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[세법해석 사례] 청년내일채움공제 기업부담금…연구·인력개발비 세액공제 대상
[세법해석 사례] 청년내일채움공제 기업부담금…연구·인력개발비 세액공제 대상
  • 국세청 제공
  • 승인 2024.03.15 09:00
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<종합소득세>

13. 청년우대형 주택청약 종합저축으로 전환하는 경우 주택청약종합저축 등에 대한 소득공제 적용상 저축가입일의 의미
■ 답변요지:사전-2022-법규소득-1077, 2023.1.26.
청년우대형 주택청약 종합저축으로 전환하는 경우 조특법 §87⑦1의 적용상 “저축가입일”은 주택청약종합저축 가입일을 의미함.

● 관련법령
•질의인은 주택청약종합저축에 가입하여 조특법 §87②에 따른 소득공제를 적용받던 자로서, 청년우대형주택청약종합저축으로 전환 후 위 소득공제를 계속 적용받아 오던 중 이를 해지함.

 

 

 

 

 

 

● 질의내용
주택청약종합저축을 청년우대형주택청약종합저축으로 전환한 후 이를 해지하는 경우에 있어서 조특법 §87⑦에 따른 사후관리 적용 상 저축가입일의 의미

● 회신문
「주택법」에 따른 주택청약저축(이하 “주택청약저축”)에 가입하여 「조세특례제한법」 제87조 제2항에 따른 소득공제를 적용받던 자가 주택청약저축을 청년우대형주택청약종합저축으로 전환한 후 위 소득공제를 계속 적용받던 중 청년우대형주택청약종합저축을 해지하는 경우, 같은 법 제87조 제7항 제1호 본문의 적용상 “저축 가입일”은 주택청약종합저축 가입일을 의미

● 검토내용
•청년우대형주택청약종합저축으로의 전환의 실질을 고려할 때 쟁점소득공제의 적용상 새로운 주택청약종합저축에 가입한 것으로 볼 수 없다.
- 쟁점소득공제는 「주택법」에 따른 주택청약종합저축에 납입한 금액에 대해 적용되는 것이고, 쟁점사후관리는 “저축 가입일”로부터 5년이 도과했는지를 적용 기준으로 삼고 있으며, 이 때 저축이란 「주택법」에 따른 주택청약종합저축을 의미함.
- 쟁점저축은 주택청약종합저축의 일종으로 재형기능 강화를 위해 우대금리와 이자소득 비과세 혜택을 제공하는 상품으로 주택청약종합저축의 하위 상품으로 주택법에 따른 주택청약종합저축에 해당하고
- 쟁점저축으로의 전환은 형식상 기존 주택청약종합저축의 해지 및 쟁점저축의 신규 가입 형태를 취하고 있는 것일 뿐, 새로운 주택청약종합저축에 가입한 것으로 취급할 수 없다.

● 관련법령
•조세특례제한법 제87조 【주택청약종합저축 등에 대한 소득공제 등】


14. 세대구분형 공동주택 임차인이 월세액 세액공제를 받기 위한 임차주택 요건 판단기준
■ 답변요지:서면-2022-법규소득-1858, 2023.5.22.
세대구분형 공동주택의 세대별로 구분된 공간을 임차한 경우 월세액 세액공제를 받기 위한 국민주택규모 요건은 임차한 부분에 해당하는 전용면적을 기준으로 판단함.

● 사실관계
•질의인은 서울 동작구 세대구분형 공동주택(이하 “쟁점주택”)의 일부 공간을 월세 100만원(보증금 별도)에 임차한 자로서 세대주로 전입신고함.
- 쟁점주택은 각 세대별로 별도의 생활공간, 화장실 및 출입구(현관)를 갖추고 있으나 세대별 구분 등기는 불가능하고
- 쟁점주택 전체의 주거전용면적은 국민주택규모(85㎡)를 초과하나 임차한 부분의 주거전용면적은 국민주택규모 이하임.

● 질의내용
•세대구분형 공동주택 內 임차부분의 주거전용 면적은 85㎡ 이하로서 국민주택규모의 주택에 해당하나 세대구분형 공동주택 전체의 주거전용면적은 85㎡를 초과하는 경우
- 월세액 세액공제를 위한 임차주택 요건을 충족하였다고 볼 수 있는지 여부

● 회신문
•임차인이 세대구분형 공동주택의 세대별로 구분된 공간을 임차한 경우 「조세특례제한법 시행령」 제95조 제2항 제1호에 따른 국민주택 규모의 주택 여부는 임차한 부분에 해당하는 전용면적을 기준으로 판단한다(기획재정부 소득세제과-433, 2023.5.19. 참조).

