중부지방국세청이 감사원으로부터 중소기업 조세특례 인정 사례가 부적정하다며 관내 3개 기업으로부터 42억원 가량의 법인세를 추징하라는 시정 조치를 받았다.
감사원이 4일 발표한 자료에 따르면 지난해 10월 26일부터 20일간 과세사각 방지를 위해 과세당국의 대응실태를 점검한 결과 중부지방국세청은 중소기업 조세특례를 잘못 인정해 분당세무서와 용인세무서 관내 3개 법인에 41억7650만원 상당의 법인세를 감면해준 것으로 밝혀졌다.
중부지방국세청은 2013년부터 국세청 본청이 시달한 ‘관계기업에 대한 조세특례 기획분석 계획’에 따라 관내 46개 기업에 대한 기획분석을 진행해 왔다. 2012년 1월 도입된 관계기업제도는 중소기업기본법 시행령 제3조에서 규정하고 있다.
관계기업이란 직전 사업연도 말의 자산총액 100억원 이상인 외부감사 대상기업이 다른 국내법인의 지분을 30% 이상 보유하면서 최다출자자인 경우 이를 지배함으로써 지배 또는 종속관계에 기업의 집단을 일컫는다.
관계기업제도는 관계기업의 출자비율에 따른 합산 매출액, 자기자본 등이 일정기준 초과시 중소기업에서 제외하는 제도다.
지난해 2월 개정 이전의 구 ‘조세특례제한법 시행령’ 제2조 제1항 및 제2항의 규정에 따르면 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 합산 자기자본 등이 같은 조 제1항 단서(자기자본 1천억 원 이상, 매출액 1천억 원 이상상시 근로자 수 1천 명 이상, 자산총액이 5천억 원 이상)에 해당되는 경우 중소기업으로 보지 않는다고 되어 있다.
또 같은 시행령 제2조 제4항 및 구 ‘조세특례제한법 시행규칙’ 제2조 제3항 및 제6항의 규정에 따르면 자기자본은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 하고, 자본금은 일반기업의 경우에는 재무상태표상의 자본금과 자기자본 중 큰 금액으로 하되, 외부감사 대상기업 등의 경우에는 재무상태표상의 자본금과 자본잉여금을 합한 금액으로 하도록 되어 있다.
중부지방국세청은 ‘연구 및 인력개발 등에 대한 조세특례’ 대상 46개 중소기업의 합산 자기자본 등에 대한 기획분석을 하고 그 결과를 처리하면서 경기도 성남시에 위치한 A주식회사가 2013년 4월 1일, 2012사업연도 중소기업 관련 연구·개발 세액공제액 등 20억원가량을 공제·감면 신청을 받았다.
중부청은 해당기업이 관계기업 간 합산 자기자본이 1천억 원을 초과해 중소기업 기준에 해당하지 않으므로 공제·감면 배제 결정을 하여야 하는데도 자기자본을 자본금과 혼동해 자본금이 1천억 원에 미달한다는 사유로 중소기업으로 보고, 공제·감면이 적정한 것으로 인정한 것으로 나타났다.
또한 중부청은 합산 자기자본이나 합산 매출액 등이 중소기업 기준에 해당하지 않는 B주식회사 등 3개 법인이 중소기업 관련 연구·개발 세액공제 등으로 총 34억9000만원 상당을 부당하게 공제·감면 신청하자 이를 그대로 인정해 법인세 41억7652만원(가산세 포함) 가량을 부족하게 징수한 것으로 나타났다.
감사원은 중부청에 대한 감사결과 중소기업 조세특례를 잘못 인정해 분당세무서와 용인세무서 관내 3개 법인에 41억7650만원 상당의 법인세를 부족하게 징수한 것을 징수하도록 하고 추후 중소기업 관련 세액 공제 및 감면을 부당하게 인정하는 사례가 발생하지 않도록 시정을 요구했다.
중부지방국세청은 이에 대해 별다른 이견을 제기하지 않고, A주식회사 등 3개 법인은 중소기업 기준을 초과한 일반법인에 해당하므로 중소기업 관련 세액공제를 배제해 경정고지 하겠다는 의견을 밝혔다.
하지만 중부청의 관계자에 따르면 이번 감사원의 시정조치로 연구개발세액공제와 중소기업특별세액감면을 받은 A주식회사는 가산금을 포함해 24억원가량의 법인세를 추징당하자 이에 불복하고 감사원 심사청구 등의 불복절차를 밟을 예정인 것으로 알려졌다.
