감사원은 성동세무서가 창고시설 안전설비투자 세액공제를 부적정하게 운용했다고 지적했다.
감사원이 공개한 조세감면제도 운용실태 전문에 따르면 중부지방국세청은 법인세 사무처리규정 제102조와 제103조의 규정에 따라 고용창출투자세액공제를적용한 법인에 대해 위 세액공제가 적정한지 여부에 대한 사후관리 업무를 하고 있다.
조세특례제한법 제26조 제1항 및 제6항의 규정에 따라 내국인이 사업용자산을 새로 취득해 해당 사업에 사용하기 위해 수도권과밀억제권역30) 외의 지역에 투자하는 경우 고용창출투자세액공제를 적용할 수 있다.
그리고 위 세액공제를 적용한 자가 공제받은 과세연도 종료일로부터 2년 이내에 고용인원이 감소한 경우에는 공제받은 세액에 상당하는 금액을 납부하도록 돼 있다.
따라서 위 관서가 위 세액공제를 적용한 법인에 대해 사후관리를 할 때에는 해당 법인의 고용인원 감소 여부뿐만 아니라 수도권과밀억제권역내 사업장에 사업용 자산을 설치하고서 위 세액공제를 적용받았는지 여부에 대해서도 점검해야 한다.
그런데 중부청은 매년 위 세액공제에 대한 사후관리를 하면서 세액공제를 적용받은 업체의 고용인원 감소 여부에 대해서만 전산으로 검색할 뿐 사업용자산을 설치한 사업장 위치가 수도권과밀억제권역내에 소재하는지에 대해서는 점검하지 않았다.
감사원은 지난해 6월 26일부터 7월 21일까지 수도권과밀억제권역 내에서만 사업장을 운영하고 있으면서 고용창출투자 세액공제를 적용받은 법인이 있는지를 점검했다.
그 결과 인천광역시 남구에서 사업을 영위하고 있는 ◈◈주식회사는 수도권과밀억제권역 내에 있는 사업장에 사업용 자산을 설치하고서는 이에 대해 2014사업연도에 60,090,889원을 공제받는 등 수도권과밀억제권역 내 고용창출투자세액 부당 공제 법인 명세와 같이 6개 법인이 계 169,566,064원을 부당하게 공제받은 것으로 확인됐다.
문제는 ◈◈주식회사 등 6개 법인에 대해 법인세 계 211,318,310원(가산세 41,752,266원 포함)이 부족 징수된 것이다.
뿐만 아니라 위 법인 중 2개 법인(주식회사 ◬◬, ◈◈주식회사 )의 경우,위 관서가 2013년도와 2015년도에 위 세액공제에 대한 감면 사후관리 점검을 실시했음에도 사업장 위치(수도권과밀억제권역 내)를 확인하지 않아 부당 공제 사실을 확인하지 못했다.
감사원은 이에 대해 ◈◈주식회사 등 6개 법인이 수정 신고함에 따라 시정이 완료됐지만 향후 유사 사례 등 재발 방지를 위해 그 내용을 통보하오니 중부지방국세청장은 관련 업무에 참고하시기 바랍니다.
중부청은 감사결과를 받아들이면서 “앞으로 수도권과밀억제권역 내 사업장의 고용창출투자세액공제에대한 사후관리 업무를 철저히 하겠다”는 의견을 제시했다.