● 검토내용
•조특법 §95②은 국민주택규모의 주택 등 요건을 충족하는 주택을 임차하기 위하여 지급하는 월세액이라고 규정하고 있을 뿐
- 해당 임차 부분이 등기부상 구분되어 등기될 수 있는지 여부를 요건으로 삼고 있지 않고 
- 건축법상 단독주택으로 분류되어 구분등기가 불가한 다가구주택인 경우 역시 가구당 전용면적을 기준으로 면적기준을 적용하도록 하고 있다.
- 그렇다면, 세대구분형 공동주택의 구분된 일부를 임차한 자로서 별도의 세대주로 주민등록상 전입이 허용되는 등 다른 요건을 충족할 수 있는 자에 대해서는
- 임차주택요건의 판단시 세대구분형 공동주택 전체가 아닌 임차부분의 주거전용 면적을 기준으로 삼는 것이 타당하고
- 서민·중산층의 주거비 부담완화를 목적으로 하는 월세액 세액공제의 입법취지상 세대구분형 공동주택의 일부 임차인에게도 적용될 필요가 있다.

● 관련법령
•조세특례제한법 제95조 【월세 세액공제】


15. 사업장을 수도권과밀억제권역외의 지역으로 재이전하는 경우 창업중소기업 세액감면 적용방법
■ 답변요지:서면-2022-법규소득-5507, 2023.7.24.
수도권과밀억제권역 외의 지역으로 재이전하는 경우 재이전일이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간동안 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업했을 경우의 감면비율에 따른 세액감면을 적용받을 수 있다.

● 관련법령
•질의인은 「조세특례제한법」 제6조 제1항의 청년창업중소기업에 해당하는 자로
- 수도권과밀억제권역 외의 지역인 경기도 ○○시에서 ’22.1. 사업자등록 후 사업을 영위하다 ’22.10. 수도권과밀억제권역인 서울 ○○구로 사업장을 이전했으며
- ’22.11. 수도권과밀억제권역 외의 지역(경기도 ○○시)로 사업장을 재이전함.

● 질의내용
수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 청년창업중소기업이 창업이후 사업장을 수도권과밀억제권역으로 이전한 후 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 재이전하는 경우 적용할 감면율

● 회신문
•수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업하여 「조세특례제한법」 제6조 제1항에 따른 세액감면(이하 “쟁점세액감면”)을 적용받던 청년창업중소기업이, 사업장을 수도권과 밀억제권역으로 이전하여 같은 법 시행령 제5조제25항에 따라 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업 중소기업으로 보아 쟁점세액감면을 적용받던 중 사업장을 수도권과밀억제권역 외의 지역으로 재이전하는 경우에는 재이전일이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간 동안 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 청년창업중소기업으로 보아 쟁점세액감면을 적용받을 수 있다.

● 검토내용
•쟁점조항은 ’18.8.28. 대통령령 제29116호로 조특령이 일부 개정되면서 신설된 것으로, 기본통칙의 내용을 상향입법하는 형태를 취하였는데
- 재이전하는 경우에도 수도권 과밀 유발 억제 및 지역균형발전 촉진이라는 쟁점세액 감면의 취지를 고려할 필요가 있으며, 쟁점통칙조항 삭제 후 생산된 기존 해석례 역시 유사하게 해석한 점 등을 고려할 때(서면-2021-법령해석법인-4426, 2021.12.17., 사전-2022-법규소득-1116, 2023.2.13.)
- 재이전하는 경우에는 재이전일이 속하는 과세연도부터 남은 감면기간동안 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업했을 경우의 감면비율에 따른 세액감면을 적용받을 수 있는 것으로 봄이 타당함.

● 관련법령
•조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】


<법인세>

1. 코로나19 전담병원 지정으로 수령한 병상손실 보상금의 수익사업소득 해당 여부
■ 답변요지:사전-2022-법규법인-0612, 2022.09.19.
의료업을 영위하는 비영리내국법인에 대해 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은 수익사업 소득에 해당하지 않는다.

● 사실관계
•의료법인 ○○재단은 코로나19 감염병 거점전담병원으로 지정된 ○○병원을 운용하고 있고 해당 병원에서 발생하는 비용 등에 대하여 보건복지부로부터 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제70조에 따른 손실보상금 등을 수령함.

● 질의내용
•「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제70조에 따라 지급받은 손실보상금 등이 수익사업 소득에 해당하는지 여부

● 회신문
의료업을 영위하는 비영리내국법인에 대해 「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은 「법인세법」  제4조 제3항에 따른 “수익사업에서 생기는 소득”에 해당하지 않는다.

