S2N38

조세불복사건 전문 김종관 세무사(삼송세무법인 대표, 상속·증여세 실무 및 불복과 부당행위계산부인 저자)는 국세신문 등에서 연재하고 있으며, 대기업 및 중소기업·세무사와 납세자들로부터 의뢰받아 법령해석으로 전개한 것을 사실관계로 전환하여 불복과정 및 조사진행 과정에서 받아들여진 사유 등 그동안의 노하우를 모두 공개함으로써 납세자 권익이 부당하게 침해받지 않도록 최근까지 인용된 사례를 중심으로 계속적으로 연재할 예정이라고 밝히고 있다.   /편집자 주

 

3. 공익법인의 납세의무 체계 요약하면 다음과 같다.

나. 수익사업이 있는 공익법인의 각종 신고의무

■상증칙 제10조의5(직접 고유목적사업에의 사용 등)

③ 사회복지법인 및 장학법인의 8000만원을 초과하여 지출한 인건비는 상증법상으로도 고유목적에 사용하지 않은 것으로 본다(상증령 제38조 2항 1호).

•과다 인건비 제한:고유목적사업 지출로 보지 않는다(법인령 §56 ⑪).:’12.1.1. 이후 적용

○다음의 법인이 임원·종업원에게 지급하는 총급여액 중 8000만원 초과분

*「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인(법법 제29조 1항 4호)

*해당 사업연도 근로기간 1년 미만:12개월로 환산〔총급여액을 근로기간 월수(1월 미만 1월)로 나눈 금액×12]

*사회복지법인(조특법 제74조 1항 2호) 및 장학법인이 해당 사업연도에 교육목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 80 이상의 금액을 장학금으로 지출한 법인(조특법 제74조 1항 8호)

•과다 인건비 제한 예외:주무관청으로부터 승인받은 경우(법령 제56조 11항 단서)

*개정 전:인건비 등은 고유목적사업에 지출한 것으로 간주하여 전액 손금산입했다.

•출연자와 특수관계자 인건비에 대해서는 과세관청에서 과세하고 있는 실정이다.

☜ 불복 등 대응 필요

③ 수익사업에서 지급한 임직원의 보수는 전액 인정해야 한다.

의료법인 및 학교법인의 경우처럼 수익사업에서 특수관계인인 직원에게 지급한 경우에는 가산세 대상에서 제외하고 있으므로 쟁점 장학재단은 직원 모두 수익사업에서 지급한 것으로 구분경리하고 있으면서 고유목적사업에서 인건비를 지급한 사실이 없으므로 가산세 대상 인건비도 아닌 것이다.

라) 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 신고 특례 <법법§62, 법령 §99②, 법규칙 §82②>

비영리법인은 원천징수된 이자소득(비영업 대금의 이익은 제외하고 투자신탁의 이익을 포함) 전액 또는 일부에 대해 법인세 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다.

따라서, 법인세 신고납부와 원천징수 방법 중 하나를 선택할 수 있으며 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대해서는 수정신고, 기한후신고 또는 경정 등으로 환급이 불가하므로 반드시 신고기한 신고해야 기납부한 원천징수된 이자소득세를 전액 환급받을 수 있다.

<신고서류>

① 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세 신고서(법규칙 별지 56호 서식)

② 고유목적사업준비금 조정명세서(법규칙 별지 27호 서식)(갑)(을)

③ 원천납부명세서(법규칙 별지 제13호 서식)

2) 토지 등 양도차익에 대한 법인세 신고<법법§52의2>

가) 수익사업<법법 §4③ 1호>을 영위하는 경우

법인세 과세표준에 포함해 신고<법법 §60 ①>하고,- 비사업용 토지 및 투기지역에 있는 부동산<주택 포함>에 대해서는 양도차익에 대해 세율 10%<미등기 40%>를 적용해 법인세 추가 납부해야 한다.

•각 사업연도 소득 = 익금 - 손금 = 양도가액 - 취득가액<세무상 장부가액>

나) 수익사업을 영위하지 아니하는 경우<(가) 또는 (나) 선택 적용 가능 >

(1) 소득세법 규정을 준용해 계산한 과세표준에 양도소득세의 세율을 적용해 계산한 금액을 법인세로 신고·납부하고<법법 §62의2>

☞ 법인세 각 사업연도의 소득금액계산 시 익금손금에 포함하지 않는다.

