감사원이 25일 조세감면 운용실태 전문을 공개한 가운데 대구지방국세청이 최저한세 적용대상 연구·인력개발비 세액공제 부적정하게 정한 것으로 드러났다.
대구지방국세청은 중소기업이 아닌 내국법인이 조세특례제한법 제132조 제1항의 규정에 따라 산출한 각 사업연도 소득에 대한 법인세가 최저한세액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 연구·인력개발비 세액공제 등에 대해 감면을 배제하도록 일선세무서의 법인세 신고처리 업무를 지도·감독하고 있다.
감사원 감사 결과, 구미세무서 관내 ▷▷주식회사(대표이사 A, 경상북도 ▽시)는 2004사업연도부터 2011사업연도까지 최저한세 적용대상이 아니어서 납부할 법인세액이 있는 범위에서는 전액 공제가 가능했다.
하지만 같은 기간 공제할 수 있는 법인세액 등의 부족으로 공제받지 못한 ‘석·박사 관련 연구개발비 세액공제액’ 6,223,832,310원을 2012사업연도로 이월했다.
개정된 구 조특법(법률 제11133호) 제132조 및 부칙 제2조의 규정에 따르면 ‘석·박사 관련 연구개발비 세액공제액’은 2012. 1. 1. 이후 최초로 개시되는 사업연도부터는 최저한세 적용대상이 되는 것으로 변경된다.
국세청 질의회신(법인세과-52)에서도 이월되는 ‘석·박사 관련 연구개발비 세액공제액’은 개정된 규정에 따라 최저한세의 적용대상이 되는 것으로 해석했다.
이에 따라 해당 법인은 2012사업연도 이후부터는 이월된 ‘석·박사 관련 연구개발비 세액공제액’에 대해 세액공제 적용 후의 세액이 최저한세액과 같거나 초과하는 경우에만 이를 공제할 수 있고, 세액공제 적용 후의 세액이 최저한세액에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액을 당해연도 공제대상에서 배제해야 한다.
그런데도 위 법인은 이월된 ‘석·박사 관련 연구개발비 세액공제액’에 대해 2012사업연도부터 2015사업연도까지 최저한세 적용대상으로 보지 않고 납부할 법인세액이 있는 범위에서 전액 공제해 2012사업연도 142,406,090원, 2013사업연도 1,536,777,340원, 2014사업연도 2,956,583,420원, 2015사업연도1,588,065,460원, 계 6,223,832,310원의 법인세를 과소 신고·납부한 것이다.
국세청은 기존의 국세청 질의회신(법인세과-52)에 따라 과세할 경우 소급과세금지원칙에위배될 가능성이 없다고 단정할 수 없으므로 기획재정부에 세법해석을 요청해 그 결과에 따라 과세 여부를 결정하겠다는 의견을 제시했다.
그러나 이월된 세액공제는 다음 연도 이후에 법인세가 축소될 것이라는 납세자의 기대에 불과하고 각 사업연도의 법인세 납세의무는 과세연도 종료 시점의 세법 규정에 따라 산출된 금액에 대해 성립하는 것으로 보아야 하며 이월된 세액공제액이 최저한세 적용대상이 되는지 여부는 그 과세연도에 적용되는 최저한세 적용규정에 따라 결정되어야 한다는 것이 대법원 판례, 기획재정부 및 국세청 질의회신의 일관된 취지다.
감사원은 기획재정부가 이 건과 관련해 2017. 9. 14. 위 법인의 이월 ‘석·박사 관련 연구개발비 세액공제액’은 개정된 조특법 제132조에 의한 최저한세 적용대상이라는의견을 제시했다고 설명했다.
이에 따라 감사원은 대구지방국세청장이 구미세무서장에게 ｢법인세법｣ 제66조의 규정에 따라 ▷▷주식회사에 대해 부족 징수된 법인세 7,981,697,810원(가산세 1,757,865,500원 포함)을 징수결정 하도록 권고했다.