● 검토내용
•(대가성) 의료용역 제공 당사자는 병원과 코로나19 환자로 국가는 해당 용역거래의 제공과 관련이 없는 제3자의 입장에 있는 점
- 쟁점보상금 내역을 보면, 직접비용 외 기회비용은 용역을 제공하지 못함에 따라 실제 발생한 손해가 아닌 예상되는 손실에 대해 가정된 수치를 토대로 산정되어 있는 점
- 쟁점보상금은 정부시책에 따라 필수적으로 발생할 수밖에 없는 기회손실의 일정 부분에 대해 조건 없이 제공되는 점 등에 비추어
- 이는 코로나19 대응을 위해 사회적으로 공헌한 쟁점의료법인의 손실 일부분을 재정지원 차원에서 보전하기 위한 것이므로
- 쟁점보상금을 쟁점의료법인이 코로나19 환자에게 제공한 의료용역에 대한 반대 급부로 지급된 것이라고 보기 어렵다.

•(용역제공 없음) 쟁점의료법인은 국가 등의 법률관계에 따라 감염병관리 기관으로 지정되었기 때문에 일반환자를 대상으로 하는 의료용역 관련 수익활동을 할 수 없었고,
- 이에 따라 국가로부터 일반환자를 대상으로 진료하지 못한 것(용역제공 없음)에 대한 손실을 보전받고자 쟁점보상금을 지급받은 것이어서
- 쟁점보상금이 일반환자 관련 창출하지 못한 수익에 대한 대가라고 한다 하더라도 ㉠용역을 제공받지 못한 대상자인 일반환자를 특정할 수 없는 상태에서 ㉡의료(진료)용역이 제공되지 않았음에도 불구하고
- 쟁점보상금을 쟁점의료법인의 일반환자에 대한 의료용역 제공과 직접 관련해 대가로서 지급됐다고 볼 수는 없다.

•(수익성) 비영리내국법인의 사업이 법인세가 부과되는 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업 자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 하는데(대법원2003두12455, 2005.9.9. 등),
- 코로나19로 인해 범국가적인 위기 속에서 쟁점의료법인이 감염병 관리기관으로 지정되는 때부터 ‘손실’은 예견(감염병관리법률 제70조 손실보상 규정)되어 있었으며,
- 쟁점의료법인이 감염병 관리기관으로 운영되는 것은 지속적·계속적이 아닌 코로나19가 종식되기 전까지 ‘일시’ 지정된 데에 따른 것이고,
- 감염병관리 의료업무 자체는 수익창출을 위한 것이 아닌 국가적 재난을 지원하기 위한 것이지 ‘수익성’을 목적으로 운영되는 것이 아님이 분명한 바,
- 쟁점보상금은 용역 공급에 대한 대가가 아니라 코로나19 감염환자 치료지원 및 확산방지라는 공익을 위해 발생하는 손실을 조건이나 의무 없이 국가가 보전해 주는 것에 불과하므로 법인세법상 수익사업의 소득에 해당하지 않는 것으로 봄이 타당함.

● 관련법령
•법인세법 제4조 【과세소득의 범위】


2. 청년내일채움공제 기업부담금의 손금 여부 등
■ 답변요지:사전-2021-법령해석법인-1632, 2021.12.7.
청년내일채움공제에 가입함에 따라 납입하는 기업부담금은 손금에 산입되며, 연구·인력개발비세액공제 대상에도 해당

● 사실관계
•고용노동부에서는 미취업 청년의 중소기업 취업 촉진 및 핵심인력의 장기근속 유도를 위해 자산형성 방식 지원모델인 「청년내일채움공제」를 신설하여 2016.7.부터 시행하고 있다.

•청년내일채움공제에 가입한 50인 이상 기업은 본인 부담금(‘기업부담금’) 및 정부지원금으로 기업기여금을 납입함.

•A법인은 중소기업으로 「청년내일채움공제」 에 청약신청 후 승낙(승인)을 받음.

