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국세청에 따르면 쌀 직불금 신청자료 등을 첨부해 감면신청했으나 과세한 사례가 있다.

실제로 A는 8년 이상 쟁점토지 인근에서 집을 짓고 거주하면서 쟁점토지를 직접 경작했고, 이는 전화가입원부등록사항증명서, 주민등록초본, 건축물대장, 농지원부, 고정직불금신청현황표, 경작사실확인서 등에 의해 확인되므로 쟁점토지에 대한 양도소득세는 감면돼야 한다고 주장하며 국세심판원에 청구를 제기했다.

그러나 국세심판원은 청구인이 쟁점토지를 취득한 1982년경 농지소재지에 전입했으나 3회에 걸쳐 주민등록이 직권말소되는 등 실제로 청구인이 농지 소재지에 거주했는지 의심스럽고, 쟁점토지 소재지에 전입했던 1995년경부터 2003년경까지 주택신축판매업을 영위한 사실까지 있어 청구인이 8년 이상 거주하면서 쟁점토지를 직접 경작했다고 보기 어렵다고 판단했다.

따라서 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하지 아니한 동 과세처분은 정당하다는 것이 국세심판원의 판단이다.(국심2007중1241, 2007.11.7)

또다른 청구인B는 아들과 함께 직접 경작한 농지임이 논농업직불제 확인원, 농지경작사실 확인 회신공문, 농협의 조합원증명서, 인근농민의 경작사실 확인서 등에 의해 확인되고 있으므로 자경농지로 보아 감면돼야 한다고 주장했다.

그러나 쟁점토지 소재지의 마을이장은 1998년부터 이장직을 수행하면서 마을에 관해 상세히 알고 있으나, 청구인을 전혀 알지 못하며 쟁점토지를 청구인이 경작하였다는 사실을 부인하고 있었다.

또 쟁점토지의 이전 경작자는 1996년까지 경작했는데 청구인이 쟁점토지를 취득한 후에는 계속 휴경지로 있다가 그 후 신도시발표 시점에 수목을 심은 것으로 알고 있다고 진술하고 있으며, 쟁점토지를 관할하는 농협의 벼수매내역을 확인한 결과 청구인의 수매사실이 없는 점 등으로 보아 B가 자경하지 않았음이 명백하다는 점에서 양도소득세 과세처분은 정당하다는 판단을 받았다.(심사양도2007-110, 2007.12.28)

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