- 대상판결은 공단이 법령에 따라 공중에 무상으로 공급하는 용역을 비과세사업으로 구분
- 부가가치세법상 매입세액 공제 여부는 사업의 구분에 따른다는 원칙에 부합하는지는 의문
- 대법원이 사업 구분의 판단 기준에 대해 명확한 법리를 설시해야
- 대법원 2023.8.31. 선고 2020두56384 판결 -
| ● 요약 대법원은 국가철도공단이 수행하는 일반철도 건널목 관리업무와 터널, 교량, 관제센터 등 국가중요시설에 대한 방호업무는 고속철도·일반철도 선로 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비 등을 임대하고 사용료를 지급받는 과세사업과 별도로 구분되는 비과세사업에 해당하고, 그와 관련한 매입세액도 공제 대상이 아니라고 판단했다. 대상판결은 기존의 판결과 마찬가지로 공단이 법령에 따라 공중에 무상으로 공급하는 용역을 별도의 비과세사업으로 구분하여 오로지 비과세사업에 관련된 매입세액은 불공제 대상으로 판단한 것이다. 이러한 판단은 공단의 공익적 설립 목적에 강하게 주목한 것으로서, 자칫 재화 또는 용역이 과세대상인지 비과세대상인지에 따라 그 공급이 과세사업인지 비과세사업인지를 판단하는 잘못된 과세관행을 유도할 수 있고, 결과적으로 부가가치세법상 매입세액 공제 여부는 사업의 구분에 따른다는 원칙을 형해화할 수 있다는 점에서 그 영향이 우려된다. 부가가치세법상 사업의 구분 경계를 어떻게 판단할지는 매입세액 공제 여부 판단은 물론 어떠한 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 사업자에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서도 매우 중요한 문제이다. 대상판결과 같이 개별 사안에서 원심판결의 사업 구분을 파기하는 것이 아니라, 사업 구분의 판단 기준에 대해 대법원이 명확한 일반 법리를 설시할 필요가 있을 것으로 생각된다. |
1. 대상판결의 사실관계
원고는 철도산업발전기본법상 철도시설관리자로서 철도산업발전기본법 제31조에 따라 한국철도공사와 고속철도·일반철도 선로 및 철도운영을 위한 건축물·건축설비 등 원고가 관리하는 철도시설을 임대하고 사용료를 지급받는 계약(이하 ‘이 사건 사용계약’)을 체결했다(이하 이 사건 사용계약에 따라 임대용역을 공급하는 사업을 ‘이 사건 임대사업’).
이와 별도로 원고는 한국철도공사와 일반철도 건널목 관리업무 위·수탁계약을 민간업체와 터널, 교량, 관제센터 등 국가중요시설에 대한 방호용역계약을 각 체결하고, 정부로부터 출연금을 받아 건널목 관리용역 및 방호용역(이하 통틀어 ‘이 사건 용역’)에 대한 대가를 지급했다.
원고는 매출세액에서 이 사건 용역과 관련된 매입세액 9,045,318,513원(= 건널목 관리용역 4,622,525,094원 + 방호용역 4,422,793,419원, 이하 ‘이 사건 매입세액’)을 공제해 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지 부가가치세를 신고했다.
피고는 이 사건 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 보고 2018.1.16. 원고에게 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지 부가가치세 합계 12,405,115,190원(가산세 포함)을 경정·고지했다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’).
2. 쟁점의 정리
부가가치세법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위해 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대해 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대해 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다.
부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 ‘자기의 사업을 위해 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하여 과세사업과 관련성이 있는 지출을 매입세액 공제 대상으로 삼는다.
반면, 부가가치세법 제39조 제1항은 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액(제4호)’이나 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(제7호)’를 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정한다. 즉, 과세사업과 관련성이 인정되지 않는 매입세액이나 면세사업 또는 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(비과세사업)과 관련성이 있는 매입세액은 공제 대상에서 제외되는 것이다.
따라서 사업자의 재화 또는 용역 공급을 과세사업과 면세사업, 비과세사업 중 무엇으로 볼 것인지, 각 사업과 관련성이 있는 매입세액의 범위를 어떻게 판단할 것인지가 매입세액 공제 여부의 판단에 있어 중요하게 된다.
