에게 교부하고, 법 제20조의 규정에 의하여 이를 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
 ③세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 「관세법」 제38조제5항 및 동법 제46조의 규정에 의하여 과오납부한 수입재화에 해당하는 경우에는 관할세관장은 부가가치세를 지체없이 징수 또는 환급한다. 이 경우 세관장은 수정수입세금계산서를 수입자에게 교부하고, 법 제20조의 규정에 의하여 이를 관할세무서장에게 제출하여야 한다

 ○ 피고 및 1·2심은 부가가치세 경정처분을 함에 있어서 부과절차와 징수절차가 엄연히 다른 단계이므로 피고가 과세한 것이 정당하다고 주장하나
 ○ 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 관세 등과 함께 부가치세를 산출하는 과세구조로 부과·징수·환급, 수입세금계산서·수정세금계산서 교부와 관련된 부과절차와 징수절차 등 모든 권한이 세관장에게 있으므로 세금계산서에 대한 매입세액 불공제여부의 판단 권한도 세관장에게 있지 원고에게 있는 것이 아님
 - 구 부가가치세법 제23조 제3항에 의하면, 재화의 수입에 대한 부가가치세는 세관장이 관세징수의 예에 의하여 징수하도록 규정되어 있으면서, 부가가치세령 제71조에  관세법 제38조의 결정·경정 및 제39조의 부과고지 규정 등을 준용하도록 되어 있어 수입재화에 대한 수입세금계산서 교부, 수정수입세금계산서 교부와 관련된 부과절차와 징수절차 등 모든 권한은 세관장에게 있으므로 피고가 매입세액 불공제여부를 판단할 것이 아니라 세관장이 판단하여 수정수입세금계산서를 발행하여 국세청장에게 통보하면 그에 따라 피고는 수정신고여부를 확인한 후 신고하지 않은 경우에만 과세여부를 판단하면 되는 것임

 ◆수입재화에 경우에는 부가가치세의 과세권한을 세관장에게 위임하여야 하는 사유
세관장이 관세의 과세가격에 + 관세 + 개별소비세 + 주세 + 교육세 + 교통·에너지·환경세 + 농어촌특별세의 합계액의 부가가치세율 10%를 부가가치세로 과세(부법§13④)하도록 되어 있으므로 피고(세무서장)가 과세할 수 없고 세관장이 관세 등과 함께 부가치세를 산출하는 과세구조이므로 수입재화에 경우에는 부가가치세 경정 및 부과고지 과세권한을 세관장에게 위임할 수밖에 없을 뿐만 아니라 관세 등과 함께 산출되어 납부한 부가가치세에 대하여는 세관장이 수입자에게 수입세금계산서를 발급하여 매입세액을 공제받도록 되어 있으며, 설령 납세의무자 변경 및 관세를 포탈한 경우에도 과세기간에 관계없이 실질적으로 납부한 금액만큼 수정수입세금계산서를 발행하여 매입세액으로 공제받도록 한 것은 수입자가 납부한 금액만큼은 수정수입세금계산서를 발급하지 않은 이상 당초 납부된 금액만큼 발급한 수입세금계산서는 정당한 세금계산서로 보아 매입세액을 공제받을 수 있는 것임, 즉 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다는 것을 반증하는 것임

