- "개정 규정은 조세특례를 부여하는 소기업의 기준을 축소했으나 부칙에 의하여 기득권 내지 신뢰보호를 어느 정도 보호해"
- "개정규정의 부칙은 경과규정으로 개정규정이 시행된 사업연도 기준으로 종전규정에 의해 소기업에 해당되었던 기업이 개정규정 시행으로 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 규정해석"
- "개정규정 부칙은 ‘2016.1.1.이 속하는 과세연도에 종전규정을 기준으로 소기업에 해당하는 기업이 개정으로 더 이상 소기업에 해당하지 않는 기업’이 적용대상"
- 대법원 2020.7.29. 선고 2019두56333 판결 -
●요약
구 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되어 2016.1.1. 시행된 것) 제7조 제1항은 대통령령으로 정하는 소기업이 수도권에서 제조업을 경영하는 사업장의 경우 과세혜택을 부여하고 있다. 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 제1호(이하 ‘종전규정’)는 소기업을 계속 고용근로자의 수가 100명 미만이고, 매출액이 100억원 미만인 중소기업으로 정했다가, 2016.2.5. 대통령령 제26969호로 개정되면서 근로자의 수에 관한 요건을 삭제하고, 그 밖의 제품 제조업에 대해 매출액 기준을 80억원 이하로 낮추었다(이하 ‘개정규정’). 또한 개정규정 관련 부칙은 ‘법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다’는 내용을 두었다(이하 ‘이 사건 부칙조항’).
그런데 이 사건 부칙조항의 해석과 관련해, 위 규정이 ①2015 과세연도 당시 종전규정에 따른 소기업이 2016.1.1. 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 경우에 적용되는 것인지, 아니면 ②2016.1.1. 이후 종전규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 경우에 적용되는지에 대해 논란이 있었다. 국세청이나 기획재정부는 대체로 ①의 입장을 취하면서도 2016.1.1. 이후에도 종전규정의 기준은 충족해야 한다는 입장이었고, 조세심판원은 그 입장이 분명하게 정리되지 않았던 것으로 보인다.
대상판결은 이 사건 부칙조항의 적용대상을 ‘법률 제13560호 조세특례제한법의 시행일인 2016.1.1. 당시인 2016 과세연도 당시 종전규정 아래에서는 소기업에 해당해 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업’이라고 판시함으로써 2016.1.1. 기준으로 종전규정의 기준을 충족한 소기업에 대해 부칙의 취지를 살려 이 사건 부칙조항을 적용할 수 있다는 점을 분명히 하고, 기존의 논란을 정리하였다는 점에 의의가 있다.
1. 대상판결의 사실관계
원고들은 1989.1.4.경부터 서울 금천구에서 甲 사업장을 공동으로 운영했는데, 甲 사업장은 ‘그 밖의 제품 제조업’에 해당하는 실물설명용 모형제조를 주된 업종으로 했다. 甲 사업장의 매출액 및 계속 고용 근로자의 수는 2015 과세연도에는 각각 7,379,508,500원 및 71명이었다가, 2016 과세연도에는 각각 12,645,612,350원 및 63명이었다.
원고들은 2017.5.경부터 6월경까지 각각 甲 사업장이 중소기업특별세액감면이 적용되는 ‘소기업’이 아님을 전제로 2016 과세연도 귀속 종합소득세를 신고·납부했다가, 2017.11. “甲 사업장은 2015 과세연도 매출액과 계속 고용근로자 수가 각각 100억원과 100명 미만이어서 종전규정의 소기업 요건을 갖추었으므로 이 사건 부칙조항에 의하여 2019 과세연도까지 소기업에 해당해 중소기업특별세액감면을 받아야 한다”고 주장하면서 종합소득세 감액경정청구를 했다.
그러나 피고들은 2017.12. 甲 사업장이 2016 과세연도에 소기업에 해당하지 않는다는 이유로 원고들의 각 경정청구를 거부했다(이하 ‘이 사건 거부처분’).
2. 대상판결의 요지
구 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되어 2016.1.1. 시행되고 2016.12.20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제7조 제1항은 중소기업 중 감면 업종인 제조업[제1호 (마)목]을 경영하는 기업에 대해서는 2017.12.31. 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등에 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이 수도권에서 제조업을 경영하는 사업장의 경우 100분의 20의 감면 비율[제2호 (나)목]을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다고 정하고 있다(이하 ‘중소기업특별세액감면’). 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 제1호(이하 ‘종전규정’)에 의하면, 중소기업특별세액감면이 적용되는 ‘대통령령으로 정하는 소기업’ 중 ‘제조업을 주된 사업으로 영위하는 소기업’이란 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자(이하 ‘계속 고용 근로자’라고 한다)의 수가 100명 미만이고, 매출액이 100억원 미만인 중소기업을 말한다.
