비영리내국법인이 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산을 처분해 발생하는 양도차익은 「법인세법 시행규칙」 제76조 제6항에 따라 수익사업과 고유목적사업의 수입금액 또는 매출액에 비례해 안분계산한다는 국세청의 유권해석이 나왔다.
국세청은 비영리내국법인이 수익사업과 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산의 처분 시 세무처리에 대한 질의에 이같이 회신했다(법인, 서면-2018-법인-1532, 법인세과-1526, 2018.06.21.).
국세청은 “비영리내국법인이 수익사업과 3년 이상 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산을 처분해 발생하는 양도차익은 「법인세법 시행규칙」 제76조 제6항에 따라 수익사업과 고유목적사업의 수입금액 또는 매출액에 비례해 안분계산한다”고 밝혔다.
이어 “다만 이를 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 따라 안분계산해 수익사업 부문에 해당하는 금액을 익금에 산입한다”라고 덧붙였다.
사실관계를 보면 질의법인은 00시에 소재하는 종합주류도매업을 경영하는 법인을 회원으로 하고 건전한 주류유통질서 확립, 회원 간 복리증진 등 목적사업을 수행하는 비영리법인이다.
질의법인은 00시 00구 00동 00번지 토지(1043㎡)와 건물 1층(부동산임대, 193.72㎡), 2층(질의법인 사용, 193.72㎡)을 소유(2002.3.26. 취득)하고 있으며 토지는 질의법인과 임차인이 주차장으로 공동 사용하고 있다.
한편, 2018년에 토지 중 123㎡와 도로에 편입된 수목, 돌 등이 대구시가 시행하는 도로확장 사업에 편입돼 양도됐다.
질의법인은 비영리내국법인이 수익사업과 고유목적사업에 공통으로 사용하던 고정자산의 처분 시 세무처리를 국세청에 질의했다.
이와 관련해 「법인세법」 제3조 【과세소득의 범위】의 주요 내용은 다음과 같다.
① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다. <개정 2014.12.23>
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득
4. 제56조에 따른 미환류소득
② (생략)
③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 수익사업 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
또한 「법인세법 시행령」 제2조 【수익사업의 범위】의 주요 내용은 다음과 같다.
① (생략)
② 법 제3조 제3항 제5호에서 대통령령으로 정하는 것이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. <개정 2011.6.3>
이와 함께 「법인세법」 제113조 【구분경리】의 주요 내용은 다음과 같다.
① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.
②〜⑤ (생략)
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
이 밖에 「법인세법 시행령」 제156조 【구분경리】의 주요 내용은 다음과 같다.
① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.
(이하생략)
여기에 「법인세법 시행규칙」 제75조 【구분경리의 범위】의 주요 내용은 다음과 같다.
① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.
(이하생략)
아울러 「법인세법 시행규칙」 제76조 【비영리법인의 구분경리】의 주요 내용은 다음과 같다.
① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.
②〜⑤ (생략)
⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이정하는 작업시간・사용시간・사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
