공익법인은 말 그대로 ‘공익’을 위한 '법인'이다. 그런데 2019년 1월 국세청이 “올해 대기업 사주 일가의 계열 공익법인과 계열사를 동원한 탈세 행위 근절에 역량을 집중하기로 했다”며 한해 세무행정 기조를 천명했다. 사익을 위해 공익을 팔아먹은 일부 부자들 때문에 공익법인은 이름 값을 못하게 된 것이다. 이준오 국세청 법인납세국장은 <공익법인 세무안내>라는 책 머리에 “투명한 기부문화 정착과 공익사업 활성화를 위해 납세서비스와 세정지원을 지속 확대해 나가겠다”고 했다. 매우 절제된 표현이다. 우리가 연재하는 이유다. / 편집자 주
Ⅱ. 공익법인과 세금
2. 수익사업이 있는 공익법인의 법인세 신고·납부
다. 고유목적사업준비금 손금산입 [법법 §29]
다) 고유목적사업준비금의 환입
※익금산입 사유 [법법§29④,⑤,⑥]
① 해산한 경우(다만, 위와 같이 고유목적사업준비금을 승계한 경우 제외)
② 고유목적사업을 전부 폐지한 때
③ 법인으로 보는 단체가 국세기본법 제13조 제3항의 규정에 따라 승인 취소되거나 거주자로 변경된 때
④ 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때(5년 내 사용하지 아니한 잔액에 한함)
⑤ 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 잔액 중 일부를 감소시켜 익금계상한 경우(익금계상금액으로 한정하며, 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 익금으로 계상한 것으로 봄)
※이자상당가산액이 추징되는 경우 [법법§29⑦]
○고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리법인이 5년 내에 고유목적사업 등에 사용하지 아니하거나, 5년이 되기 전에 당해 준비금을 환입하는 경우에는 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부해야 함(위 익금산입 사유 중 ④와 ⑤의 경우에만 이자상당가산액 추징).
※이자상당가산액의 계산방법 [법인령§56⑦]
- 제1호:당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액
- 제2호:손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대해 1일 1만분의 3의 율
계산사례
○2013년 12월 31일에 종료하는 사업연도(법인세 과세표준 2억, 산출세액 2000만원)에 5000만원을 고유목적사업준비금을 계상했고, 2018년 12월 31일로 종료하는 사업연도까지 4000만원만 고유목적사업비로 지출한 경우 2018사업연도에 대한 법인세 신고 시 추가 납부해야 할 이자상당액은?
<계산> 미사용 고유목적사업준비금에 대한 이자상당액의 계산
① 미사용액 1000만원을 손금산입하지 않은 경우의 법인세액
(2억+1000만원) × 20%＊=22,000,000원
＊2013년 법인세율 10%(2억 초과~200억 이하:20%)
② 미사용액 1000만원을 손금산입한 경우의 당초 법인세액:20,000,000원
③ 법인세액의 차액
22,000,000-20,000,000=2,000,000원
④ 이자상당액 계산=2,000,000×
(365+365+366+365+365)×0.03%=1,095,600원
<결과> 2018사업연도 법인세 신고 시 1000만원 익금산입하고, 별도로 1,095,600원 추가 납부
■관련 예규 및 심판례 등
<고유목적사업준비금 설정대상·손금산입 여부>
◉ 산학협력단의 부설단체로서, 법인으로 보는 단체로 승인받아 해당 산학협력단과는 별개로 운영되는 창업보육센터는 고유목적사업준비금 손금산입 대상에 해당하지 아니함(법규법인2012-122, ’12.5.11.).
◉ 퇴직연금적립금에서 발생한 운용수익은 고유목적사업준비금 설정대상이 아님.
비영리 내국법인이 확정급여형 퇴직연금에 가입하고 퇴직연금운용사업자와 신탁 계약을 체결하여 퇴직연금적립금에서 발생한 운용수익은 고유목적사업준비금 설정대상 이자·배당소득에 해당하지 아니함(법인-983. ’10.10.26.).
◉ 개별교회에 대한 고유목적사업준비금 손금산입 가능 여부
법인세법 시행령 제36조 제1항 제1호 마목의 비영리법인 소속단체(약칭 ‘개별교회’)에 대한 고유목적사업준비금 손금산입은 2009.1.1.이후 개시하는 사업연도부터 적용됨(재법인-435, ’10.6.3.).
◉ 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받는 경우 고유목적사업준비금 손금산입 불가
비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대해 「법인세법」 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외함)을 적용받는 경우에는 「법인세법」 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 규정을 적용하지 아니하는 것으로, 귀 질의와 같이 의료업을 영위하는 비영리 내국법인이 「조세특례제한법」 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 아니하는 것임(법인세과-1317, ’09.11.27.).
◉ 의료업을 영위하는 비영리 내국법인이 결산 시 고유목적사업준비금을 설정하지 아니한 경우 경정청구를 통해 과소 계상한 준비금 상당액을 손금에 산입할 수 없음(서면2팀-477, ’05.3.31.).
◉ 법인으로 보는 단체로 승인받은 노동조합의 준비금 설정 가능 여부
법인으로 등기된 노동조합 외에 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 노동조합은 수익사업에서 발생한 소득금액을 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 계상할 수 없는 것이나, 이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업비로 지출하는 금액은 지정기부금으로 보아 각 사업연도 소득금액을 계산하는 것임(법인 46012-2063, ’00.10.7.).
<고유목적사업지출 해당 여부>
◉ 산학협력단이 수익사업에서 발생한 소득을 다른 산학협력단에 출연하는 경우 해당 출연금액은 「법인세법」 제29조에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출한 것으로 보는 것임(법규법인2013-82, ’13.3.27.).
◉ 교비회계로의 전출이 고유목적사업에 대한 지출에 해당하는지 여부
학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산 시 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 전출시점에서 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임(법인-616, ’11.8.25.).
◉ 비수익자산의 고유목적사업 사용 시 고유목적사업 지출 등에 해당여부
법인세법 제113조의 구분경리에 의하여 수익사업이 아닌 기타사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 지출 또는 사용하는 것은 같은 법 제29조 및 같은 법 시행령 제56조 제6항에 의한 고유목적사업의 지출 또는 사용으로 보지 않는 것임(재법인-31, ’11.1.14.).
◉ 의료법인이 직원 기숙사 등을 취득하기 위해 지출한 금액
비영리법인인 의료법인이 병원건물에 해당하지 아니하는 직원 기숙사 및 연수원을 취득하기 위해 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당되지 아니하는 것임(법인-1121, ’10.11.30.).
◉ 비영리법인 간 일부 자산 및 부채 출연 시 세무처리
의료법인이 운영하던 2개의 병원 중 1개 병원의 자산·부채를 사립학교법에 따른 사립학교법의 부속병원으로 포괄적으로 출연하는 경우 출연하는 병원과 관련된 고유목적사업준비금 및 의료발전준비금 잔액은 학교법인에 승계되지 아니함(법인-735, ’10.8.3.).
◉ 고유목적사업준비금을 예금으로 예치한 것은 준비금을 사용한 것이 아님.
사립학교 법인이 고정자산양도차익을 고유목적사업준비금에 적립 후 해당 금액을 수익용 기본재산인 예금으로 예치 시 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 없음(법규법인 2010-164, ’10.6.9.).
