앞으로 부가가치세가 면제되는 재화·용역을 거래할 때 판매자의 사정으로 매입자가 원래 받아야 하는 계산서(부가가치세 면세 거래사실을 증명하는 서류로, 과세 재화‧용역 거래의 세금계산서와 유사)를 발행받지 못한 경우, 매입자가 직접 계산서를 발급하고 이를 소득세 필요경비 증빙으로 활용할 수 있게 된다.

국세청(청장 김창기)은 28일 "올해 7월부터 면세 재화·용역을 구매한 납세자가 직접 계산서를 발급할 수 있도록 '매입자발행계산서' 제도를 처음으로 시행한다"며 이 같이 밝혔다.

국세청에 따르면, 부가가치세 면세 재화 또는 용역을 구입한 납세자가 판매자의 부도·폐업, 연락두절 등의 사유로 계산서를 발행받지 못한 경우에도 국세청의 확인을 거쳐 직접 계산서를 발행하고 구입 비용을 인정받을 수 있다. 

구체적으로 매입자는 종합소득세 신고 시 증명서류를 갖추지 못해 발생하는 가산세 우려 없이 면세 재화·용역 구입액을 필요경비에 산입할 수 있으며, 농·축·수산물 등을 매입하는 사업자(음식점업 등)라면 매입자발행계산서로 부가가치세 의제매입세액공제도 받을 수 있다.

의제매입세액공제는 부가가치세 면제 농‧축‧수산물 및 임산물을 구입해 부가가치세 과세 대상 재화 또는 용역을 공급하는 경우 일정 금액을 매입세액으로 공제(부가가치세법 §42)하는 것을 말한다.

국세청은 매입자발행계산서를 발행하고자 하는 납세자는 정해진 기간 내에 홈택스 또는 관할 세무서에 방문해 거래 증빙서류와 함께 거래사실 확인을 신청해야 한다고 안내했다.

정해진 기간이라 함은 거래시기가 속하는 과세기간 종료일부터 6개월 이내를 말하는데, 예를 들어 2023년 7월 1일 거래의 경우 2024년 6월 30일까지 신청해야 한다.

국세청은 신청 다음 달 말일까지 거래사실을 확인해 실제 거래임이 판명되면 매입자와 공급자에게 거래사실 확인결과를 통지한다. 

국세청 전지현 소득세과장은 "앞으로도 납세자의 편의 증대와 시장의 거래투명성 제고를 위한 적극행정을 지속해서 추진해 나가겠다"고 밝혔다.

다음은 매입자발행계산서 관련 주요 문답.

1) ’23.7.1.부터 시행되는 매입자발행계산서 제도란 무엇인가?

☞ 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급받았으나 계산서를 발급받지 못한 경우, 매입자가 본인의 관할세무서에 거래사실 확인을 신청해 공급자 관할세무서가 거래사실 여부를 확인한 뒤 매입자가 계산서를 발행하는 제도이다. (소득세법 제163조의3 신설)

2) 거래사실 확인신청할 수 있는 거래대상과 신청기한은 어떻게 되나?

☞ 거래건당 공급가액 5만원 이상인 경우로서 부가가치세 면제 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 6개월 이내에 신청해야 한다.

   <예시> 공급가액 5만원이고 재화 또는 용역의 공급시기가 ’23.7.1.인 경우

    → 공급시기(’23.7.1.)가 속하는 과세기간(’23.1.1.～’23.12.31.)의 종료일부터 6개월인 ’24.6.30.이 신청기한임

3) 매입자발행계산서 발급을 위한 거래사실 확인신청은 어떻게 하나?

☞ 거래사실 확인신청서(소득세법 시행규칙 별지 제29호의16 서식)를 작성해 거래 입증서류(거래명세표, 영수증, 무통장입금증 등)와 함께 홈택스*로 또는 관할 세무서 방문을 통해 신청할 수 있다.

   * 홈택스 메인 화면 상단 검색창에 ‘매입자발행계산서’ 검색

4) 거래사실 확인요청이 거부처리되는 경우가 있나?

☞ 신청내용에 인적사항 불분명 등 흠이 있어 보정요구 했으나 불응한 경우, 신청기한을 지나 신청한 경우 또는 미등록·휴폐업자와의 거래가 명백한 경우에는 거래사실 확인신청이 거부될 수 있다.

5) 매입자발행계산서 발급 시 매입자(신청인)에 대한 혜택이 있나?

☞ 면세농산물을 재료로 해 제조업, 음식점업을 영위하는 사업자가 부가가치세 신고 시 매입자발행계산서합계표를 제출한 경우 해당 매입자발행계산서의 공급가액은 부가가치세법 제42조에 따라 의제매입세액공제를 받을 수 있다. 또한, 매입자발행계산서를 발행해 보관한 경우에는 증명서류 수취·보관 의무를 이행한 것으로 간주(소득세법 §160의2③)하므로 증명서류 수취불성실 가산세 부담 없이 사업소득에 대한 필요경비로 산입할 수 있다.

6) 계산서를 발급하지 않은 공급자에게는 어떠한 불이익이 있나?

☞ 소득세법 제163조에 따라 부가가치세 면제되는 재화․용역을 공급하는 사업자는 계산서를 발급해야 함에도, 이를 발급하지 아니한 공급자에게는 계산서 미발급 가산세(공급가액의 2%)가 부과된다.

7) 거래사실 여부 확인 결과 거래사실이 확인된 경우, 매입자(신청인)는 반드시 매입자발행계산서를 발급해 공급자에게 교부해야 하나?

☞ 거래사실 확인 통지를 받은 신청인은 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 해 매입자발행계산서를 발급해 공급자에게 교부하여야 하는 것이 원칙이다. 그러나, 신청인 및 공급자 모두가 관할 세무서장으로부터 거래사실 확인 통지를 받은 때에는 신청인이 공급자에게 매입자발행계산서를 교부한 것으로 간주하므로 매입자가 따로 계산서를 공급자에게 교부할 필요가 없다. 

8) 사업자가 아닌 자나 농·어민과 거래한 경우에도 매입자발행계산서를 발급할 수 있나?

☞ 원칙적으로 매입자발행계산서 규정은 면세 재화·용역의 공급자가 ‘사업자’인 경우에만 적용된다. 따라서 미등록사업자나 비사업자로부터 면세 재화·용역을 공급받은 경우에는 매입자발행계산서를 발급할 수 없습니다. 
다만, 소득세법 시행령 §208조의2 제①항 5호에 따라 농·어민으로부터 재화·용역을 직접 공급받은 경우에는 지출증명 수취 및 보관 의무가 없으므로 계산서가 없더라도 거래내역을 증명할 수 있는 서류를 통해 가산세 우려 없이 소득세 필요경비 산입 및 부가가치세 의제매입세액공제가 가능하다. 

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