장기저당담보주택, 1세대 1주택 비과세 ‘거주기간’ 제한 없어

양도소득세 비과세·감면 (15)

제2장 유형별 비과세·감면, 과세특례

제1절 주택에 대한 비과세·감면제도

2. 1세대 2주택의 비과세 특례

사. 임대주택사업자의 거주주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례

4) 특례적용 신청

나) 임대주택사업자의 거주주택에 대한 특례적용신고서를 제출받은 납세지 관할 세무서장

「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통해 다음 각 호의 서류를 확인해야 하며, 신청인이 제1호의 서류 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 제출하도록 해야 한다.

① 주민등록표 등·초본

② 거주주택의 토지·건축물대장 및 토지·건물 등기부 등본

③ 장기임대주택의 등기부등본 또는 토지·건축물대장 등본

■관련예규 및 판례

아. 장기저당담보주택에 대한 1세대 1주택의 특례

1) 거주기간의 특례

국내에 1주택을 소유한 1세대가 다음의 요건을 갖춘 장기저당담보대출계약을 체결하고 장기저당담보로 제공된 주택(이하 “장기저당담보주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 1세대1주택 비과세 규정을 적용함에 있어 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 다만, 장기저당담보주택을 계약기간 만료 이전에 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

① 계약체결일 현재 주택을 담보로 제공한 가입자가 60세 이상일 것

② 장기저당담보 계약기간이 10년 이상으로서 만기시까지 매월·매분기별 또는 그 밖에 기획재정부령이 정하는 방법으로 대출금을 수령하는 조건일 것

③ 만기에 당해 주택을 처분하여 일시 상환하는 계약조건일 것

2) 합가시 특례

1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 자가 장기저당담보주택을 소유하고 있는 직계존속(배우자의 직계존속을 포함한다)을 동거봉양하기 위해 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우 먼저 양도하는 주택에 대해서는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하되, 장기저당담보주택은 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 다만, 장기저당담보주택을 계약기간 만료 이전에 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

① 납세자 제출서류

장기저당담보주택에 대한 특례적용 신고서를 예정신고 또는 확정신고 기한 내에 장기저당담보주택에 관한 대출계약서와 함께 제출해야 한다.

② 세무서 확인사항

납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통해 다음의 서류를 확인해야 한다.

ⅰ)장기저당담보주택 외의 다른 주택의 토지 및 건축물대장 등본

ⅱ)장기저당담보주택의 토지 및 건축물대장 등본

자. 장기가정어린이집에 대한 특례

1) 관련 규정

소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제8호의2에 따른 장기가정어린이집과 다음의 요건을 충족하고 해당 1주택(=거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 영유아보육법 제13조에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말하며, 이하 “직전거주주택”이라 함)이 있는 거주주택(=직전거주주택보유주택)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항을 적용한다(소득세법 시행령 §155⑳~ ·§154⑩, 2018.2.13. 신설).

① 거주주택:거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 소득세법 제168조에 따른 사업자등록 및 영유아보육법 제13조에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말함)이 2년 이상일 것

② 장기가정어린이집:양도일 현재 소득세법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것(5년 이상 사용 필요)

2) 운영기간 요건을 미충족한 경우

1세대가 장기가정어린이집의 운영기간 요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 가정어린이집을 장기가정어린이집으로 보아 소득세법 시행령 제155조 제20항을 적용한다. 이에 따라 비과세 특례를 적용받은 후에 운영기간 요건을 충족하지 못하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고·납부해야 한다. 이 경우 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다.

납부할 양도소득세 계산식 = 거주주택 양도 당시 해당 가정어린이집을 장기가정어린이집으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 – 거주주택 양도 당시 소득세법 시행령 제155조 제20항을 적용받아 납부한 세액

3) 운영기간 특례

「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 운영기간 요건을 충족하지 못하게 되는 때에는 해당 가정어린이집을 계속 운영하는 것으로 보며, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 사유가 있는 경우에는 가정어린이집을 운영하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

신청 및 확인절차·서류제출(장기임대주택과 다른 점은 영유아보육법 제13조에 따른 어린이집 인가의 인가증 제출이 필요함) 등은 장기임대주택과 유사하다.

3. 농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 특례(조특법 §99의4)

가. 과세특례 개요