 또한, 수정수입세금계산서 발급제도 개선에서 보듯이 설령 납세의무자 등이 다르게 허위신고 하였다 하더라도 법 개정 이전에는 관세포탈 등 허위로 신고한 경우에도 매입세액으로 공제하도록 되어 있으므로 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없는 것임
 - 수정수입세금계산서 발급제도 개선(부가법 §35, 2013.7.26. 개정)에서 보듯이 법  개정 이후부터는 허위신고(관세포탈)에 따라 세관장이 부가가치세를 추징하는 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 없도록 하여 부가가치세 매입세액으로 공제받지 못하도록 개정한 것이므로, 법 개정 이전에는 관세청 고시에 의하여 허위신고(관세포탈) 등도 매입세액으로 공제가 가능하다는 것을 반증하는 것이며,
 - 설령, 원고가 납세의무자 등을 잘못 신고하여 세관장이 잘못 발행한 경우에도 구 부가가치세법 시행령 제71조 제2항 및 제3항에서 세관장으로부터 부가가치세를 징수당한 수입재화가 위약물품 또는 조사 등에 의하여 납세의무자가 변경되어 과오납부된 부가가치세에 대하여 수입자에게 세관장이 환급 함과 동시에 관세 등을 포탈하여 추가 납부한 세액에 대하여도 수정수입세금계산서를 교부하여 신고기한이 경과한 경우까지 매입세액으로 공제받도록 되어 있다는 것은 결과적으로 수입자가 불입한 만큼 매입세액으로 공제받던지, 세관장이 과오납금을 환급해주고 매입세액으로 불공제하면 되는 것이므로, 원고가 불입하고 매입세액으로 공제받았으므로 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다는 것을 반증하는 것임
 - 재화의 수입과 관련된 모든 권한이 있는 세관장이 발행한 수입세금계산서 등에 대하여 국세청장이 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 한다면, 국가기관이 성실발행의무를 위반한 것이면서, 통관하면서 납부하는 물품세로 세관장이 수정수입세금계산서를 교부하지 않는 한, 세관장이 당초 원고에게 교부한 수입세금계산서에 의하여 납부한 부가기치세액 만큼은 매입세액공제를 받으면 되는 것임.(즉, 물품세이자 간접세 이면서, 국가기관인 세관장이 자료상 행위를 한 것이나 다름없기 때문임)
 - 또한, 관세법 제38조의3(수정 및 경정) 및 제39조(부과고지)에서도 납세의무자가 다른 경우에는 이 규정에 포함되어 있지 않는다는 것은, 즉 관세를 포탈하여 징수한 경우에만 경정 및 부과고지를 하지, 관세포탈을 하지 않았더라면 굳이 납세의무자를 달리 기재하였다고 하여 통관하면서 추가 납부할 부가가치세 및 관세 등이 달라지는 것이 아니므로 국가기관인 세관장이 발급한 수입세금계산서를 국가기관이 피고가 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없는 것임 
 다만, 수입세금계산서상의 납세의무자를 착오로 잘못 기재한 것이 확인되어 본인들이 신고한 경우에는 수입세금계산서 교부에 관한 고시(2006.02.09. 관세청고시 제 2006-13호)에 의하여 당초 교부일자로 과세표준 및 세액 앞에 각각 (-)표시한 수입세금계산서(상계처리용)를 당초 납세의무자에게 교부하고 정정된 수입세금계산서를 실제 납세자에게 동시에 교부할 수 있도록 되어 있음(부가가치세과-3936, 2008.10.30.)

 ◆관세법 제38조의3 【수정 및 경정】 ☞ 납세의무자가 다른 경우 없음
 ③세관장은 납세의무자가 신고납부한 세액, 납세신고한 세액 또는 제2항의 규정에 의하여 경정청구한 세액을 심사한 결과 과부족이 있는 것을 안 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 세액을 경정하여야 한다.
 ◆관세법·제39조(부과고지) ☞ 납세의무자가 다른 경우 없음
 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제38조에도 불구하고 세관장이 관세를 부과·징수한다.
 1. 제16조제1호부터 제6호까지 및 제8호부터 제11호까지에 해당되어 관세를 징수하는 경우
 5. 제253조에 따라 즉시 반출한 물품을 같은 조 제3항의 기간 내에 수입신고를 하지 아니하여 관세를 징수하는 경우
 6. 그 밖에 제38조에 따른 납세신고가 부적당한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 경우
 ◆ 관세법·시행규칙 제9조 (부과고지 대상물품)
  법 제39조제1항제6호의 규정에 의하여 세관장이 관세를 부과고지하는 물품은 다음 각호와 같다.
 1. 여행자 또는 승무원의 휴대품 및 별송품
 2. 우편물(법 제258조제2항에 해당하는 것을 제외한다)
 3. 법령의 규정에 의하여 세관장이 관세를 부과ㆍ징수하는 물품
 4. 제1호 내지 제3호외에 납세신고가 부적당하다고 인정하여 관세청장이 지정하는 물품

