국세청, 적격 물적분할 시 건설 중인 자산 투자세액공제 적용 유권해석
물적분할에 따라 설립된 법인은 분할법인과는 독립된 법인이기 때문에 각 법인별로 투자금액에 대해 투자세액공제를 적용받는 것이 타당하다는 국세청 유권해석이 나왔다.
국세청은 적격 물적분할 시 건설 중인 자산의 신성장 투자세액공제 적용 방법에 대해 이같이 밝혔다.
국세청은 회신을 통해 “조세특례제한법?(2020.12.29., 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제25조의5 제1항에 따른 신성장기술의 사업화를 위한 시설(시설)에 투자 중인 법인이 물적분할로 해당 투자 중인 시설을 분할신설법인에 승계시킨 후 분할신설법인이 해당 투자 중인 시설의 투자를 완료한 경우 같은 법 같은 조의 신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제는 시설에 투자한 당해 법인별로 적용받는 것”이라고 답변했다.
질의법인은 이차전지 및 축전지 제조업 등을 영위하는 유가증권시장에 상장법인으로 사업의 전문성을 제고하고 경영의 효율성을 강화하기 위해 질의법인을 분할신설법인으로 하는 물적분할을 실행했다. 이 물적분할은 법인세법상 적격분할 요건을 충족했으며 이차전지 및 축전지 제조업을 영위하기 위한 자산과 부채 일체를 질의법인에 승계했다.
한편 질의법인이 승계 받은 자산 중에는 건설 중인 자산이 포함돼 있으며 이 자산은 분할 승계한 이후 추가로 투자해 투자를 완료했다.
질의법인은 이와 관련해 분할 전 분할법인이 투자한 건설 중인 자산을 적격 물적분할을 통해 분할신설법인이 승계하는 경우 승계한 쟁점자산의 투자금액 전체에 대해 분할신설법인이 신성장 투자세액공제를 적용받을 수 있는지 여부에 대해 물었다.
현행 조세특례제한법 제24조(통합투자세액공제) 제1항에서는 “대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 2023년 12월 31일이 속하는 과세연도에 투자하는 경우에는 제3호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 공제한다.”고 규정하면서 제1호에서 “공제대상 자산”으로 규정하고, 가목에서 “기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.”, 나목에서 “가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산”으로 규정하고 있다.
또한 제2호에서는 “공제금액”을 규정하고, 가목에서 “기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.”으로 규정하고 1)에서 “신성장·원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 ‘신성장사업화시설’이라 한다)에 투자하는 경우 : 100분의 3(중견기업은 100분의 6, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액”으로 규정하고 제2항에서는 “제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다.”고 규정하고 있다.
또한 조세특례제한법 시행령 제21조(통합투자세액공제) 제4항에서는 “법 제24조 제1항 제2호 가목 1) 및 2)에서 ‘대통령령으로 정하는 시설’이란 다음 각 호의 시설을 말한다.”고 규정하면서 제1호에서 “법 제24조 제1항 제2호 가목 1)의 시설 : 다음 각 목의 시설”로 규정하고, 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장·원천기술을 사업화하는 시설(신성장·원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 ‘신성장사업화시설’이라 한다)”로 규정하고 있다.
이와 함께 조세특례제한법 제25조의5(신성장기술 사업화를 위한 시설투자에 대한 세액공제) 제1항에서는 “내국인이 대통령령으로 정하는 신성장기술의 사업화를 위한 시설에 2021년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 5(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 7, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액(제2호 단서에 해당하는 경우에는 해당 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩을 뺀 금액을 말하며, 그 금액이 음수인 경우에는 영으로 한다)을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.”고 규정하고 있고, 제1호에서 “해당 투자를 개시하는 날이 속하는 과세연도의 직전 과세연도(기업을 설립한 날이 속하는 과세연도에 투자를 개시하는 경우에는 해당 과세연도로 한다)의 수입금액(기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 100분의 2 이상이고, 제10조 제1항 제1호에 따른 신성장·원천기술 연구개발비 등이 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것”으로 규정하고, 제2호에서 “해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니할 것. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 적용한다.”고 규정하고 있다.
또한 제2항에서는 “제1항 또는 제144조 제4항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제받은 세액에 상당하는 금액(제2호에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당 가산액을 가산한다)을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.”고 규정하면서 제1호에서 “공제받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 상시근로자 수가 공제받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우”, 제2호에서 “해당 시설의 투자완료일부터 3년 이내에 그 자산을 다른 목적에 전용한 경우”로 규정하고 있다.
(서면-2022-법규법인-5223 2023. 12. 26.)
