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조세불복사건 전문 김종관 세무사(삼송세무법인 대표, 상속·증여세 실무 및 불복과 부당행위계산부인 저자)는 국세신문 등에서 연재하고 있으며, 대기업 및 중소기업·세무사와 납세자들로부터 의뢰받아 법령해석으로 전개한 것을 사실관계로 전환하여 불복과정 및 조사진행 과정에서 받아들여진 사유 등 그동안의 노하우를 모두 공개함으로써 납세자 권익이 부당하게 침해받지 않도록 최근까지 인용된 사례를 중심으로 계속적으로 연재할 예정이라고 밝히고 있다.   /편집자 주

 

라. 법정기부금단체(전문모금기관, 한국학교) 지정신청 및 추천 방법[법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목]

나) 한국학교

① 주무관청장의 관인이 날인된 별지 제63호의2 서식의 기부금단체 추천서
*주무관청이 작성해 반드시 관인날인(관인날인 누락 시 추천서 반려 처리됨)

② 「재외국민 교육지원 등에 관한 법률」 제5조 제1항 및 제4항에 따른 교육부장관의 설립승인서 및 운영승인서

③ 기부금을 통한 사업계획서

④ 최근 3년간(’16~’18년) 결산서 및 해당 사업연도(’19년) 예산서 ☜2019년 신청 기준
•설립 후 3년이 안된 경우:제출이 가능한 사업연도의 결산서와 해당 사업연도 예산서를 제출하되, 향후 사업계획에 대한 세부설명 자료 제출

4) 추천방법

① 전문모금기관 및 한국학교(이하에서 “학교등”이라 한다)는 제출서류와 함께 주무관청에 법정기부금단체 추천 요청

② 주무관청은 관련서류를 검토한 후 매분기 마지막달 1개월 전*까지 추천서(제출서류 포함)**를 공문(전자문서)으로 기획재정부(법인세제과)로 제출

*매분기별 추천기한(2019년 기준):2월 28일, 5월 31일, 8월 31일, 11월 30일 ①법인은 제출서류와 함께 주무관청에 지정기부금단체 추천 요청

**모든 서류는 매분기별 추천기한까지 기한을 지켜 제출(예외 불인정)

→첨부문서 용량이 많을 경우는 등기우편으로 제출(이메일 제출 불인정)

(이메일로 첨부문서를 송부할 경우 대용량 첨부파일의 다운로드 기간이 설정되어 있어 지정요건 검토 시 상시적으로 열람이 불가능하기 때문임)

5) 지정기간

① 지정기간:지정일이 속하는 연도의 1.1.부터* 6년간

*연도 중에 지정을 받은 경우 해당연도 전체를 지정기간으로 인정

② 기부자에 대한 세제혜택

•법인:지출하는 기부금은 소득금액의 50% 한도 내에서 전액 손비인정

•개인:지출하는 기부금에 대해서는 소득금액의 100%(종교단체 10%)를 한도로 기부금의 15%(2000만원 초과분은 30%)를 세액공제단 사업자의 기부금은 한도 내 금액을 손비로만 인정*

*추계신고하는 연말정산 대상 사업소득자 등은 기부금 세액공제 가능

6) 의무이행 및 사후관리의무

가) 전문모금기관

㉮ 연간 기부금 모금액 및 그 활용 실적을 사업연도 종료일부터 3개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 기부금 모금액 및 활용실적 명세서에 따라 해당 학교 등 및 국세청의 인터넷 홈페이지에 각각 공개할 것

㉯ 해당 사업연도의 수익사업의 지출을 제외한 지출액의 100분의 80 이상을 직접 고유목적사업에 지출할 것

㉰ 지정 후 2년마다 의무의 이행 여부를 「법인세법 시행규칙」 별지 제63호의10 서식에 따라 사업연도 종료일로부터 3개월 이내(12월 말 결산법인의 경우 3월 말까지*) 주무관청에 제출
•1～4년차는 3년, 5년째 되는 해의 3.31., 5～6년차 실적은 7년째 되는 해의 3.31.까지 제출

㉱ 기부금 영수증을 발급하는 경우에는 「법인세법 시행규칙」 별지 제63호의3 서식(또는 「소득세법 시행규칙」 별지 제45호의2 서식)으로 발급

㉲ ㉱의 영수증을 발급하는 경우에는 기부자별 기부금 영수증 발급내역을 작성해 5년간 보관(법인기부자의 경우에는 「법인세법 시행규칙」 별지 제75호의2 서식, 개인기부자의 경우에는 「소득세법 시행규칙」 별지 제29호의7 서식(1))

㉳ 관할세무서장이 ㉱의 명세서를 요구하는 경우 이를 관할세무서장에게 제출

㉴ ㉱의 기부금 영수증 발급내역을 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할세무서장에게 제출(「법인세법 시행규칙」 별지 제75호의3 서식)

나) 주무관청:가)의 ㉯에 따라 제출*받은 자료의 점검결과(제출받지 못한 경우에는 그 미제출 사실)를 「법인세법 시행규칙」 별지 제63호의10 서식에 따라 1～4년차는 3년, 5년째 되는 해의 6.30., 5～6년차는 7년째 되는 해의 6.30.까지 국세청에 통보

•해당 기한까지 지정요건 충족 여부 및 의무의 이행 여부를 제출하지 아니한 법인에 대해서는 제출기한으로부터 2개월 이내에(12월 말 결산법인의 경우 5월 31일까지) 제출하도록 지체 없이 요구
 

<사례> 2014년 3월 31일에 법정기부금단체로 지정받은 법인의 경우
 

 

 

 

 

 

 

 

7) 법정기부금단체 지정취소 사유

① 학교 등이 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 및 제3항에 따라 기획재정부령으로 정하는 금액 이상의 상속세 또는 증여세를 추징당한 경우
☞ 지정기부금 단체와 동일함.