 ○ 따라서, 재화의 수입에 대한 부가가치세에 관련된 징수, 결정, 경정, 부과고지, 과오납금 환급, 수입세금계산서 및 수정수입세금계산서 교부와 관련된 모든 권한도 세관장에게 있고, 수정수입세금계산서 발급제도 개선(부가법 §35, 2013.7.26. 개정)에서 보듯이 설령 납세의무자가 다르게 허위신고(관세포탈) 하였다 하더라도 법 개정 이전에는 허위신고(관세포탈)한  경우에도 매입세액으로 공제받도록 되어 있으면서,
 - 세관장이 관세포탈여부 등을 판단하여 과오납된 부가가치세를 추가 징수하거나 환급하여 주면서 ±수정세금계산서를 발행하여 관할세무서장에게 제출하도록 되어 있어 ±수정세금계산서에 따라 수입자가 불입(고지)한 만큼 매입세액으로 공제받던지, 환급 받은 대신 매입세액을 불공제하면 되는 것으로써
 - 수입세금계산서 발급에 대한 매입세액 불공제 여부도 피고가 판단할 것이 아니라 세관장으로부터 ±수정수입계산서를 통보받은 후 피고는 이에 따라 수입자가 제대로 신고하였는지 여부만 검토하여야 하는 것이므로
 - 세관장이 수정수입세금계산서를 발행하여 교부하지 않는 한 원고가 쟁점반도체장비를 수입하면서 불입한 부가가치세액 만큼 세관장으로부터 교부받은 당초 수입세금계산서에 의하여 매입세액으로 공제받았으므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없는 것임
 문제점⑤ : 앞 문제점에서 보듯이 재화의 수입에 대한 부가가치세 등의 모든 권한은 세관장에게 있으면서 관세와 별개로 과세할 수 없는 구조 하에서 관세와 관련된 부가가치세의 부과제척기간을 적용함에 있어서 관세법 우선적용 규정을  배제하고 국세기본법에 의한 부과제척기간을 적용할 수 있는지
 ○ 세법 규정 및 판례동향
 ◆구 국세기본법 제3조【세법등과의 관계】
 ②「관세법」 및 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」에서 세관장이 부과·징수하는 국세에 관하여 이 법에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 동법이 정하는 바에 의한다.<신설 1984.8.7, 2006.12.30>
 □ 구 관세법 제4조(내국세등의 부과·징수)
 ①수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세·특별소비세·주세·교육세·교통세 및 농어촌특별세(이하 “내국세등"이라 하되, 내국세등의 가산금·가산세 및 체납처분비를 포함한다)의 부과·징수·환급·결손처분 등에 관하여 「국세기본법」·「국세징수법」·「부가가치세법」·「특별소비세법」·「주세법」·「교육세법」·「교통·에너지·환경세법」 및 「농어촌특별세법」의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 때에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다”<개정 2006.12.30>
 □ 구 관세법 제21조【관세부과의 제척기간】
 ① 관세는 당해 관세를 부과할 수 있는 날부터 2년이 지난 후에는 부과할 수 없다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 관세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 지난 후에는 이를 부과할 수 없다.
 1. 부정한 방법으로 관세를 포탈하였거나 환급받은 경우
 * 2014.1.1.이후에는 5년(부정한 방법 10년)으로 개정됨
 ◆ 구 관세법 시행령 제6조【관세부과 제척기간의 기산일】
 법 제21조제1항의 규정에 의한 관세부과의 제척기간을 산정함에 있어서는 수입신고한 날의 다음날을 관세를 부과할 수 있는 날로 한다. 다만, 다음 각호의 경우에는 해당 호에 규정된 날을 관세를 부과할 수 있는 날로 한다. <개정 2001.12.31>

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