이 사건에서는 원고가 이 사건 용역과 관련해 지급한 대가가 과세사업인 이 사건 임대사업과 관련성이 있는 것인지, 아니면 원고의 이 사건 용역 공급이 이 사건 임대사업과 구분되는 별개의 비과세사업으로 인정되는지가 문제됐다.
3. 판결의 요지
가. 원심판결
원심(대전고등법원 2020.11.19. 선고 2020누10256 판결)은 원고의 이 사건 용역 공급이 별개의 사업으로 구분되지 않는다는 전제하에 이 사건 용역과 관련해 지출된 비용이 과세사업인 이 사건 임대사업과 관련성이 있는지 여부를 판단했다.
원심은 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때 이 사건 용역과 관련된 이 사건 매입세액이 이 사건 임대사업과 관련성이 있는 지출로서 매입세액 공제 대상에 해당한다고 판단했다.
① 이 사건 용역은 법령에 의해 국가로부터 원고에게 위탁된 업무로서 ‘철도시설 관리업무’에 해당한다. 원고는 한국철도공사 및 민간업체에게 위탁하여 이를 수행하고 있다.
② 이 사건 사용계약은 원고가 한국철도공사로 하여금 선로 등 철도시설을 사용하여 철도운송 사업을 영위하게 하는 것이고, 계약의 목적물인 ‘선로 등’은 ‘일반철도시설 중 원고가 관리하는 시설’이며, 철도건널목 및 터널, 교량, 관제센터 등 국가중요시설은 모두 원고가 관리해야 할 철도시설에 포함된다고 봄이 타당하다.
따라서 원고는 계약상 위 철도시설들을 관리하여 철도 운행에 적합한 상태로 제공할 의무를 부담한다.
③ 이 사건 용역 중 철도건널목 관리 용역은 열차의 원활한 운행과 철도건널목에서의 사고방지를 위한 각종 업무 및 철도건널목 시설물에 대한 유지보수 업무를 포함하므로, 원고가 이 사건 사용계약상의 의무를 이행함에 있어 필요한 용역에 해당된다고 봄이 타당하다.
방호 용역도 국가안보 및 국민의 안전보장 등의 공익적 목적을 위해 수행되기는 하지만 전시는 물론 평시에도 철도시설의 방호 및 안전을 확보해 철도시설을 운행에 적합한 상태로 유지하기 위한 목적도 있는 것이므로 이 사건 임대사업의 수행을 위해서 필요한 용역이라고 볼 수 있다.
나. 대상판결
그러나 대상판결은 다음과 같은 이유로 원고의 이 사건 용역 공급이 별개의 비과세사업으로 구분된다고 보아, 이 사건 매입세액은 오로지 면세사업 등에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제될 수 없다고 판단했다.
① 이 사건 사용계약이 ‘원고는 철도운행에 적합한 건전한 선로 등을 제공해야 한다’고 규정하고 있기는 하나, 원고가 한국철도공사에 이행해야 할 급부의 내용에 이 사건 용역은 포함되어 있지 않고, 이 사건 사용계약에 따른 임대용역의 공급에 원고가 공익적 목적에서 수행하는 건널목 관리용역과 방호용역이 통상적으로 수반한다고 볼 수도 없다.
또한 원고는 관련 법령에 따라 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위해 정부로부터 출연금을 교부받아 건널목 관리용역과 방호용역을 일반 공중에 무상으로 공급했으므로, 위 각 용역의 공급은 원고가 스스로의 설립목적을 달성하기 위해 행하는 비과세사업에 해당한다.
따라서 원고는 과세사업인 이 사건 임대사업 이 외에 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업을 겸영하고 있는 것으로 봐야 한다.
② 이 사건 용역은 원고가 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위해 정부 출연금을 재원으로 외부로부터 공급받은 것이고, 원고는 출연사업별로 회계를 구분해 기록하고 있다.
또한 이 사건 사용계약상 사용료는 이 사건 용역의 공급과는 무관하게 정책적 목적에서 원고와 한국철도공사 사이의 철도시설 유지보수 위·수탁계약에 따른 유지보수비의 약 70%로 책정되었는바, 이 사건 용역의 공급 여부는 이 사건 임대사업의 공급대가에 아무런 영향을 미치지 않고, 원고가 이 사건 임대사업을 영위하는 데 이 사건 용역 관련 비용이 필수적으로 소요되는 것도 아니다.