② 학교 등이 목적 외의 사업을 하거나 설립허가의 조건을 위반하는 등 공익목적을 위반한 사실, 지정요건 및 의무사항을 위반한 사실, 의무이행보고서 제출요구에도 불구하고 보고하지 아니한 사실이 있는 경우

③ 「국세기본법」 제85조의5에 따라 불성실기부금수령단체로 명단이 공개된 경우

•최근 2년 이내 상증세법상 의무 불이행으로 추징세액 1000만원 이상

•최근 3년간 기부자별 발급명세를 미작성·미보관

•최근 3년 이내 거짓영수증 5건 또는 5000만원 이상 발급

•당연지정기부금단체가 의무 이행사항을 위반*한 사실이 2회 이상 확인된 경우 <2019.1.1.부터 적용>

*기부금 모금 및 활용실적 공개, 선거운동 금지, 의무이행 보고서 제출의무 불이행 등

④ 법인의 대표자, 대리인, 사용인 또는 그 밖의 종업원이 「기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률」을 위반하여 같은 법 제16조에 따라 법인 또는 개인에게 징역 또는 벌금형이 확정된 경우

⑤ 학교 등이 해산한 경우

8) 재지정 배제 사유

•지정기간이 끝난 후에 그 법인의 지정기간 중 “7) 지정기부금단체 지정취소 사유”의 ②에 해당하는 사실이 있었음을 알게 된 경우에는 그 법인에 대해 재지정 배제

■지정기간(6년) 종료 후 재신청하는 경우

원칙적으로 『신규 신청』 절차와 동일(공문에 ‘재신청’ 표기) 지정기한 6년(지정연도 포함)이 종료된 후*재신청

*지정기간이 2018.12.31.까지인 경우에는 2019.1.1.이후 재지정 신청

①이미 지정기부금단체로 지정받은 비영리법인이 당해 법인의 명칭을 변경하는 경우에는 즉시 주무관청에 지정기부금단체 명칭변경 요청

② 명칭변경 요청을 받은 주무관청은 해당 법인이 명칭변경 후에도 지정요건을 충족한다고 판단되는 경우에는 매분기 마지막달 1개월 전까지*다음의 서류와 함께 공문(전자문서)으로 기획재정부(법인세제과)로 명칭변경 의뢰

*매분기별 접수기한(2019년 기준):2월 28일, 5월 31일, 8월 31일, 11월 30일

가. 개정 전·후 정관(신구 대비표 첨부, 이전 사업내용 동일여부 확인)

나. 법인등기부등본(말소사항 포함)

③ 기획재정부장관은 매분기 종료일까지 그 사실을 관보 및 홈페이지에 고시

9) 관련 서식

① 기부금단체 추천서:법인세법 시행규칙 [별지 제63호의2 서식]

② 기 부 금 영 수 증:법인세법 시행규칙 [별지 제63호의3 서식]

③ 연간 기부금 모금액 및 활용실적 명세서:법인세법 시행규칙 [별지 제63호의7 서식]

④ 총 지출금액 계산서:법인세법 시행규칙 [별지 제63호의8 서식]

⑤ 기부법인별 발급명세서:법인세법 시행규칙 [별지 제75호의2 서식]

⑥ 기부금영수증 발급명세:소득세법 시행규칙 [별지 제29호의7 서식(1)]

⑦ 기 부 금 영 수 증 발 급 명 세 서:법인세법 시행규칙 [별지 제75호의3 서식]

⑧ 법정기부금단체(전문모금기관) 요건충족 여부 등 점검결과 보고서:법인세법 시행규칙 [별지 제63호의11 서식]

⑨ 법정기부금단체(한국학교) 요건충족 여부 등 점검결과 보고서:법인세법 시행규칙 [별지 제63호의12 서식]

 

3. 공익법인의 납세의무 체계 요약하면 다음과 같다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

※고유목적사업:법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업

가. 공익법인에 출연한 경우 상속세 및 증여세법에 의한 지원

1) 상속세 과세가액 불산입 [상증법 §16 ①·②]

상속재산 중 피상속인이나 상속인이 공익법인 등에게 상속세 과세표준 신고기한 이내에 출연한 재산의 가액은 상속세과세가액에 산입하지 아니하나, 그 상속재산에서 생기는 이익이 상속인 및 그와 특수관계 있는 자에게 귀속되는 경우에는 그 가액에 대해 상속세를 추징한다.

가) 피상속인이 출연하는 경우

공익법인의 이사장 및 이사와 피상속인 또는 상속인과의 특수관계 여부에도 불구하고 출연재산에 대해 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

•자필증서, 녹음, 공정증서 등 적법한 방식을 갖춘 유언에 따라 하지 않은 장학재단의 설립에 따른 부동산의 출연은 상속세 과세가액에 포함된다(대법 2005두3271, ’05.6.23).

 

나) 상속인이 출연하는 경우<출연 시한:상속세 과세표준 신고기한 이내>

출연받은 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 되지 아니해야 하며, 이사의 선임 등 사업운용에 관한 중요사항을 결정할 권한이 없어야 한다. <상증령 §13 ②>