한편, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 구 조세특례제한법 시행령은 제6조 제5항(이하 ‘개정규정’)에서 종전규정 중 계속 고용근로자의 수에 관한 요건을 삭제하면서 ‘대통령령으로 정하는 소기업’을 ‘중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표 3]을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업’으로 정하고 있고, 구 중소기업기본법 시행령(2017.10.17. 대통령령 제28378호로 개정되기 전의 것) [별표 3] 제27호는 ‘그 밖의 제품 제조업’을 주된 업종으로 하는 중소기업 중에서 매출액이 80억원 이하인 기업을 소기업으로 정하고 있다. 따라서 개정규정에 의하면 중소기업특별세액감면을 받는 ‘대통령령으로 정하는 소기업’ 중 ‘그 밖의 제품 제조업을 주된 사업으로 영위하는 소기업’은 계속 고용 근로자의 수와 관계없이 매출액이 80억원 이하인 중소기업을 말한다.
이와 같이 중소기업특별세액감면을 받는 ‘소기업’의 범위가 종전규정 및 개정규정에서 달라짐에 따라 위 개정 구 조세특례제한법 시행령 부칙 제22조는 ‘소기업의 범위에 관한 경과조치’라는 제목으로 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다”라고 정하고 있다(이하 ‘이 사건 부칙조항’).
조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통해 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결 참조).
또한 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용해야 하나, 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정되면서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위해 특별히 경과조치를 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 정하고 있는 경우에는 구법이 적용되어야 한다(대법원 1999.7.9. 선고 97누11843 판결 참조).
앞서 본 관련 규정의 문언과 취지를 위와 같은 법리에 따라 살펴보면, 이 사건 부칙조항의 적용 대상은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일인 2016.1.1. 당시인 2016 과세연도의 경우 종전규정 아래에서는 소기업에 해당해 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업이라고 봄이 타당하다. 따라서 2016 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하지 않는 기업은 이 사건 부칙조항의 적용 대상이 아니므로, 2016 과세연도에 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등과 관련해 이 사건 부칙조항에 의하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 없다.
제조업을 주된 업종으로 하는 甲 사업장은 2016 과세연도 매출액이 12,645,612,350원이어서 개정규정뿐 아니라 종전규정에 따르더라도 중소기업특별세액감면을 받을 수 있는 소기업에 해당하지 않아 이 사건 부칙조항의 적용 대상이 아니다. 따라서 원고들은 甲 사업장을 운영함에 따른 2016 과세연도 귀속 종합소득세에 대해 중소기업특별세액감면을 받을 수 없고 이를 전제로 한 이 사건 거부처분은 적법하다.
3. 대상판결의 평석
가. 문제의 소재
종전규정에 의하면, 중소기업특별세액감면이 적용되는 ‘제조업을 주된 사업으로 영위하는 소기업’이란 계속 고용 근로자의 수가 100명 미만이고 동시에 매출액이 100억원 미만인 중소기업을 의미하였다. 그러나 기획재정부는 소기업이 고용과 무관하게 세제지원을 받을 수 있도록 하기 위해 종전규정 중 계속 고용근로자의 수에 관한 요건을 삭제하고 매출액 기준도 ‘80억 원 이하인 중소기업’으로 감축하면서 이러한 개정에 따른 경과규정으로서 이 사건 부칙조항을 두었다.
그런데 이 사건 부칙조항은 문언이 분명하지 않아서 해석 방법에 대해 논란이 있어 왔다. 즉, 이 사건 부칙조항은 ‘법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다’고 규정하고 있는데, 이러한 문언만으로는 이 사건 부칙조항의 적용대상을 ①법률 제13560호 조세특례제한법의 시행일인 2016.1.1. 이전인 2015 과세연도에 종전규정에 의한 소기업 기준을 충족하는 기업이 2016.1.1. 이후로 개정규정의 기준을 충족하지 못하게 된 경우로 이해해야 하는지, ②2015 과세연도와는 무관하게 2016.1.1.이 속하는 2016 과세연도에 종전규정의 기준을 충족하는 소기업으로 봐야 하는지 분명하지 않아서 이견이 있었다.
<이해를 돕기 위한 표>
나. 유권해석 및 조세심판원의 입장
국세청은 ‘법률 제13560호 조세특례제한법의 시행일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법의 시행일이 속하는 과세연도에 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 않고 종전규정에 따르더라도 소기업에 해당하지 않는 경우, 그러한 기업은 이 사건 부칙조항의 적용대상에 해당하지 않는 것’이라는 입장을 밝힌 바 있다(서면-2018-소득-1311, 2018.10.15. 등).