☞ 양도소득세 과세표준 예정신고서 제출

☞ 과세표준 = 양도가액 - 취득가액 - 자본적지출액 - 양도비 - 장기보유특별공제 - 양도소득기본공제

 

 

 

 

 

(가) 출연받은 날로부터 3년 이내에 양도하는 경우

① 1년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 경우:취득가액<세무상 장부가액>

② 앞 ①에 해당하지 않은 경우:취득가액<출연자가 취득한 가액>

(나) 세액의 신고 납부:예정신고 납부기한 <양도일이 속한 달(주식의 경우 양도일이 속한 분기)의 말일부터 2월 내>

비사업용 토지 및 투지지역에 있는 부동산<주택 포함>에 대해서는 양도차익에 대해 세율 10%<미등기 40%>를 적용해 법인세 추가 납부해야 한다. 다만, 소법§104 ④에 따른 가중세율을 적용하는 경우에는 적용하지 않는다

(2) 앞 (가)로 신고·납부한 경우라도 법인세법 제60조 1항에 따른 과세표준 신고 가능하다.

☞ 이 경우 예정신고 납부세액은 법인세 납부할 세액에서 공제(법인령 §99의2 ⑤)

 

3) 부가가치세법에 의한 지원[부법 §26 ① 18호, 부령 §45]

가) 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역<부령 §45 참고>에 대해서는 부가가치세를 면제<부법 §26① 18호>

•단, 계속적으로 운영관리하는 수익사업과 관련해 공급하는 경우에는 제외[부통칙 26－45-2]

① 소유부동산의 임대 및 관리산업. 다만, 문화재 및 종교단체의 경내지 및 경내지 안의 건물과 공장물의 임대에 대해서는 면세<부령 제45조의 3호>

② 자체기금 조성을 위해 생활필수품·고철 등을 공급하는 사업

나) 종교의식, 자선, 구호, 기타 공익을 목적으로 외국으로부터 종교단체·자선단체 또는 구호단체에 기증되는 재화의 수입<부령 §52 참고>은 부가가치세를 면제<부법 §27조 4호>

다) 국고보조 사업 등에 대한 공통 매입세액 안분계산방법 보완<부가령 제81조>

○과세사업과 면세사업 등(비과세사업 포함)을 겸영하는 경우 실지귀속을 구분할 수없는 공통매입세액 중 면세사업 등에 관련된 매입세액은 불공제

○면세사업 등에 관련된 매입세액 계산방법

☞ 공통매입세액 × <면세공급가액 등 / 총공급가액>

*총공급가액은 과세사업에 대한 공급가액과 면세공급가액 등의 합계액

*면세공급가액 등은 면세사업 등과 관련해 받았으나 공급가액에 포함되지 않는 국고보조금, 공공보조금 및 이와 유사한 금액을 포함<’18.2.13. 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용>

4) 출연자의 부담부 증여 시 양도소득세·부가가치세 과세

가) 부담부 증여 시 양도소득세 과세 [소법 §88 1호, 소령 §159]

출연자(개인)가 공익법인에게 채무인수 조건부<부담부 증여>로 양도소득세 과세대상 자산을 출연하는 경우 채무상당액만큼 유상으로 양도한 것으로 보아 출연자에게 양도소득세가 과세된다.

•양도소득세 과세대상 자산:토지, 건물, 일정한 주식 출자지분, 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권 등 [소법 §94 ①]

나) 부담부 증여 시 부가가치세 과세 [부법 §9 ①, 부법 §26 ① 20호]

부가가치세법상 사업자가 주무관청의 허가·인가를 받거나 주무관청에 등록된 공익법인에게 무상으로 재화·용역을 공급하는 경우에는 부가가치세가 면세되나, 사업용 자산을 공익법인에게 채무인수 조건부<부담부 증여>로 출연하는 경우에는 부가가치세가 과세된다.

다. 수익사업이 있는 경우 각종 신고의무 및 세금계산서 발행의무

1) 계속적이고 반복적으로 일어나는 수익사업을 하려면, 고유번호증을 반납하고 사업자등록을 신청해야 한다.<실비변상적 대가를 받은 경우 면세임>

•고유목적사업만 있는 경우 ⇀ 고유번호증 신청

개인으로 보는 단체<수익분배:소득세법 적용>:세금계산서 발행안됨. 매입세액 불공제

법인으로 보는 단체<분배불가:주무관청 등록, 법인세법 적용>:세금계산서 발행, 매입세액 공제

•수익사업이 있는 경우 ⇀ 사업자등록증 신청<부가가치세, 소득세, 법인세법 적용>

개인으로 보는 단체<수익분배:소득세법 적용>:세금계산서 발행 안됨, 매입세액 불공제

2) 구분 기장하여 부가가치세 및 법인세, 소득세를 신고·납부의무

•수익사업이 있는 경우 ⇀ 법인세법상 장부의 비치·기장의무<10년 보존, 법법 §112>

3) 세금계산서<계산서> 합계표 등 자료제출 의무

4) 매출·매입 세금계산서와 계산서 및 신용카드 등 적격증빙 수수의무

•전자계산서 발급 및 전송 의무화 적용대상임.

