공익법인은 말 그대로 ‘공익’을 위한 '법인'이다. 그런데 2019년 1월 국세청이 “올해 대기업 사주 일가의 계열 공익법인과 계열사를 동원한 탈세 행위 근절에 역량을 집중하기로 했다”며 한해 세무행정 기조를 천명했다. 사익을 위해 공익을 팔아먹은 일부 부자들 때문에 공익법인은 이름 값을 못하게 된 것이다. 이준오 국세청 법인납세국장은 <공익법인 세무안내>라는 책 머리에 “투명한 기부문화 정착과 공익사업 활성화를 위해 납세서비스와 세정지원을 지속 확대해 나가겠다”고 했다. 매우 절제된 표현이다. 우리가 연재하는 이유다. / 편집자 주
Ⅱ. 공익법인과 세금
4. 부가가치세법에 의한 지원
가. 재화 및 용역의 공급에 대한 부가가치세 면세
관련 예규 및 심판례 등
<공익법인 등이 공급하는 재화·용역의 부가가치세 면세 여부>
◉ 공익단체의 계속적 수익사업 [부통칙 26-45-2]
주무관청에 등록된 영 제45조에 따른 종교 등 공익단체의 경우에도 다음 예시하는 경우와 같이 계속적으로 운영·관리하는 수익사업과 관련하여 공급하는 재화 또는 용역에 대해서는 면세하지 아니한다.
1. 소유부동산의 임대 및 관리산업. 다만, 영 제45조 제3호에 해당하는 경우를 제외
2. 자체기금 조성을 위해 생활필수품·고철 등을 공급하는 사업
◉ 주무관청의 허가를 받아 설립된 사회복지법인이 주무관청에 장애인 직업재활시설로 신고된 장애인 보호사업장을 운영하면서 직업재활훈련 프로그램의 일환으로 실비로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 면세대상이다(서면-2015-법령해석 부가-0379, ’15.8.31.).
◉ 방사성폐기물을 관리하는 사업자가 제공하는 방사성폐기물 관리기금의 관리 및 운용용역은 부가가치세가 면제되는 금융용역에 해당하지 않는다(법규 부가 2013-556, ’14.3.14.).
◉ 주무관청의 인가를 받은 비영리법인이 그 고유목적사업을 위해 실비로 공급하는 경우 부가가치세가 면제된다(법규 부가 2014-68, ’14.3.7.).
◉ 비영리사단법인이 지방자치단체와 ‘도시디자인 기본계획 수립용역’ 계약을 체결한 후 현황 조사 및 분석, 과업방향 및 목표설정, 도시디자인 기본구상, 실행계획 수립 및 사업발굴 등 용역을 제공하고 그에 대한 대가를 받는 경우 해당 용역은 부가가치세가 면제되는 학술 또는 기술 연구용역에 해당하지 아니한다(법규 부가 2013-278, ’13.8.28.).
◉ 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자는 「부가가치세법」 제3조에 따라 부가가치세법상 납세의무자에게 해당한다(부가가치세과-683, ’13.7.26.).
◉ 경기도 중소기업 종합지원센터 설립 및 운영에 관한 조례에 따라 설립된 ‘경기중소기업종합지원센터’가 같은 조례 제6조 제1항에 따른 사업을 수행하고 수수료를 받는 경우가 그 고유의 사업목적을 위해 실비로 공급하는 용역에 해당하는 때에는 「부가가치세법」 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제된다(부가가치세과-1236, ’12.12.18.).
◉ 정부(고용노동부장관)에서 청소년과 어린이에게 다양한 직업세계에 대한 정보를 제공할 목적으로 설립한 공익법인이 그 고유의 사업목적으로 직업세계관, 체험관, 진로설계관을 운영하여 청소년 등에게 이용하게 하면서 그 운영원가에 상당하거나 미달하는 입장료·체험료를 받는 경우 면세대상이다(법규 부가 2012-355, ’12.9.28.).
◉ 공익법인에 해당하는 (재)한국○○○○이 2010년 2월 19일 여성부 용역사업인 ‘여성·아동폭력피해 중앙지원단 설치 및 행정지원’ 위탁사업을 조달청과 일반용역계약을 체결하고 여성부에 관련 용역을 제공하는 경우 면세되는 용역에 해당하지 아니한다(법규 부가 2010-101, ’10.04.21.).
