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국세심판원이 종합부동산세 부과 불복과 관련해 처음으로 납세자의 손을 들어줬다.

국세심판원은 종부세 신고납부 기한내 임대주택 합산배제 신청서를 제출못한 납세자에게 240만원의 종부세를 부과한 국세청 처분이 부당하다며 과세취소 결정을 내렸다.

국세심판원은 결정문에서 "세법상 '감면신청을 한 경우에 한해 감면규정을 적용한다'고 신청을 조세감면의 필수적 요건(신청감면)임을 명시한 경우에는 신청을 하지 않는 자에 대해서는 감면을 배제하는 것이 옳다"고 설명했다.

심판원은 "그러나 종부세법에서는 '임대주택에 대해 과세표준 합산배제 규정을 적용받고자 하는 자는 종부세 신고기한 내에 신청해야 한다'고만 규정돼 있는데 이럴 경우 감면신청은 납세자의 협력의무에 불과하다"면서 "다른 감면요건을 충족하고 있는 한 감면을 허용(당연감면)해야 하므로 신고기한 내 합산배제 신청을 하지 않았지만 종부세 부과는 잘못됐다"고 결정했다.

다음은 결정문 전문 (국심2006서 2235(2007.1.9))

▣주 문

○○○세무서장이 2006. 2. 5. 청구인에게 한 2005년도 종합부동산세 2,400,000원, 농어촌특별세 480,000원, 합계 2,880,000원의 부과처분은 이를 취소한다.


▣ 이 유

1. 처분개요

청구인은 2005. 6. 1. 현재 ○○○소재 다가구 주택 토지 351.7㎡, 건물 668.32㎡(4층 16가구 중 15가구 임대, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 소유하고 있으며, 쟁점주택에 대하여 2005. 12. 12.사업자등록을 하여 부동산임대업에 공하고 있다.

처분청은 청구인이 2005년도 종합부동산세를 신고瘼납부하지 아니하였다 하여 2006. 2. 5. 청구인에게 2005년도 종합부동산세 2,400,000원, 농어촌특별세 480,000원, 합계 2,880,000원을 결정고지하였다.

청구인은 2006. 2. 22. 처분청에 임대주택 합산배제 신청서를 제출한후 위 부과처분에 불복하여 2006. 4. 18. 이의신청을 거쳐 2006. 6. 20. 이 건 심판청구를 제기하였다.


2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택을 2002. 8. 13. 경매로 취득하여 2005. 12. 12. 부동산 임대업으로 사업자등록을 하고, 총 16가구 중 15가구에 대한 임대소득에 대하여 2005년 귀속 종합소득세를 신고瘼납부하였음에도 종합부동산세 신고기한내에 임대주택합산배제신청을 하지 아니하였다 하여 청구인에게 쟁점주택에 대한 종합부동산세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

다가구주택인 임대주택에 대하여 종합부동산세의 종합합산과세 배제규정을 적용하기 위하여는 납세의무자가 임대사업자등록을 한 후 종합부동산세 신고납부기한 내(2005. 12. 15)에 과세표준과 세액을 신고하고, 임대주택 합산배제신청을 하여야만 합산배제를 적용할 수 있는 것임에도 청구인은 종합부동산세 신고기한 내에 임대주택 합산배제 신청을 하지 아니하고 처분청이 2006. 2. 10. 이 건 종합부동산세를 결정고지한 후인 2006. 2. 22. 임대주택 합산배제신청서를 제출하였으므로 처분청의 당초처분은 정당하다.


3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 신고기한(2005. 12. 15)까지 쟁점주택에 대한 2005연도 종합부동산세를 신고하지 아니하여 처분청이 2006. 2. 5. 종합부동산세를 결정고지한 후 청구인이 2006. 2. 22. 임대주택 합산배제신청서를 제출한 경우 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 종합부동산세법 제16조【신고·납부】①종합부동산세의 납세의무자는 매년 납부하여야 할 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장(이하 "관할세무서장"이라 한다)에게 신고하여야 한다.

(2) 종합부동산세법 제17조【결정과 경정】①관할세무서장 또는 납세지 관할지방국세청장(이하 "관할지방국세청장"이라 한다)은 납세의무자가 제16조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 납세의무자의 당해연도의 과세표준과 세액을 결정한다.

(3) 종합부동산세법 제8조【과세표준】주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택분 재산세 과세표준을 합한 금액에서 4억 5천만원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

(4) 종합부동산세법 제7조 (납세의무자) ①과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택에 대한 재산세 과세표준을 합한 금액이 4억 5천만원을 초과하는 자는 당해 주택에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
②다음 각호의 주택은 제1항의 규정에 의한 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 임대주택법 제6조의 규정에 의하여 임대사업자가 임대사업용으로 등록한 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 감안하여 대통령령이 정하는 주택

(5) 종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】①법 제7조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 임대주택법 제6조의 규정에 의하여 등록한 임대사업자(이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다.
1. 임대주택법 제2조 제2호의 규정에 의한 건설임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택
(각목 생략 )
2. 임대주택법 제2조 제3호의 규정에 의한 매입임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우 그 주택
(각목 생략 )
3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택
(각목 생략 )
호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택의 수(數)는 같은 특별시·광역시 또는 도에 소재하는 주택별로 각각 합산하여 계산한다.
③제1항의 규정을 적용함에 있어서 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목의 규정에 의한 다가구주택은 지방세법 시행령 제140조의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다.