● 질의내용
•(질의 1) 청년내일채움공제에 가입한 중소기업이 납입하는 기업부담금의 손금 여부

•(질의 2) 동 기업부담금의 연구·인력개발비세액공제 대상 여부

● 회신문
•「중소기업기본법」  제2조 제1항에 따른 중소기업이 「중소기업 인력지원 특별법」  제35조의6과 「고용정책 기본법」  제25조 및 「청년고용촉진 특별법」  제7조에 따른 청년내일채움공제에 가입함에 따라 납입하는 기업부담금은 「법인세법」  제19조 및 같은 법 시행령 제19조 제20호에 따라 손금에 산입되며, 해당 기업부담금은 「조세특례제한법 시행규칙」  제7조 제10항 제4호에 따른 연구·인력개발비세액공제 대상에 해당

● 검토내용
<청년내일채움공제 기업부담금의 손금 여부>
•법인령 §19(20)는 「중소기업 인력지원 특별법」 제35조의3에 따른 성과보상기금의 재원인 ‘중소기업이 부담하는 기여금’은 손금에 해당하는 것으로 규정

•청년내일채움공제 약관상 “성과보상기금”은 「중소기업 인력지원 특별법」  제35조의3에 따라 설치·조성된 재원이고(약관 §2(3))
- 기업기여금은 「중소기업 인력지원 특별법」 제35조의3 제1항 제1호(제1항:성과보상기금의 재원, 제1호:중소기업이 부담하는 기여금)에 따라 납부되는 것인 바(약관 §2(8))
- 본 건, 기업기여금 중 기업이 순수 부담하는 기업부담금은 법인령 §19(20)에 따른 성과보상기금의 재원인 ‘중소기업이 부담하는 기여금’에 해당하므로 손금산입됨.

<청년내일채움공제 기업부담금의 R&D세액공제 해당 여부>
•청년내일채움공제 ‘기업기여금’은 중소기업 핵심인력의 장기근속 및 자산형성을 위해, 「중소기업 인력지원 특별법」 제35조의3 제1항 제1호(제1항:성과보상기금의 재원, 제1호:중소기업이 부담하는 기여금)에 따라 성과보상기금에 납입되는 것인바(청년내일채움공제 약관 §2(8))
- 본 건, 기업기여금 중 기업이 순수 부담하는 기업부담금은 조특규칙 §7⑩(4)에 따른 성과보상기금 납입비용에 해당하므로 연구·인력개발비세액공제 대상임.

● 관련법령
•법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】
•조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】


3. 업무무관 가지급금 해당여부 판단을 위한 「업무무관 여부」의 기준시점
■ 답변요지:서면-2021-법규법인-7996, 2023.02.07.
업무무관 가지급금 해당여부를 판단함에 있어, 「업무무관 여부」에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 하는 것이 타당함.

● 사실관계
•질의법인은 건설업과 석유화학공업 등을 주요 사업으로 영위하던 법인으로, 민간이 투자해 사회기반시설을 건설하는 SOC 사업에 참여했으며, SOC사업의 시행사인 SOC법인에 대한 출자지분과 대여금(이하 ‘쟁점대여금’)을 보유
*질의법인은 금융기관과의 자금보충약정에 따라 SOC법인에 대한 출자의무와 자금대여의무를 부담

<SOC 사업의 개요>
(사업목적) 국가 발전을 지원하는 시설을 건설하여 운영하는 것이 목적

(사업진행) 시설을 건설하고 운영하는 SOC법인을 설립하여 사업 진행
(사업운영) 사업시설 중 주요시설의 소유권은 정부에 귀속되고, 기타 시설은 SOC법인이 소유하며 사업시설에 대한 무상사용 관리운영권을 SOC법인이 취득

(SOC법인의 주주) 정부와 SOC법인이 체결하는 협약에 따라 건설사업에 참여하는 건설사

(시공주주) 및 사업을 발주한 정부(정부주주)가 주주로 참여
- 협약 체결 이후 출자자 및 출자지분 변동을 위해서는 정부 승인이 필요

(SOC법인의 자금조달) Project Financing(PF)가 주요한 자금 조달 원천이지만, 자금부족이 발생할 경우 시공주주는 자금보충의무를 부담
- 시공주주는 지분율에 따라 자금보충의무를 부담하며 주주이자 채권자가 됨.

•질의법인은 ’21.1.1. 건설사업 부문을 인적분할해 종합건설업을 주업으로 하는 AA주식회사를 신설했으며
- 적격분할 요건 중 자산 및 부채의 포괄승계를 충족하는데 문제가 될 것으로 판단해 SOC법인 주식을 승계대상 자산에서 제외했고
- SOC법인 대여금은 SOC법인 주식을 보유한 질의법인이 함께 보유하는 것이 합리적이라고 판단해 승계대상 자산에서 제외

•이후, 질의법인은 건설업을 영위하는 AA주식회사가 SOC법인 주식 및 쟁점대여금을 보유하는 것이 합리적이라고 판단하여
- 쟁점대여금을 시가 평가한 후 AA주식회사에 양도할 예정이며 양도 시 처분손실이 발생할 것으로 예상됨.