◉ 공익단체가 고유목적을 위해 일시적·실비로 공급하는 경우 부가세 면제
민법 제32조에 따라 주무관청의 허가를 받아 설립된 사단법인이 그 고유목적사업인 학술대회를 개최하면서 학술, 전시, 후원광고, 부스임대에 대한 용역을 일시적으로 공급하거나 실비로 공급하는 경우에는 「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호 및 같은 법 시행령 제37조 제1호에 따라 부가가치세를 면제한다(법규 부가 2009-429, ’10.1.11.).
◉ 의료법에 의해 설립된 대한치과의사협회가 국민건강보험법에 따라 요양기관의 요양급여 비용 심사청구를 대행하는 용역을 제공한 경우 부가가치세가 면제된다(재부가-175, ’08.12.16.).
◉ 공익법인 소유의 체육시설(수영장, 헬스, 에어로빅 등)을 일반인에게도 이용하게 하고 받는 대가는 부가가치세 과세대상이다(국심 2005서3130, ’06.6.2.).
◉ 공익단체가 계속적으로 공급하는 수익사업관련 재화는 과세대상이다.
주무관청에 등록된 공익단체 등이 자체기금 등의 조성을 위해 계속적으로 공급하는 수익사업관련 재화는 부가가치세 과세대상이다(서면3팀-801, ’04.4.23.).
나. 재화수입에 대한 부가가치세 면세 [부법 §27 4호, 부령 §52]
○사원 기타 종교단체에 기증되는 물품으로서 관세가 면제되는 것
○자선 또는 구호의 목적으로 기증되는 급여품으로서 관세가 면제되는 것
○구호시설 및 사회복리시설에 기증되는 구호 또는 사회복리용에 직접 제공하는 물품으로서 관세가 면제되는 것
5. 출연자의 부담부 증여시 양도소득세·부가가치세 과세
가. 부담부 증여시 양도소득세 과세 [소법 §88 1호, 소령 §159]
출연자(개인)가 공익법인에게 채무인수 조건부로 양도소득세 과세대상 자산을 출연하는 경우 채무상당액만큼 유상으로 양도한 것으로 보아 출연자에게 양도소득세가 과세된다.
☞ 양도소득세 과세대상 자산:토지, 건물, 일정한 주식·출자지분, 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권 등 [소법 §94 ①]
나. 부담부 증여시 부가가치세 과세 [부법 §9 ①, 부법 §26 ① 20호)
부가가치세법상 사업자가 주무관청의 허가·인가를 받거나 주무관청에 등록된 공익법언에게 무상으로 재화·용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면세되나, 사업용 자산을 공익법인에게 채무인수 조건부로 출연하는 경우에는 부가가치세가 과세된다.
관련 예규 및 심판례 등
◉ 공익단체에 채무를 부담하는 조건으로 사업용 부동산을 증여하는 경우 해당 공익단체가 인수한 채무액 중 건물가액 상당액을 부가가치세 과세표준으로 하는 것(기획재정부 부가가치세제과-382, ’14.5.28.)
◉ 사업자가 부가가치세법 시행령 제39조 제1항에서 규정하는 공익단체인 의료법인에게 무상으로 공급하는 재화는 같은 법 제 12조 제1항 제19호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하나, 동 사업자의 채무를 당해 의료법인이 인수하는 조건으로 기부하는 경우 그 채무액에 상당하는 부분은 같은 법 제6조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것이다(부가-1197, ’12.11.30.).
◉ 출연받은 재산에 담보된 출연자의 채무를 공익법인 등이 인수하는 경우에 출연재산가액은 그 채무상당액을 차감한 가액이 되는 것이며, 차감한 채무상당액에 대해서는 출연자가 양도한 것으로 보아 출연자에게 양도소득세가 과세되는 것이다(재산-146, ’12.4.13.).
◉ 특수관계자에 해당하는 공익단체에 채무인수부 조건으로 출연한 부동산에 대해 시가를 부가가치세 과세표준으로 하여 과세한다(조심 2011중1817, ’11.11.22.).