5) 수익사업이 없더라도 공단에 4대보험 신고의무 및 기타소득 등 원천세 국세청에 신고의무<반기, 매월 선택, 단기간 봉사활동자 기타소득으로 원천징수하고 자료 제출>

•일시적으로 강의를 하고 지급하는 경우<고문료 포함>:기타소득

•독립된 자격으로서 계속적·반복적으로 강의를 하고 지급하는 강사료<고문료 포함>:사업소득

•비영리법인에 고용되어 지급하는 급여:근로소득

6) 기부금영수증 발급명세서 작성 보관의무

•기부금영수증 발급내액의 작성·보관 의무<5년간 보관, 가산세 2%, 미보관 0.2%>:법법 §75의4,

라. 고유목적사업 직접사용에 대한 취득세 감면 <지방세특례제한법 §19 등>

1) 비영리법인의 취득에 대해 감면 및 그 추징사유는 다음과 같다.

① 정당한 사유없이 그 취득일로부터 3년<1년>이 경과할 때까지 해당용도<목적사업>로 직접 사용하지 아니한 경우<정당한 사유에 해당하면 추징하지 않는다>

② 해당용도<목적사업>로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우<2년 이상 사용하면 추징하지 않는다>
 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2) 지방세법상 목적사업에 직접사용이라 함은 비영리사업자가 구성원에게 사택이나 숙소를 제공하는 경우 그 구성원이 비영리사업자의 사업활동에 필요불가한 중추적인 지위에 있어 사택이나 숙소에 체류하는 것이 직무 수행의 성격도 겸비한다면, 목적사업에 직접사용되는 것으로 볼 수 있지만,

단지 구성원에 대한 편의를 도모하기 위한 것이거나 그곳에 체류하는 것이 직무 수행과 크게 관련되지 않는다면, 그 사택이나 숙소는 비영리사업자의 목적사업에 직접 사용되는 것으로 볼 수 없다.

<대법원 2009두4708, 2009.5.28., 대법원 2013두21953, 2014.3.13.>

•교회 경내지 내에 있는 성직자 및 관리직원의 주거용 사택은 종교용에 직접 사용으로 보아 취득세, 재산세 등이 비과세 대상(내무부 세정 13407- 863, 1996.7.24)

≒ 담임목사의 사택에 한하여 취득세 등이 비과세 되나(행자부 세정13407-815, 2000.6.26.)

≒ 경외부동산 부목사, 전도사의 사택은 종교목적의 직접사용이 아님.<대법원 1985누854, 1986.2.25.>

•교회가 주차장으로 사용하기 위해 취득한 인근 대지는 지방세법상 비과세 대상임.<대법원2008두1368, 2008.6.12.>

•의료법인이 간호사 등의 기숙사로 사용하고자 아파트를 취득해 사용하는 비과세 대상임.<대법원92누7351, 1992.9.22.>

≒ 17㎞나 떨어진 읍내에 위치한 직원숙소용 아파트의 경우까지 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당된다고 볼 수는 없다(행자부 심사2000-181, 2000.3.29.).

•학교법인 및 재단법인이 취득하는 학교기숙사는 위치가 학교구내 외 여부에 관계없이 취득세와 등록세가 비과세(내무부 도세13421-130, 1993.2.23.)

≒ 교원의 기숙사용 아파트를 취득하는 경우에는 비과세 대상에 해당되지 않는다(행자부 세정13407-115, 1999.1.27.).

•교육목적에 직접 사용되는 부분만 재산세가 면제되고 나머지 토지에 대해서는 재산세가 면제되지 않는다고 봄이 타당하다. <대법원 2018두58820, 2019.01.17.>

•학교법인이 그 소유 건물을 임대 보증금 이외의 사실상 수입에 해당되는 거액의 장학기금을 수령하면서 임대한 점과 그 구체적인 이용실태를 고려해 학교법인이 위 건물을 수익사업에 사용한 것으로 본다. <대법원2000두3238, 2002.4.26.>

•학교법인이 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 사용할 목적으로 취득한 부동산을 제3자에게 위탁관리하게 하면서 제3자로부터 학교발전기금 등의 상당한 금원을 수령했다 하더라도 위 부동산을 수익사업에 사용한 것으로 볼 수 없다. <대법원 2004두9265, 2006.1.13.>