●집행기준 35-0-1, 수입세금계산서를 발급받아야 할 사업장
여러 개의 사업장이 있는 사업자가 재화를 수입함에 있어 수입신고필증에 기재된 사업장과 해당 재화를 사용·소비할 사업장이 다른 때에는 수입재화를 실제로 사용·소비할 사업장 명의로 수입세금계산서를 발급받을 수 있다.

● 집행기준 37-0-1, 납부세액
① 납부세액이란 사업자가 부가가치세 과세표준신고와 함께 정부에 납부해야 할 부가가치세액을 말하며, 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다. 
다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다.
1. 납부세액 ＝ 매출세액 - 매입세액 (매출세액 ≧ 매입세액)
2. 환급세액 ＝ 매입세액 - 매출세액 (매출세액 < 매입세액)

② 제1항의 납부세액은 그대로 정부에 납부할 세액이 되는 것이 아니라 가산세를 가산하고 예정신고기간의 미환급세액 등을 공제한 금액이 실제로 납부해야 할 세액이 된다.

● 집행기준 38-0-1, 공제대상 매입세액의 범위
① 일반적인 매입세액
사업자가 재화 또는 용역을 공급받거나 재화를 수입하면서 부담한 부가가치세액으로서 자기의 사업을 위해 사용됐거나 사용될 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제할 수 있다. 
이 때 자기가 부담한 매입세액이 있는 경우라도 세금계산서, 매입자발행세금계산서, 신용카드매출전표 등이 아니면 공제받을 수 없다.

② 사업자등록 정정 의무를 이행하지 아니한 사업자의 매입세액 사업자가 사업장 이전·상호변경 등 사업자등록증 정정사유가 발생했으나 이를 정정하지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우 해당 세금계산서의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항에 의하여 그 거래사실이 확인되는 때에는 그 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하거나 환급할 수 있다. 
다만, 비영리법인이 수익사업 관련 재화를 공급받으면서 과세사업자로 별도로 등록하지 아니하고 사업자등록번호가 아닌 비영리법인의 고유번호로 세금계산서를 교부받은 경우 해당 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는다.

③ 공동시설에 관련된 매입세액
2 이상의 사업자가 공동으로 사용할 사업부대설비공사를 그 중 한 사업자의 명의로 계약을 체결한 경우 해당 설비건설용역을 제공하는 사업자는 각 사업자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급할 수 있으며, 그 용역을 공급받은 각 사업자는 자기가 부담한 매입세액을 공제받을 수 있다.

④ 면세포기한 사업자의 매입세액
면세사업자가 면세포기를 하는 경우 면세포기한 사업에 대해 해당 과세기간에 영세율이 적용되거나 부가가치세가 면제되는 재화·용역의 공급이 없는 때에도 그 과세기간의 면세포기사업과 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제한다. 
다만, 면세포기사업에 대해 해당 과세기간에 면세되는 재화의 공급만이 있는 경우에는 면세사업에 관련된 매입세액으로 공제하지 않는다.

⑤ 사업상 피해재산의 복구와 관련된 매입세액
사업자가 자기사업과 관련하여 타인의 재산에 손해를 입혀 해당 피해재산의 수리에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제한다.

⑥ 공급시기 이후 동일 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 세금계산서와 관련된 매입세액
재화 또는 용역의 공급시기 이후 그 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받은 경우 해당 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제한다.

⑦ 거래일 이후 공급자가 체납 또는 폐업·행방불명된 경우의 매입세액
사업자가 자기의 사업을 위해 정당한 세금계산서를 발급받았으나 거래일 이후 공급자가 체납 또는 폐업·행방불명된 경우에도 매입세액을 공제받을 수 있다.

⑧ 인·허가 조건 기부채납자산의 취득과 관련된 매입세액
사업자가 과세되는 사업을 위해 사회기반시설 등을 신축하여 지방자치단체에 기부채납하는 조건으로 인·허가를 얻은 경우, 해당 기반시설의 건설과 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제할 수 있다. 
다만, 해당 매입세액이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액에 해당하는 경우에는 매출세액에서 공제하지 않는다.

⑨ 화재 등으로 멸실된 재고상품의 매입세액
과세사업에 사용 또는 소비하기 위해 구입한 재화가 화재, 도난, 파손, 부패 등으로 멸실된 경우 해당 재화의 취득과 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제한다.

⑩ 용역의 무상 공급에 관련된 매입세액
사업자가 사용인에 대한 복리후생, 고객에 대한 판매 확대를 위해 용역을 무상으로 공급하는 경우 해당 용역의 공급에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제한다.

⑪ 공급시기 이후 1년 이내 발급받은 세금계산서 관련 매입세액
재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 발급받고 수정신고·경정청구 하거나 관할세무서장 등이 결정·경정하는 경우 해당 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제한다.

⑫ 공급시기 전 발급받은 세금계산서 관련 매입세액
공급시기 전 세금계산서를 발급받고 발급일부터 6개월 이내에 공급시기가 도래하며 해당 거래사실이 확인되어 과세관청이 결정·경정하는 경우 해당 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제한다.

⑬ 위탁매매·일반매매 오류 관련 매입세액
다음 각 호의 경우 거래사실이 확인되고 부가가치세를 신고·납부한 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제한다.
1. 거래당사자 간 선택한 매매형식(위탁 또는 일반)에 따라 세금계산서를 발급받은 경우
2. 거래당사자 간 선택한 용역의 공급방식(중개·주선 또는 일반)에 따라 세금계산서를 발급받은 경우
3. 위수탁용역에서 위탁자로부터 받은 사업비를 계약에 따라 수탁자의 공급가액에 포함 또는 제외하여 세금계산서를 발급받은 경우

● 집행기준 38-0-2, 매입세액의 공제시기
① 일반적인 매입세액
재화 또는 용역의 공급에 따른 매입세액은 해당 재화 또는 용역의 사용·소비 또는 생산된 제품의 공급 여부와 부가가치세액의 지급 여부에 관계없이 그 공급시기가 속하는 예정 또는 확정신고기간의 매출세액에서 공제한다.

② 재화의 수입에 따른 매입세액
1. 사업자가 자기의 사업과 관련해 발급받은 수입세금계산서는 그 수입일이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있다.
2. 사업자가 자기의 사업과 관련된 재화의 수입에 따른 수입세금계산서를 수입일이 속하는 과세기간 경과 후에 발급받은 때에는 수입세금계산서를 발급받은 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있다.

③ 사업의 양도시 발급받지 못한 수입세금계산서의 매입세액
사업양도자가 수입재화에 대한 수입세금계산서를 사업양도 시까지 발급받지 못하고 사업양도 후 사업양수자가 사업양도자 명의로 발급받은 경우에는 사업양수자가 해당 수입세금계산서를 발급받은 과세기간에 매입세액으로 공제받을 수 있다.

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