따라서 이 사건 매입세액은 모두 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업에만 관련된 것으로서 실지귀속을 구분할 수 있다고 봐야 한다.
4. 평석
가. 부가가치세법상 사업의 구분 기준
이 사건에서 원심판결과 대상판결의 결론이 달라진 것에서 알 수 있듯이 부가가치세법상 사업자가 영위하는 사업을 구분하는 것은 매입세액 공제 여부를 판단함에 있어 상당히 중요한 역할을 한다.
매입세액의 공제 여부는 당해 사업이 면제사업이냐 과세사업이냐에 달려 있는 것이지, 지출한 비용이 면세재화를 위한 것이냐 과세재화를 위한 것이냐에 달려있지 않기 때문이다(대법원 1995.12.21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 참조).
즉, 이 사건 매입세액의 공제 여부는 이 사건 용역이 비과세용역인지, 과세용역인지에 따라 결정되는 것이 아니라, 이 사건 용역을 공급하는 사업이 비과세사업인지, 과세사업인지에 따라 결정된다.
원심판결은 이 사건 용역의 공급이 과세사업인 이 사건 임대사업에 포함되는 것으로 본 반면, 대상판결은 이를 별도의 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업으로 구분했기 때문에 매입세액 공제에 관한 결론이 달라진 것이다.
부가가치세법령은 기본적으로 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 “통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류”에 따른다고 정하고 있다(부가가치세법 시행령 제4조 제1항).
따라서 어떠한 재화나 용역이 과세대상인지 비과세대상인지에 관계 없이, 그와 관련된 매입세액의 공제 여부는 해당 재화 또는 용역의 공급이 한국표준산업분류상 어떤 사업에 포함되는지를 가려 그 사업이 과세사업인지 비과세사업인지에 따라 판단하는 것이 타당할 것이다.
그런데 대법원은 공기업 등이 법령에 따라 수행하는 재화 또는 용역의 공급에 대해 손쉽게 별도의 사업 구분을 인정하는 경향을 보이고 있다. 예컨대, 대법원 2016.3.24. 선고 2013두19875 판결은 한국환경공단이 법령에 따라 농경지에 방치되는 폐비닐을 수거하여 즉시 판매하거나, 자체 공장에서 재활용처리하여 가공품을 판매하거나 외부업체에게 재활용처리를 위탁한 사안에서 ‘수거한 폐비닐을 즉시 판매하거나 자체 공장에서 재활용처리하여 만든 가공품을 판매하는 것’은 재화의 공급으로서 과세사업에 해당하지만, ‘폐비닐을 수거하고 자체 공장에서 재활용처리하거나 외부업체에게 재활용처리를 위탁하는 것’은 용역의 공급으로서 법령상의 공익적 설립 목적에 따른 비과세사업으로 구분된다고 판단했다.
한국표준산업분류상의 기준으로는 위 용역의 공급은 ‘폐기물 수집, 운반, 처리 및 원료 재생업(38)’으로, 위 재화의 공급은 별도의 판매업으로 구분했다고 볼 수 있는데, 폐비닐을 수거하여 가공하고 폐비닐 또는 가공품을 판매해 과세매출이 발생하는 전체적인 과정을 위와 같이 복수의 사업으로 세밀하게 구분할 필요가 있는지는 의문이다.
대법원은 공단이 법령에 따라 위 용역을 공중에 무상으로 공급한다는 점에 주목하여 별도의 사업으로 구분돼야 한다는 입장으로 보인다.
이 사건에서도 대법원은 ‘원고가 관련 법령에 따라 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위해 이 사건 용역을 일반 공중에 무상으로 공급했다’는 점에 주목하여 이 사건 용역의 공급을 ‘철도건널목 관리사업’과 ‘국가중요시설 방호사업’이라는 별도의 사업으로 구분했다. 그런데 이러한 사업 구분에 부가가치세법상의 근거가 충분한지는 의문이다.
대상판결은 원고의 공익적 설립 목적 등을 근거로 들고 있을 뿐, 앞선 선례들과 마찬가지로 위와 같은 사업 구분이 부가가치세법령 및 한국표준산업분류상 근거가 있는 것인지는 전혀 검토하지 않았기 때문이다.
