A법인은 1996.9.2.부터 영묘 및 육림업을 영위하는 사업자로, 2003년 제2기 과세기간 중 B산업으로부터 공급가액 3676만원의 매입세금계산서 4매를 수취해 2003사업연도의 소득금액 계산시 손금에 산입해 법인세를 신고했다.
이에 대해 OO세무서장은 B산업에 대해 자료상 추적조사를 실시한 결과 실물거래 없이 세금계산서를 교부한 사실이 확인돼 자료상혐의자로 고발하고, 세금계산서를 처분청에 자료상거래확정 과세자료로 통보함에 따라 처분청은 실물거래 없이 발행한 가공세금계산서로 간주해 2003사업연도 소득금액 계산시 손금불산입해 2007.2.1. A법인에게 법인세 1606만4640원을 경정·고지했다. A법인은 이에 불복해 2007.4.5. 이의신청을 거쳐 2007.8.1. 심사청구를 신청했다.
이에 대해 국세청은 A법인이 쟁점세금계산서를 실거래하였다고 주장하는 거래처는 자료상 조사결과 사업장에서 사업을 영위한 사실이 없고, 실물거래 없이 세금계산서를 교부해 전부자료상으로 고발됐으며, A법인이 제시한 증거서류는 임의작성이 가능하고 실거래하였음을 입증할 만한 객관적인 자료의 제출로 볼 수 없으므로 쟁점금액을 손금불산입해 법인세를 부과처분한 당초 처분은 정당하다고 판단했다.
따라서 객관적인 증거서류의 제시가 없이 쟁점세금계산서를 실거래하였다는 청구주장은 받아들일 수 없으며, 그 결과 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 것으로 보아 쟁점금액을 소득금액계산시 손금불산입해 법인세를 경정·고지한 처분한 것은 정당하다고 회신했다.
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