국세청은 재화나 용역을 공급하고 받는 수수료 등이 실질적으로 대가를 받는 정도가 아닌 경우에는 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 밝혔다.
국세청은 지방자치단체가 직영하는 학교급식지원센터의 부가가치세 면제 여부에 대해 이같이 회신했다.
질의를 낸 A시에서는 공익을 목적으로 학교급식에 지역 내 친환경 등 안전하고 우수한 식재료를 공급하고, 학교급식의 공공성과 투명성을 확보하기 위해 2018년 3월부터 군 직영 학교급식지원센터(이하 ‘센터’)를 설립·운영하고 있다.
이 센터는 사업자등록 상 업종에 도매·소매업을 추가하고 학교급식에 사용되는 식재료 전 품목을 학교를 대신해 공급업체와 계약 후 일괄 구입, 검수, 배송하는 사업을 추진하고 있다.
또 학교에 공급하는 데 소요되는 비용은 전체 물품대금의 5%의 수수료를 징수해 충당하고 있으며, 해당 수수료는 학교 식재료 공급에 소요되는 경비로 전액 집행하고 잔액을 남기지 않고 있다. 다만, 수수료 수입을 정확히 예측할 수 없어 부족 시 중도에 수수료를 인상하고 결산 후 잔액이 발생하면 학교별로 식재료비로 재배부 했다.
이에 대해 A시는 지방자치단체에서 설립한 ‘학교급식지원센터’에서 하는 급식자재 공급이 부가가치세법 제26조 제1항 제19호에 의한 면세사업인지, 부가가치세법 시행령 제46조 제3호에 의한 도매 및 소매업으로 과세사업인지 여부에 대해 물었다.
[부가, 서면-2018-부가-1209, 2018.05.04.]
<참고>
[서면-2015-부가-22233, 2016.02.29.]
지방자치단체가 「학교급식법」에 따라 학교급식지원센터를 설립하여 관내 학교를 대신하여 식재료 업체와 계약을 체결하고 식재료를 학교에 공급함에 있어 해당 센터의 운영비 중 일부는 물품대금에 가산하여 학교로부터 징수하고 나머지는 지방자치단체의 예산으로 충당하며 잔액발생시 학교에 식재료비로 재배부하는 경우 해당 지방자치단체는 「부가가치세법」 제2조 제3호 및 같은 법 제3조에 따른 사업자 및 납세의무자에 해당하지 아니하는 것입니다.
[기획재정부 부가가치세제과-411 , 2013.07.09.]
사업자가 부동산 임대차 계약을 체결하고 임차자에게 그 임대차 부동산과 관련한 관리비 등을 지원하면서 임대료를 받지 않거나 임대료를 받는 경우에도 그 임대료가 관리비 등의 지원금보다 적어 실질적으로 임대의 대가를 받는 정도가 아닌 임대차 계약을 체결한 경우에는 부가가치세법제7조 제3항에 따라 용역의 공급으로 볼 수 없으므로 부동산 임대업을 경영하는 것으로 보지 않음
[부가가치세과-952 , 2013.10.16.]
국가, 지방자치단체 등이 부동산임대업을 영위하기 위하여 건물을 개보수하면서 매입세금계산서를 수취하였으나, 임차자에게 그 임대차 부동산과 관련한 관리비 등을 지원하면서 임대료를 받지 않거나 임대료를 받는 경우에도 그 임대료가 관리비 등의 지원금보다 적어 실질적으로 임대의 대가를 받는 정도가 아닌 임대차 계약을 체결한 경우에는 용역의 공급으로 보지 않으므로 관련 매입세액은 공제받을 수 없는 것입니다.