이러한 판결의 누적은 자칫 재화 또는 용역이 과세대상인지 비과세대상인지에 따라 그 공급이 과세사업인지 비과세사업인지를 판단하는 잘못된 과세관행을 유도할 수 있고, 결과적으로 부가가치세법상 매입세액 공제 여부는 사업의 구분에 따른다는 원칙을 형해화할 수 있다는 점에서 그 영향이 우려된다.
나. 정부출연금과 매입세액 공제 사이의 관계
한편, 대상판결은 원고가 정부출연금을 재원으로 이 사건 용역 대금을 지급하고, 출연사업별로 회계를 구분하여 기록했다는 사정을 이 사건 매입세액이 전액 비과세사업에 실지귀속된다는 판단의 근거로 고려하고 있다. 이는 부가가치세법상의 공통매입세액 안분계산 규정을 참고한 것으로 보인다.
부가가치세법 제40조는 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 법령상의 기준에 따라 안분계산하도록 규정하고 있다.
부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 공급가액 기준에 따른 안분 기준을 규정하면서, ‘사업자가 면세사업등과 관련하여 받았으나 부가가치세법 제29조의 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액’을 면세사업등의 공급가액에 포함하도록 규정하고 있다.
그런데 국고보조금과 공공보조금이 반드시 사용용도를 지정하여 교부되고, 보조금을 집행하는 자의 재량여지가 없으며, 반드시 사후정산 후 잔액은 국고에 반환 처리되는 것과 달리, 정부출연금 중 기관출연금은 사용용도를 지정하지 않는 일반재원으로서 집행잔액도 집행기관의 자체 수입으로 처리된다.
이 사건에서 원고의 정부출연금은 이 사건 용역에 용도가 지정된 목적출연금으로 보이나, 대상판결의 이 부분 판단 근거는 기관출연금을 포함한 정부출연금 전반에 적용될 수는 없는 것으로 보인다.
부가가치세법 제39조 제1항은 매입대금의 재원에 따라 매입세액 공제 여부를 달리 정하고 있지 않으므로, 정부출연금을 재원으로 하는 지출일지라도 과세사업과 비과세사업에 모두 관련되어 실지귀속을 구분할 수 없다면 공통매입세액 안분계산의 대상이 될 것이기 때문이다.
다. 대상판결의 의의
대상판결은 기존의 대법원 2013두19875 판결 등과 마찬가지로 공단이 법령에 따라 공중에 무상으로 공급하는 용역을 별도의 비과세사업으로 구분했으나, 이러한 판단이 타당한지는 의문의 여지가 있다.
위 판단은 부가가치세법령상의 기준에 따른 것이라기보다는 공단의 공익적 설립 목적에 강하게 주목한 것인데, 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업자가 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 경우 과세대상에 해당한다는 부가가치세법의 문언에 비추어 볼 때 사업상 공급되는 재화 또는 용역이 과세대상인지 여부와 사업 목적의 영리성은 필연적인 관계가 없기 때문이다.
부가가치세법상 사업의 구분 경계를 어떻게 판단할지는 매입세액 공제 여부 판단은 물론 어떠한 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 사업자에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서도 매우 중요한 문제이다.
대상판결과 같이 개별 사안에서 원심판결의 사업 구분을 파기하는 것이 아니라, 사업 구분의 판단 기준에 대해 대법원이 명확한 일반 법리를 설시할 필요가 있을 것으로 생각된다.
•2014 : Georgetown University Law Center 법학석사(Taxation LL.M.)
•2005 : 사법연수원 제34기 수료
•2004 : 서울대학교 법과대학원 수료
•2002 : 제44회 사법시험 합격
•2000 : 서울대학교 법과대학
•2008~현재 : 법무법인(유) 율촌
•2013~2014 : Steptoe & Johnson Washington D.C.office 파견근무
•2005~2008 : 육군법무관
•웹젠 임직원들 대리해 470억원이 넘는 증여세 부과처분 취소소송에서 승소(2017)
•대기업 회장 대리하여 450억원이 넘는 명의개서해태 증여의제 사건 승소(2017)
•종부세 이중과세 사건(2015) 실현가능성이 없어진 배당소득에 대한 납세의무의 존부에 관한 종합소득세 경정청구거부처분취소소송에서 승소(2014)