•질의법인에 따르면, 쟁점대여금 대여당시에는 질의법인이 건설업을 영위하여 쟁점 대여금은 업무관련 가지급금에 해당하고
- 인적분할 이후에는 질의법인이 건설업을 영위하지 아니하므로 처분시점 기준으로는 쟁점대여금은 업무무관 가지급금에 해당

● 질의내용
특수관계인에게 지급한 대여금이 「법인세법」 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 업무무관 가지급금에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 업무무관 여부에 대한 판단

● 회신문
특수관계인에게 지급한 대여금이 「법인세법」 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 업무무관가지급금에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 업무무관 여부에 대한 판단은 대여 시점을 기준으로 한다.

● 검토내용
 1  관련규정의 체계와 문언 등
업무무관 가지급금에 관한 규정의 문언을 살펴보면,
- 업무와 관련 없이 지급한 가지급금으로 규정하고 있는바, 업무무관 가지급금이란 자금을 대여하는 법인이 대여당시 업무와 무관하게 지급한 가지급금을 의미하므로 업무무관 여부의 판단은 문언에 따라 대여당시를 기준으로 하는 것이 타당해 보임.

•업무와 관련 없이 지급한 가지급금이 해당 가지급금의 처분 당시에는 업무와 관련이 있는 가지급금에 해당하게 된 경우
- 또는 업무와 관련하여 지급한 가지급금이 해당 가지급금의 처분 당시에는 업무와 관련이 없는 가지급금에 해당하게 된 경우
- 업무무관 가지급금에 해당하는지 여부를 살펴보면, 법 §28①(4)나목은 대여시점 이후의 업무무관 여부를 기준으로 업무무관 가지급금에 해당하는지 여부를 판단하도록 규정하고 있지 아니한 점
- 부당행위에 해당하는지 여부도 그 행위 당시를 기준으로 판정하도록 규정하고 있는 점(영 §88②)
- 업무무관 여부에 관한 사례는 아니지만, 특수관계 여부에 대한 우리청 유권해석(법규법인 2014-243, 2014.08.25.)에 따르면,
- 대여 당시 특수관계가 없어 업무무관 가지급금에 해당하지 아니하였다가, 이후 특수관계가 성립한 경우에도 해당 가지급금을 업무무관 가지급금에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있는 점을 종합해보면
- 업무무관 가지급금의 업무무관 여부는 처분시점과는 관계없이 대여시점을 기준으로 판정하는 것이 타당한 것으로 판단됨.


 2  「특수관계 여부」의 판단시점에 대한 개정내용
업무무관 가지급금이란, ① 특수관계인에게 해당 법인의 ② 업무와 무관하게 대여한 자금을 말하는바
- 특수관계와 업무무관이라는 두 가지 요건을 병렬적으로 규정하고 있다는 점에서 두 요건의 판정시점은 달리 볼 이유가 없는데
- 2020.08.18. 법률 제17476호로 개정된 법인법 §19의2②(2)는 “이 경우 특수관계인에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 한다.”는 문언을 후단에 신설함으로써 특수관계 여부에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 하도록 명확히 하였으므로 업무무관 여부에 대한 판단도 대여시점을 기준으로 하는 것이 타당한 것으로 판단됨.

<위 개정내용의 개정이유 및 정부 측의 논거>
첫째, 업무무관 가지급금의 처분손실에 대해 손금불산입 하는 취지는 재무건전성 유지 차원에서 특수관계인에 대한 업무무관 대여행위를 억제하기 위해 세제상 불이익을 주기 위한 것인바
- 손금불산입의 불이익을 줄 것인지 여부는 특수관계인에게 업무와 관련 없는 대여 행위를 하는 적극적 의사결정을 한 시점으로 할 필요가 있으므로, 설령 업무무관가지급금이 처분시점 이전에 업무와 관련되게 되었더라도 처분손실의 손금불산입이라는 세법상 불이익을 그대로 주는 것이 타당함
둘째, 업무무관 가지급금 해당여부를 판단함에 있어 업무무관 여부를 처분시점 기준으로 할 경우
- 업무와 무관한 대여행위를 적극적으로 한 사실이 없음에도. 즉, 업무와 관련한 대여를 하였음에도 사후적으로 업무관련성이 소멸됨으로써 세법상 불이익을 받게되는 문제점이 발생함
→ 대여시점 이후 업무관련성이 소멸된 것일 뿐, 업무와 무관한 대여행위 자체
(적극적 의사결정)는 한 적이 없다는 의미

● 관련법령
•법인세법 제19조의2 【대손금의 손금불산입】


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