● 집행기준 10-0-2, 정부출연금 등을 교부받아 연구개발비로 지출한 경우 세액공제
① 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다.

② 국가, 지방자치 단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업으로부터 연구개발등을 목적으로 출연금 등의 자산을 받아 연구개발비로 지출하는 금액은 연구·인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없다.

● 집행기준 10-0-3, 연구·인력개발비에 대한 세액공제
① 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 동 비용이 발생된 각 과세연도마다 적용한다.

② 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 그 비용을 연구개발비 등 자산계정으로 처리한 경우에도 적용한다.

● 집행기준 10-0-4, 수탁개발비 세액공제 여부
내국인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역수행을 위해 자신의 연구개발전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다.

● 집행기준 10-9-1, 연구·인력개발비의 연평균발생액 계산
① 법령의 개정으로 최초로 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비를 포함해 계산한다.

② 2010년 이전부터 연구개발출연금을 연구·인력개발비에 사용한 내국법인이 2010과세연도에 직전 4년간 발생한 연구·인력개발비의 합계액을 계산하는 경우 동 연구개발출연금은 제외하고 계산한다.

● 집행기준 10-9-2, 분할 등이 속하는 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 계산
당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비를 계산함에 있어서 내국법인이 분할·분할합병·사업양도 또는 현물출자(이하 “분할 등”이라 함)를 한 후 존속하는 경우 분할·분할합병·사업양도 또는 현물출자일(이하 “분할일 등”이라 함)이 속하는 사업연도 개시일부터 분할일 등의 전일까지 분할 등을 하기 전 분할법인·사업양도법인 또는 현물출자법인으로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 분할 등을 한 후 분할법인·사업양도법인 또는 현물출자법인에서 발생한 것으로 본다.

● 집행기준 12-0-1, 과세특례 적용대상 기술의 범위
중소기업 및 중견기업이 다음의 특허권, 실용신안권, 기술비법 또는 기술(이하 “특허권 등”)을 이전(특수관계인에게 이전하는 경우는 제외한다)하는 경우 발생하는 소득에 대해서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
또한, 중소기업 및 중견기업이 자체 연구·개발한 특허권 등을 대여(특수관계인에게 대여한 경우는 제외한다)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 25에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 특허권
2. 실용신안권
3. 기술비법:해당 기업이 국내에서 자체 연구·개발한 과학기술분야에 속하는 기술비법(공업소유권, 「해외건설 촉진법」에 의한 해외건설엔지니어링활동 및 「엔지니어링산업 진흥법」에 의한 엔지니어링활동과 관련된 기술비법을 제외한다)
4. 기술:「기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 기술로서 수입금액 기준 등 다음 요건을 모두 충족하는 것을 말한다.
가. 해당 기업이나 해당 기업이 「중소기업기본법 시행령」 제2조 제3항에 따른 관계기업에 속하는 경우 해당 관계기업의 직전 5개 과세연도의 매출액의 평균금액이 500억원 이하일 것
나. 해당기업이 특허권등을 거래하여 얻은 직전 5개 과세연도의 매출액의 평균금액이 70억원 이하 일 것

● 집행기준 12-0-2, 기술이전소득 등에 대한 과세특례 관련사례
① 기술비법이라 함은 내국인이 스스로 연구·개발한 과학기술분야에 관한 기술비법 중 공개되지 않는 것으로서 제품제조를 위한 조업 및 정비기술 등 제조공정·공식 또는 산업상 기술정보를 포함하는 것이나, 이미 공개된 타인의 기술비법을 개량하여 발전시킨 경우와 국내에서 당해 기술비법을 이용해 생산한 제품과 동종의 제품이 다른 방법으로 생산되는 경우에는 기술비법으로 볼 수 없다.

② 출원 중에 있는 특허권 또는 실용신안권은 「조세특례제한법」 제12조의 규정에 의한 기술이전 소득 감면대상에 해당하지 않는다.

③ 국내에 특허권 또는 실용신안권의 설정등록이 되지 아니한 외국의 기술을 도입한 내국인이 그 기술을 외국에 양도하거나 대여함으로써, 발생하는 소득에 대하여는 「조세특례제한법」 제12조의 규정에 의한 기술이전소득 감면을 적용할 수 없다.

④ 피합병법인이 설정 등록한 특허권 등을 포괄 승계한 합병법인 혹은 인적분할에 의한 분할신설 법인이 당해 특허권 등을 양도하는 경우 기술이전소득 세액감면을 적용받을 수 있다.

⑤ 특허권을 설정등록한 거주자가 당해 특허권을 내국인에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「조세특례제한법」 제12조에 따른 조세특례를 적용하나, 당해 특허권자에게 고용돼 연구에 종사한 직원이 당해 특허권자로부터 연구대가로 지급받는 금액에 대하여는 같은 조에 따른 조세특례가 적용되지 않는다.

● 집행기준 16-14-1, 구주매출분이 「벤처투자 촉진에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 투자에 해당 여부
○벤처기업투자신탁이 특정 회사가 구주매출을 포함해 공모한 주식을 취득했으나 취득한 주식 중 구주매출 포함 여부를 알 수 없는 경우 당해 회사가 상장한 총주식가액 중 구주매출 비율만큼은 「조세특례제한법 시행령」 제14조 제1항 제3호 가목1)에 따른 투자에 해당하지 않음.
※구주매출이란 대주주나 일반 주주 등 기존 주주가 이미 보유하고 있는 주식 지분 중 일부를 일반인들에게 공개적으로 파는 것을 의미

● 집행기준 18-16-1, 외국인기술자에 대한 소득세 감면
① 외국인기술자가 국내에서 내국인에게 근로를 제공하고 받는 근로소득으로서 그 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2023년 12월 31일 이전인 경우만 해당한다)부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대해서는 소득세의 50%를 감면한다.
가. 자연계·이공계·의학계 분야의 학사 학위 이상 소지자, 
나. 외국대학과 그 부설연구소, 국책연구기관 및 기업부설 연구소(국외연구기관등)에서 5년(박사학위자는 박사학위 취득 전 경력포함 2년) 이상 연구개발 및 기술개발 경험이 있을 것
다. 과세연도 종료일 현재 근로를 제공하는 기업과 국세기본법상 친족관계 또는 경영지배관계에 있지 않을 것(단, 국기령 제1조의2 제4항 제1호 나목의 요건 제외)
라. 영 제16조의3 제2항 각호의 기관 또는 부서에서 연구원으로 근무(행정사무 제외)하는 사람일 것

② 소재, 부품, 장비 관련 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2022.12.31.이전인 경우만 해당)부터 3년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대해서는 소득세의 70%, 그 다음 달 1일부터 2년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대해서는 소득세의 50%를 감면한다.
이 때, 소재, 부품, 장비 관련 외국인 기술자란 ①에서 규정한 외국인기술자 중 특화선도기업(「소재·부품·장비산업 경쟁력 강화를 위한 특별조치법」 제16조에 따름)에서 근무하는 사람을 말한다.

③ 소득세를 감면받으려는 외국인기술자는 근로를 제공한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 원천징수의무자를 거쳐 원천징수 관할세무서장에게 세액감면신청서를 제출해야 한다. 
④ 원천징수의무자가 감면되는 소득을 지급할 때에는 징수할 소득세에서 상기 ①, ②에 따라 감면하는 세액을 제외한 금액을 원천징수한다.

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