기획재정부는 ‘법률 제13560호 조세특례제한법의 시행일이 속하는 직전 과세연도에 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 시행 이후 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 각 과세연도 별로 개정규정에 따라 소기업에 해당하지 않으나 종전규정에 따른 소기업에 해당하는 경우 이 사건 부칙조항에 따른 소기업에 해당한다’고 했다(기획재정부 조세특례제한과-751, 2019.12.24.).
국세청과 기획재정부는 이 사건 부칙조항이 ‘2015 과세연도 당시 종전규정에 따른 소기업에 해당했던 기업 중에서 2016.1.1. 이후로도 종전규정의 기준을 충족하는 기업에 적용된다’고 해석했던 것으로 보인다.
한편, 조세심판원은 ‘개정규정 시행일인 2016.1.1. 당시에는 종전규정에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를 직전 사업연도인 2015년 말을 기준으로 하여 산정하고 이에 따라 소기업 해당 여부를 판단하는 것이 합리적’이라고 하며 납세자의 심판청구를 인용했다가(조심 2017전4105, 2018.2.12.), ‘규모의 확대 등으로 소기업에 해당하지 아니하게 될 경우에 별도의 유예기간을 적용하지 아니하고 있는 조세특례제한법 시행령 규정을 감안해 개정규정 부칙 제22조를 해석하면, 2016 과세연도에 종전규정을 적용해 소기업에 해당하지 아니할 경우에는 동 부칙의 적용대상이 아닌 것으로 보인다’고 판단하기도 하는 등 그 입장이 완전히 정리되지 않았던 것으로 보인다(조심 2018서1776, 2018.6.21.).
다. 대상판결의 의의
대상판결은 이 사건 부칙조항이 ‘법률 제13560호 조세특례제한법의 시행일인 2016.1.1. 당시인 2016 과세연도 당시 종전규정 아래에서는 소기업에 해당해 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업’을 적용대상으로 한다고 판시하면서, 이 사건의 甲 사업장은 2016 과세연도 당시 매출액 등을 기준으로 할 때 종전규정에서의 소기업 기준을 충족하지 못하므로 이 사건 부칙조항의 적용대상이 아니라고 판단했다.
대상판결은 이 사건 부칙조항의 적용대상을 판단함에 있어서 2015 과세연도 당시 종전규정에 따른 소기업이었는지 여부와 무관하게 2016 과세연도 당시 종전규정에 따른 소기업에 해당하는지 여부에 따라 판단해야 한다는 점을 분명히 하고 기존의 논의를 어느 정도 정리했다는 점에서 의의가 있다.
조세법률주의에 따르면 세법의 해석은 문언 범위를 벗어날 수 없고 합목적적 해석은 제한적으로 이루어져야 하는바, 이 사건 부칙조항을 문언 그대로 보면 2015 과세연도에 종전규정에 따른 소기업인지 여부에 대한 내용은 포함되어 있지 않은 점을 고려하면, 대상판결은 타당해 보인다.
•1998 서울대학교 법과대학 졸업
•2001 사법연수원 제30기 수료
•2004 서울남부지방법원 판사
•2006 서울중앙지방법원 판사
•2010 서울대학교 법과대학원 법학석사(행정법)
•2011~2012 미국 플로리다대학교 법학대학원 국제조세분야 법학석사
•2008~2017 한국세법학회, 특별소송실무연구회 회원
•2008~2017 중소기업중앙회 가업승계지원센터, 매경 가업승계 센터 강사 등
•2007~2017 법무법인(유) 율촌
주요 논문·저서
•2008 차명주식에 관한 명의신탁 증여의제 규정의 운용현황 및 개선방안에 대한 소고, 조세연구
•2010 행정행위에 부가된 ‘부담계약’의 법적 문제에 관한 연구, 서울대학교
•2011 소득세법상 ‘집합투자기구로부터의 이익’에 대한 과세의 법적 문제에 관한 소고, 특별법연구
(제9권), 특별소송실무연구회
•2013 조세환급금 청구와 당사자 소송, 변호사, 서울지방변호사회, 44집
•2014 부담금 환급거부처분의 처분성 및 구체적 환급절차(조세와의 비교), 변호사, 서울지방변호사회, 46집
•2014 조사대상 선정사유 없이 이루어진 세무조사에 근거한 과세처분의 위법성, 변호사, 서울지방변호사회, 47집
•2015 소득세법 및 조세조약에 따른 거주자 판정기준, 판례연구, 서울지방변호사회, 29집
•2015 비영리법인의 주요 조세문제, ‘비영리법인 (복지법인 포함)’ 특별연수, 대한변호사협회