(6) 종합부동산세법 시행규칙 제3조 (다가구주택의 임대사업자등록요건) 영 제3조의 규정을 적용함에 있어서 동조 제3항의 규정에 의한 다가구주택을 임대하는 자로서 「임대주택법 시행령」 제6조 제1항의 규정에 의한 호수(戶數)에 미달하는 자가 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 당해 사업자등록을 한 날에 영 제3조 제1항 본문의 규정에 의한 임대사업자등록을 한 것으로 본다.

(7) 임대주택법 제6조 (임대사업자의 등록) ①대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.

(8) 임대주택법 시행령 제6조 (임대사업자의 범위 및 등록기준 등) ①법 제6조 제1항에서 "대통령령이 정하는 호수"라 함은 단독주택의 경우에는 2호, 공동주택의 경우에는 2세대를 말한다.
②법 제6조 제1항의 규정에 의하여 임대사업자로 등록할 수 있는 자는 다음 각호와 같다. 이 경우 2인이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동명의로 등록하여야 한다.
4. 임대를 목적으로 주택을 소유하고 있거나 이를 매입하기 위한 계약(분양계약을 포함한다)을 체결한 자

(9) 임대주택법 시행령 제7조 (임대사업자의 등록절차) ①법 제6조제1항의 규정에 의하여 임대사업자로 등록을 하고자 하는 자는 건설교통부령이 정하는 바에 따라 등록신청서를 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다.

(10) 임대주택법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
1. "임대주택"이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.
3. "매입임대주택"이라 함은 임대사업자가 매매등에 의하여 소유권을 취득하여 임대하는 주택을 말한다.
4. "임대사업자"라 함은 국가·지방자치단체·대한주택공사·지방공기업법 제49조의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 "지방공사"라 한다)·제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자 또는 제6조의 2의 규정에 의하여 설립된 임대주택조합을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점주택에 대한 2005년 귀속 종합부동산세를 2005. 12. 15.까지 신고瘼납부한 사실이 없다.

(2) 청구인은 쟁점주택을 임대사업에 공하는 것으로 처분청에 2005. 12. 12. 사업자등록을 하였고, 관할구청에 임대사업자등록을 신청하였으나 임대주택 세대수가 임대주택법 시행령 제6조 제1항에 규정하는 세대수에 미달한다 하여 등록신청을 거부당하였다고 주장한다.

(3) 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항에 임대주택법 제6조의 규정에 의하여 등록한 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택에 대하여는 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 규정하고, 동조 제5항에 “제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 종합부동산세 신고기한내에 관할세무서장에게 합산배제를 신청하여야 한다”고 규정하고 있다.

한편, 종합부동산세법 시행규칙 제3조에 “다가구주택을 임대하는 자로서 임대주택법 시행령 제6조 제1항의 규정에 의한 호수(戶數)에 미달하는 자가 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 경우에는 종합부동산세법시행령 제3조 제1항 본문의 규정에 의한 임대사업자등록을 한 것으로 본다”고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점주택 1호만을 임대하고 있어 임대주택법 제6조 및 동법 시행령 제6조의 규정에 의한 임대사업자 등록대상이 아니라 하더라도 청구인이 처분청에 소득세법 제168조의 규정에 따라 사업자등록을 한 이상 임대주택법령에 의한 임대사업자등록을 한 것으로 의제된다.

(4) 처분청은 청구인이 쟁점주택에 대하여 종합부동산세 신고기한 내에 임대주택 합산배제 신청서를 제출하지 아니하였다 하여 2006. 2. 5. 청구인에게 2005년도 종합부동산세를 결정고지하였고, 청구인은 처분청의 결정고지 후인 2006. 2. 22. 임대주택 합산배제 신청서를 제출하였음이 종합부동산세 결정결의서 및 임대주택 합산배제 신청서에 의하여 확인된다.

(5) 세법상 감면규정을 해석瘼적용함에 있어서 감면신청을 한 경우에 한하여 감면규정을 적용한다고 한 경우처럼 감면신청이 조세감면의 필수적 요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과한 것으로 보아 다른 감면요건을 충족하고 있는 한 감면을 허용(당연감면)하는 것○○○인바, 이 건 과세표준 합산배제 임대주택에 관하여 규정하고 있는 종합부동산세법시행령 제3조 제5항에서 임대주택에 대하여 과세표준 합산배제 규정을 적용받고자 하는 자는 종합부동산세 신고기한 내에 “관할세무서장에게 합산배제를 신청하여야 한다”고 한 규정내용으로 보아 이 건 임대주택 과세표준 합산배제신청이 합산배제의 필수적요건(신청감면)이라고 보기 어려우므로 동 신청을 종합부동산세 신고기한 내에 하지 아니하였다 하더라도 다른 합산배제요건을 충족하고 있는 이건의 경우 쟁점주택은 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상인 것으로 판단된다.

따라서, 처분청이 쟁점주택에 대하여 종합부동산세를 합산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이라 하겠다.


4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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